New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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? | USA300TCH1516_ALE | = 515981 | NA (NA) | intergenic (+4049/‑2714) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
CCCAGACAACTAGGATGTTGGCTTAGAAGCAGCCATCATTTAAAGAGTGCGTAATAGCTCACTAGTCGAGTGACACTGCGCCGAAAATGTACCGGGGCTAAACATATTACCGAAGCTGTGGATTGTCCTTTGGACAATGGTAGGAGAGCGTTCTAAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/515790‑515946 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttctaagCGCTCCACATGTCCTTACGATCATGCTTCAACGCCCTTAGAACGCTCTCCTACCATTGTCCAAAGGACAATCCACAGCTTCGGTAATATGTTTAGCCCCGGTACATTTTCGGCGCAGTGTCACTCGACTAGTGAGCTATTACGCACTCTT < USA300TCH1516_ALE/515981‑515832 CCCAGACAACTAGGATGTTGGCTTAGCAGCAGCCATCATTTAAAGAGTGCGTAATAGCTCACGAGTCGAGTGACACTGCGCCGAAAATGTACCGGGGCTAAACATATAACCGAAGCTGTGGATTGTCCTTTGGACAATGGTAGGAGAGCGT < 2:842014/151‑1 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3:143083/1‑151 AGCGCTCCACATGTCCTTACGATCATGCTTCAACGCCCTTAGAACGCTCTCCTACCATTGTCCAAAGGACAATCCACAGCTTCGGTAATATGTTTAGCCCCGGTACATTTTCGGCGCAGTGTCACTCGACTAGTGAGCTATTACGCACTCT > 3:367424/1‑151 AGCGCTCCACATGTCCTTACGATCATGCTTCAACGCCCTTAGAACGCTCTCCTACCATTGTCCAAAGGACAATCCACAGCTTCGGTAATATGTTTAGCCCCGGTACATTTTCGGCGCAGTGTCACTCGACTAGTGAGCTATTACGCACTCT < 1:700306/151‑1 AGCGCTCCACATGTCCTTACGATCATGCTTCAACGCCCTTAGAACGCTCTCCTACCATTGTCCAAAGGACAATCCACAGCTTCGGTAATATGTTTAGCCCCGGTACATTTTCGGCGCAGTGTCACTCGACTAGTGAGCTATTACGCACTCT < 3:412496/151‑1 AGCGCTCCACATGTCCTTACGATCATGCTTCAACGCCCTTAGAACGCTCTCCTACCATTGTCCAAAGGACAATCCACAGCTTCGGTAATATGTTTAGCCCCGGTACATTTTCGGCGCAGTGTCACTCGACTAGTGAGCTATTACGCACTCT > 1:352638/1‑151 AGCGCTCCACATGTCCTTACGATCATGCTTCAACGCCCTTAGAACGCTCTCCTACCATTGTCCAAAGGACAATCCACAGCTTCGGTAATATGTTTAGCCCCGGTACATTTTCGGCGCAGTGTCACTCGACTAGTGAGCTATTACGCACTCT > 1:854776/1‑151 AGCGCTCCACATGTCCTTACGATCATGCTTCAACGCCCTTAGAACGCTCTCCTACCATTGTCCAAAGGACAATCCACAGCTTCGGTAATATGTTTAGCCCCGGTACATTTTCGGCGCAGTGTCACTCGACTAGTGAGCTATTACGCACTCT > 1:866671/1‑151 AGCGCTCCACATGTCCTTACGATCATGCTTCAACGCCCTTAGAACGCTCTCCTACCATTGTCCAAAGGACAATCCACAGCTTCGGTAATATGTTTAGCCCCGGTACATTTTCGGCGCAGTGTCACTCGACTAGTGAGCTATTACGCACTCT > 2:920169/1‑151 AGCGCTCCACATGTCCTTACGATCATGCTTCAACGCCCTTAGAACGCTCCCCTACCATTGTCCAAAGGACAATCCACAGCTTCGGTAATATGTTTAGCCCCGGTACATTTTCGGCGCAGTGTCACTCGACTAGTGAGCTATTACGCACTCT > 2:341124/1‑151 GCGCTCCGCATGTCCGTACGATCATGCTTCAACGCCCTTAGAACGCTCTCCTACCATTGTCCAAAGGACAATCCACAGCTTCGGTAATATGTTTAGCCCCGGTACATTTTCGGCGCAGTGTCACTCGACTAGTGAGCTATTACGCACTCTT < 1:514223/151‑1 GCGCTCCACATGTCCTTACGATCATGCTTCAACGCCCTTAGAACGCTCTCCTACCATTGTCCAAAGGACAATCCACAGCTTCGGTACTCCATTTACACCACGTAAATTCTAAGCGCAGTGTCACCCGACTAGTGAGCTATTACGCACTCTT > 1:97470/1‑151 GCGCTCCACATGTCCTTACGATCATGCTTCAACGCCCTTAGAACGCTCTCCTACCATTGTCCAAAGGACAATCCACAGCTTCGGTAATATGTTTAGCCCCGGTACATTTTCGGCGCAGTGTCACTCGACTAGTGAGCTATTACGCACTCTc < 4:56759/151‑2 GCGCTCCACATGTCCTTACGATCATGCTTCAACGCCCTTAGAACGCTCTCCTACCATTGTCCAAAGGACAATCCACAGCTTCGGTAATATGTTTAGCCCCGGTACATTTTCGGCGCAGTGTCACTCGACTAGTGAGCTATTACGCACTCTT > 4:228236/1‑151 GCGCTCCACATGTCCTTACGATCATGCTTCAACGCCCTTAGAACGCTCTCCTACCATTGTCCAAAGGACAATCCACAGCTTCGGTAATATGTTTAGCCCCGGTACATTTTCGGCGCAGTGTCACTCGACTAGTGAGCTATTACGCACTCTT > 3:129784/1‑151 GCGCTCCACATGTCCTTACGATCATGCTTCAACGCCCTTAGAACGCTCTCCTACCATTGTCCAAAGGACAATCCACAGCTTCGGTAATATGTTTAGCCCCGGTACATTTTCGGCGCAGTGTCACTCGACTAGTGAGCTATTACGCACTCTT > 2:298685/1‑151 GCGCTCCACATGTCCTTACGATCATGCTTCAACGCCCTTAGAACGCTCTCCTACCATTGTCCAAAGGACAATCCACAGCTTCGGTAATATGTTTAGCCCCGGTACATTTTCGGCGCAGTGTCACTCGACTAGTGAGCTATTACGCACTCTT > 1:343003/1‑151 GCGCTCCACATGTCCTTACGATCATGCTTCAACGCCCTTAGAACGCTCTCCTACCATTGTCCAAAGGACAATCCACAGCTTCGGTAATATGTTTAGCCCCGGTACATTTTCGGCGCAGTGTCACTCGACTAGTGAGCTATTACGCACTCTT < 1:746209/151‑1 CCCAGACAACTAGGATGTTGGCTTAGAAGCAGCCATCATTTAAAGAGTGCGTAATAGCTCACTAGTCGAGTGACACTGCGCCGAAAATGTACCGGGGCTAAACATATTACCGAAGCTGTGGATTGTCCTTTGGACAATGGTAGGAGAGCGTTCTAAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/515790‑515946 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttctaagCGCTCCACATGTCCTTACGATCATGCTTCAACGCCCTTAGAACGCTCTCCTACCATTGTCCAAAGGACAATCCACAGCTTCGGTAATATGTTTAGCCCCGGTACATTTTCGGCGCAGTGTCACTCGACTAGTGAGCTATTACGCACTCTT < USA300TCH1516_ALE/515981‑515832 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |