| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,391,351 | G→A | 26.5% | G196S (GGT→AGT) | alsT → | Amino‑acid carrier protein AlsT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,391,351 | 0 | G | A | 26.5% | 98.3 / 30.9 | 60 | G196S (GGT→AGT) | alsT | Amino‑acid carrier protein AlsT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (16/28); new base A (8/8); total (24/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
AAGGTTTAAATCAAAAATGGCTAGGTATCGTATTTGCGATTTTAATTACAATTACATTTGCATTTGTATTTAACACAGTGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTGGTGGTGTACGTAGTATTGCTACGTTATCTTCGTTAATTGTACCGATTATGGCTATCATTTACATTGGTATGGTTTTAGTAATATTGCTATTT > USA300TCH1516_ALE/1391211‑1391482 | aaGGTTTAAATCAAAAATGGCTAGGTATCGTATTTGCGATTTTAATTACAATTACATTTGCATTTGTATTTAACACAGTGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAg < 1:253950/141‑1 (MQ=255) ggTTTAAATCAAAAATGGCTAGGTATCGTATTTGCGATTTTAATTACAATTACATTTGCATTTGTATTTAACACAGTGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAGGt < 1:559075/141‑1 (MQ=255) ggTTTAAATCAAAAATGGCTAGGTATCGTATTTGCGATTTTAATTACAATTACATTTGCATTTGTATTTAACACAGTGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAAGt > 1:468509/1‑141 (MQ=255) gtgtAAATCAAAAATGGCTAGGTATCGTATTTGCGATTTTAATTACAATTACATTTGCATTTGTATTTAACACAGTGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAGGta < 2:609321/138‑1 (MQ=255) gTTTAAATCAAAAATGGCTAGGTATCGTATTTGCGATTTTAATTACAATTACATTTGCATTTGTATTTAACACAGTGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAGGta < 2:505277/141‑1 (MQ=255) aaTCAAAAATGGCTAGGTATCGTATTTGCGATTTTAATTACAATTACATTTGCATTTGTATTTAACACAGTGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAAGTattatt > 1:524066/1‑141 (MQ=255) aaTCAAAAATGGCTAGGTATCGTATTTGCGATTTTAATTACAATTACATTTGCATTTGTATTTAACACAGTGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAAGTattatt > 2:286587/1‑141 (MQ=255) aaTCAAAAATGGCTAGGTATCGTATTTGCGATTTTAATTACAATTACATTTGCATTTGTATTTAACACAGTGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAAGTattatt > 1:375080/1‑141 (MQ=255) ggCTAGGTATCGTATTTGCGATTTTAATTACAATTACATTTGCATTTGTATTTAACACAGTGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCg > 1:321706/1‑141 (MQ=255) gggaGGTATCGTATTTGCGATTTTAATTACAATTACATTTGCATTTGTATTTAACACAGTGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAAGTATTATTTTAGCAATCGt < 2:539786/138‑1 (MQ=255) gCTGGGGATCGTATTTGCGATTTTAATTACAATTACATTTGCATTTGTATTTAACACAGTGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGt < 1:21902/141‑1 (MQ=255) tAGGTATCGTATTTGCGATTTTAATTACAATTACATTTGCATTTGTATTTAACACAGTGCAATCTAATACAAATGCGGAGTCGTTAAATACGCAATCTAATATTAGTCCAGTAATCAGAAGTATTATTTTAGCGATCATaa > 1:15537/1‑141 (MQ=255) aTCGTATTTGCGATTTTAATTACAATTACATTTGCATTTGTATTTAACACAGTGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCt < 2:401151/141‑1 (MQ=255) tCGTATTTGCGATTTTAATTACAATTACATTTGCATTTGTATTTAACACAGTGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAGGTAATATTTTGGCAATCGTAACAgaca > 2:151309/1‑138 (MQ=255) gTATTTGCGATTTTAATTACAATTACATTTGCATTTGTATTTAACACAGTGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCtatt > 2:529649/1‑141 (MQ=255) ttGCGATTTTAATTAAAATTACATTTGCATTTGTATTTAACACAGTGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCtattatta < 1:290164/141‑1 (MQ=255) gCGATTTTAATTACAATTACATTTGCATTTGTATTTAACACAGTGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCtattattaga > 1:259809/1‑139 (MQ=255) ttttAATTACAATTACATTTGCATTTGTATTTAACACAGTGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATAttgg > 1:273247/1‑139 (MQ=255) attacaattacaTTTGCATTTGTATTTAACACAGTGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACGGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTAATATTATATTTggtggt > 2:388101/1‑141 (MQ=255) attacaattacaTTTGCATTTGTATTTAACACAGTGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTggtggt > 2:562872/1‑141 (MQ=255) tacaattacaTTTGCATTTGTATTTAACACAGTGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTGGTGgtgt < 1:109786/141‑1 (MQ=255) tcaattacaTTTGCATTTGTATTTAACACAGTGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTGGTGGTGTa < 1:277920/140‑1 (MQ=255) caattacaTTTGCATTTGTATTTAACACAGTGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTGGTGGTGTAc > 1:315985/1‑141 (MQ=255) catttgTATTTAACACAGTGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTGGTGGTGTACGTAGTATTGCTa > 2:32596/1‑141 (MQ=255) atttgTATTTAACACAGTGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTGGTGGTGTACGTAGTATTGCTAc < 1:554324/141‑1 (MQ=255) tttgTATTTACAACAGTGCAATCCAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTGGTGGTGTACGTAGTATTGCTACg < 2:234234/141‑1 (MQ=255) tttgTATTTAACACAGTGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATTTCAGTCCAGTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTGGTGGTGTACGTAGTATTGCTACg < 1:141567/141‑1 (MQ=255) ttgTATTTAACACAGTGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTGGTGGTGTACGTAGTATTGCTACGt < 2:59949/141‑1 (MQ=255) tgTATTTAACACAGTGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTGGTGGTGTACGTAGTATTGCTACGtt < 1:404045/141‑1 (MQ=255) tgTATTTAACACAGTGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTGGTGGTGTACGTAGTATTGCTACGtt < 1:404054/141‑1 (MQ=255) tgTATTTAACACAGTGCAATCCACTACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTGGTGGTGTACGTAGTATTGCTACGtt < 1:354760/141‑1 (MQ=255) gTATTTAACCCAGTGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTGGTGGTGTACGTAGTATTGCTACGTTa < 1:18439/141‑1 (MQ=255) gTATTGAACACAGGGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATCAGTCCAGTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTGGTGGTGTACGTAGTATTGCTACGTTa < 1:403587/141‑1 (MQ=255) tATTTAACACAGTGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAATTACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAAGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTGGTGGTGTACGTAGTATTGCTACGTTAt < 2:157220/141‑1 (MQ=255) tgtAACAAAGTGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAAGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTGGTGGTGTACGTAGTATTGCTACGTTATCt < 2:458820/139‑1 (MQ=255) aaCACAGTGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTGGTGGTGTACGTAGTATTGCTACGTTATCTTCg > 1:45235/1‑141 (MQ=255) acaGTGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTGAGGGTGTACGTAGTATTGCTACGTTAGCTTCGTTa > 1:409565/1‑141 (MQ=255) aaTCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTGGTGGTGTACGTAGTATTGCTACGTTATCTTCGTTAATTGTAc < 1:304489/141‑1 (MQ=255) acTAATATAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTGGTGGTGTACGTAGTAGTGCTACGTTATCTTCGTTAATTGTACCg < 2:554969/140‑1 (MQ=255) aTACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTGGTGGTGTACGTAGTATTGCTACGTTATCTTCGTTAATTGTACCGATTa > 2:539618/1‑141 (MQ=255) cAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAAGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTGGTGGTGTACGTAGTATTGCTACGTTATCTTCGTTAATTGTACCgcggagtg < 2:375080/141‑8 (MQ=255) cAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAAGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTGGTGGTGTACGTAGTATTGCTACGTTATCTTCGTTAATTGTACCGATTATgg < 1:286587/141‑1 (MQ=255) ttGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTGGTGGTGTACGTAGTATTGCTACGTTATCTTCGTTAATTGTCCCGATGATGGCtt > 2:123958/1‑140 (MQ=255) tGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTGGTGGTGTACGTAGTATTGCTACGTTATCTTCGTTAATTGTACCGATTATGGCTAt < 1:32596/141‑1 (MQ=255) cGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTGGTGGTGTACGTAGTATTGCTACGTTATCTTCGTTAATTGTACCGATTATGGCTATCa < 1:190784/141‑1 (MQ=255) cGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTGGTGGTGTACGTAGTATTGCTACGTTATCTTCGTTAATTGTACCGATTATGGCTATCa > 1:123888/1‑141 (MQ=255) cGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAAGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTGTTATATTTGGTGGTGTACGTAGTATTGCTACGTTATCTTCGTTAATTGTACCGATTATGGCTATCa > 1:237680/1‑141 (MQ=255) gggtggTTAGAGACGCGATATAATATTGGTCCAGTAATTATAGGTTGTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTGGGTGGTGTACGTAGTATTGCTACGTTGTCTTCGTTAATTGTACCGATTATGGCTATCAtt < 2:271872/136‑1 (MQ=255) aGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGGAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTGGTGGTGTACGTAGTATTGCTACGTTATCTTCGTTAATTGTACCGATTATGGCTATCAttt < 1:95230/141‑1 (MQ=255) gTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAAGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTGGTGGTGTACGTAGTATTGCTACGTTATCTTCGTTAATTGTACCGATTATGGCTATCATTTa > 2:353753/1‑141 (MQ=255) ggtAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGGAATCACAAGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTGGTGGTGTACGTAGTATTGCTACGTTATCTTCGTTAATTGTACCGATTATGGCTATCATTTACAt < 2:15537/139‑1 (MQ=255) gTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTGGTGGTGTACGTAGTATTGCTACGTTATCTTCGTTAATTGTACCGATTATGGCTATCATTTACAt < 2:321706/141‑1 (MQ=255) gTTAAATACGAAATATAATAGTAGTCCAGTAATCACTAGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTGGTGGTGTACGTAGTATTGCTACGTTATCTTCGTTAATTGTACCGATTATGGCTATCATTTACAt < 2:391591/141‑1 (MQ=255) tAAATACTCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAAGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTGGTGGTGTACGTAGTATTGCTACGTTATCTTCGTTAATTGTACCGATTATGGCTATCATTTACATTg < 1:564848/141‑1 (MQ=255) agCAATATAATCTTAGTCCAGTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATTTTTGGTGGTGTACGTAGTATTGCTACGTTATCTTCGTTAATTGTACCGATTATGGCTATCATTTACATTGGTATgg < 2:427517/140‑1 (MQ=255) gCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATAACATTTGGTGGTGTACGTAGTATTGCTACGTAATCTTCGATAATTGTAACGATTATGGCTATCATGTACATTGGTATGGt > 2:476525/1‑141 (MQ=255) aatataatatTAGTCCAGTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTGGTGGTGTACGTAGTATTGCTACGTTATCTTCGTTAATTGTACCGATTATGGCTATCATTTACATTGGTATGGttt < 1:123958/141‑1 (MQ=255) ttAGTCCAGTAATCACAAGTCTTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTTTTATATATGGTGGTGTACGTAGTATTGCTACGTTATCTTCGTTAATTGTACCGATTATGGCTATCATTTACATTGGTATGGTTTTAGTAatat > 2:546538/1‑141 (MQ=255) tAGTCCAGTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTGGTGGTGTACGTAGTATTGCTACGTTATCTTCGTTAATTGTACCGATTATGGCTATCATTTACATTGGTATGGTTTTAGTAATAtt < 2:11403/141‑1 (MQ=255) gTCCAGTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTGGTGGTGTACGTAGTATTGCTACGTTATCTTCGTTAATTGTACCGATTATGGCTATCATTTACATTGGTATGGTTTTAGTAATATTGc < 2:315985/141‑1 (MQ=255) gTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTGGTGGTGTACGTAGTATTGCTACGTTATCTTCGTTAATTGTACCGATTATGGCTATCATTTACATTGGTATGGTTTTAGTAATATTGCTattt > 1:354917/1‑141 (MQ=255) | AAGGTTTAAATCAAAAATGGCTAGGTATCGTATTTGCGATTTTAATTACAATTACATTTGCATTTGTATTTAACACAGTGCAATCTAATACAATTGCGGAGTCGTTAAATACGCAATATAATATTAGTCCAGTAATCACAGGTATTATTTTAGCAATCGTAACAGCTATTATTATATTTGGTGGTGTACGTAGTATTGCTACGTTATCTTCGTTAATTGTACCGATTATGGCTATCATTTACATTGGTATGGTTTTAGTAATATTGCTATTT > USA300TCH1516_ALE/1391211‑1391482 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |