| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,454,626 | A→T | 12.0% | L48L (CTA→CTT) | lyrA → | Lysostaphin resistance protein A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,454,626 | 0 | A | T | 12.0% | 193.2 / 15.9 | 73 | L48L (CTA→CTT) | lyrA | Lysostaphin resistance protein A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (35/29); new base T (4/5); total (39/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.84e-01 | |||||||||||
AGAACAATAAAATTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTAATTATTCT > USA300TCH1516_ALE/2454487‑2454763 | agaaCAATAAAATTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTATATAATTGTTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACGGATCTAg > 2:472832/1‑141 (MQ=255) aTAAATTTTCTGGTTTTCAAGGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCAt < 2:289036/141‑1 (MQ=255) tAAAATTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCAtt < 2:66418/141‑1 (MQ=255) ggTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCa < 1:351556/141‑1 (MQ=255) gTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCaa > 2:422207/1‑141 (MQ=255) gTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCaa < 2:236612/141‑1 (MQ=255) tCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACGGCTCTAGAACCATTAATGGCTCAAATctt > 2:491785/1‑139 (MQ=255) aTGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTg < 1:562867/141‑1 (MQ=255) tGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGTTGTCAAACAATTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTATTTGCTGCAATCATTTGt > 1:232495/1‑141 (MQ=255) gggCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGATATCCATTATGCTCAGAGATTTACAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTGATTGCTGCAATCATTTGta > 2:162100/1‑141 (MQ=255) gggCAATGACCATTCTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGta < 1:12380/141‑1 (MQ=255) ggCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGtat > 1:234643/1‑141 (MQ=255) gCATTGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGAGTTATCCATTAAGCCCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTATCAACCACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTACCACCATTAATTGCTGAAATCATTTCtatc > 2:226400/1‑140 (MQ=255) gCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGtata > 2:467433/1‑141 (MQ=255) ccgtGACGCTTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGGGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCAGTTGTATAc < 2:388510/138‑1 (MQ=255) aaagACGATTTTCATCTTCTATGAAAACACAATGACATAATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTGATATTTGAAGTTACAGACCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACt < 1:250263/138‑1 (MQ=255) aTGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTGAGAGATTACCATACTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCCATCATTTGTATACTc > 2:34483/1‑141 (MQ=255) aTGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTc < 1:270302/141‑1 (MQ=255) aTGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTc < 1:467433/141‑1 (MQ=255) gACGTTTTTCGTTTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGt < 2:49157/141‑1 (MQ=255) cGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAata > 2:480742/1‑141 (MQ=255) tcttTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATaaaa > 1:180128/1‑141 (MQ=255) tcttTGTCATTACAATGGCATTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGCGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATaaaa > 1:367487/1‑141 (MQ=255) gTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTc > 1:411666/1‑141 (MQ=255) aCAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACtt > 1:603443/1‑141 (MQ=255) aTGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCa < 1:493254/141‑1 (MQ=255) aTGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCa < 1:493211/141‑1 (MQ=255) tGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAg > 1:402530/1‑141 (MQ=255) ggCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGTTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAgg < 2:377422/141‑1 (MQ=255) ggCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAgg < 2:377494/141‑1 (MQ=255) gcattATCCATTATGCTTTGAGTATTCCAGTCTATAATTGGTGTCGAACACTTTATATTTGAAGTTACAACTCTAGTACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGt < 1:491785/138‑1 (MQ=255) aTCCATTATGCGCATAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAACCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTaaa < 2:145388/141‑1 (MQ=255) tCCATTATGCTCAGAGTTTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGCAGTGACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGGTTGCAAATATAAAAAGGACAAACGTGCAGGTTTaaaa > 2:536389/1‑141 (MQ=255) cATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAAtt < 1:368736/141‑1 (MQ=255) gCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTGTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCCAt > 2:196150/1‑141 (MQ=255) cTCAGAGATTTCCAGTCTATAAGTCGCGTCAAACACTGTATATTTGTTGTTTCTGGTCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATc < 1:441820/141‑1 (MQ=255) tCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCa > 1:212331/1‑141 (MQ=255) gagaTTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGGTACAGATCTAGCACAATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAAGATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCGCAATCAccc > 1:485855/1‑141 (MQ=255) ttCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGaaa < 2:405866/141‑1 (MQ=255) ttCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGaaa > 1:474889/1‑141 (MQ=255) tCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAg > 2:605319/1‑141 (MQ=255) tCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGGTACAGATCGAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGATTACAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAg < 2:302429/141‑1 (MQ=255) tCCAGGCTATAATTGGTGTCAAACACTGTATATTTGAAGTTACAGATCGAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAAGATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAAGTCTCAATCAGCCTGAAAg < 1:275026/141‑1 (MQ=255) ccAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGt > 2:399399/1‑141 (MQ=255) tataATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGa > 1:602975/1‑141 (MQ=255) ataATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGaa > 2:119501/1‑141 (MQ=255) ataATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGaa > 1:563856/1‑141 (MQ=255) ataATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGAAATCCTTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGaa > 1:83204/1‑141 (MQ=255) atcggTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGt < 1:84493/138‑1 (MQ=255) tgtCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACGATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTAAATCAGCCGGAAAGTAATTGAACGTATAtt > 2:401890/1‑141 (MQ=255) tgtCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGCACGTCTAtt > 1:33805/1‑141 (MQ=255) acTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAGAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCtt < 2:367487/141‑1 (MQ=255) acTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCtt < 2:180128/141‑1 (MQ=255) acTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCtt < 2:431937/141‑1 (MQ=255) ttATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTaa > 1:504980/1‑141 (MQ=255) tataTTTGAAGTTCCAGATCTAGCGCCATTGATTGCTGCAATGATTGGTATGCTCGTGGTGAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAAt > 2:509907/1‑141 (MQ=255) atatTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAAtt > 1:553628/1‑141 (MQ=255) atatTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATCTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAATGAATTGAACGTCAATTGCTATCTTTAAtt > 1:347024/1‑141 (MQ=255) tctttGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAAttt < 2:328950/139‑1 (MQ=255) tatTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAAttt > 1:511518/1‑141 (MQ=255) tatTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAAttt > 1:185022/1‑141 (MQ=255) tatTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAAttt < 2:234643/141‑1 (MQ=255) tatTTGAAGTTACAGATCTAACACCATTAATTGCCGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAAttt < 2:566377/141‑1 (MQ=255) aaGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCtt < 1:593023/141‑1 (MQ=255) aaGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTAAGCGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCtt > 1:316950/1‑141 (MQ=255) gTTACAGATCTAGCAACAATAGCTCGGAGAATGATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCATGAAACTAATTGAACGACTATTGTGACCTTTAATTTTACTTTTa > 1:146357/1‑141 (MQ=255) tttcAGATTTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTaa < 2:262692/138‑1 (MQ=255) ttACAGATCTAGTACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTaa < 2:262614/141‑1 (MQ=255) aCAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTAatt > 1:11947/1‑141 (MQ=255) aCAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAAAGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTAatt > 1:273186/1‑141 (MQ=255) aTCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTAATTATTc < 1:605319/141‑1 (MQ=255) aTCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTAATTATTc < 1:480742/141‑1 (MQ=255) tCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTACTAGCTTTAATTTTACCTTTACTTATTCt > 1:240144/1‑141 (MQ=255) | AGAACAATAAAATTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTAATTATTCT > USA300TCH1516_ALE/2454487‑2454763 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |