| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2687481 | 120 (1.220) | 6 (0.070) | 6/276 | 2.0 | 5.0% | intergenic (+35/+34) | clpL/USA300HOU_RS13835 | ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpL/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2687499 | 117 (1.290) | intergenic (+53/+16) | clpL/USA300HOU_RS13835 | ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpL/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
TATTGTTGAACAGCAAGTACGTGACAAAATTACAGATTACTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGTTTTGAACGCTTGAAAAATTTTACTAGTGTATA > USA300TCH1516_ALE/2687332‑2687631 | tATTGTTGAACAGCAAGTACGTGACAAAATTACAGATTACTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCAt > 2:957661/1‑151 (MQ=255) ttgttgAACAGCAAGTACGTGACAAAATTACAGATTACTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCa < 1:917658/151‑1 (MQ=255) ttgttgAACAGCAAGTACGTGACAAAATTACAGATTACTATTTAGATCATACAGACGTGAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCa < 3:154090/151‑1 (MQ=255) tgAACAGCAAGTACGTGACAAAATTACAGATTACTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTc > 1:798040/1‑151 (MQ=255) gAACAGCAAGTACGTGACAAAATTACAGATTACTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCg > 4:321173/1‑151 (MQ=255) aaCAGCAAGTACGTGACAAAATTACAGATTACTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGc < 2:619571/151‑1 (MQ=255) gCAAGTACGTGACAAAATTACAGATTACTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCtt > 1:107638/1‑151 (MQ=255) cAAGTACGTGACAAAATTACAGATTACTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATAAAAAAAAAAAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTg < 2:184404/151‑1 (MQ=255) cAAGTACGTGACAAAATTACAGATTACTATTTAGATAATACAGACGTTAAACCTGTGGATATATATGCTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTg < 1:477126/151‑1 (MQ=255) aGTACGTGACAAAATTACAGATTACTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGcc < 2:594390/151‑1 (MQ=255) gTACGTGACAAAATTACAGATTACTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCt > 1:131377/1‑151 (MQ=255) gTACGTGACAAAATTACAGATTACTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCt > 1:280079/1‑151 (MQ=255) cGTGACAAAATTACAGATTACTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtg < 2:857387‑M2/151‑3 (MQ=255) aaaaTTACAGATTACTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgctcatt > 2:116468‑M2/1‑143 (MQ=255) aaaaTTACAGATTACTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGAAAAAAAAATGAGCAcaggcaagggcgacctgatgctcatt < 2:479348‑M1/151‑27 (MQ=255) aaaTTACAGATTACTACTTAGATCATAAAGAAGTTAAACATGAGGCTATAGATGTTGATGATAACGAATTAGTCGTAAACGGTAAATAACGACACTTTAACATATCACGCATCAAACATGAGAATCAGGTAGCCCTTGCCAGTGATCA‑ttt > 4:182546/1‑151 (MQ=255) tACAGATTACTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCAcaggcaagggcgacctgatgctcatttttga < 2:191715‑M1/151‑32 (MQ=255) tACAGATTACTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑ttttttt < 1:745750/151‑1 (MQ=255) cAGATTACTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCAcaggcaagggcgacctgatgctcatttttgatg < 2:538228‑M1/151‑34 (MQ=255) cAGATTACTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTGAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTaa > 3:8087/1‑151 (MQ=255) cAGATTACTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTGGCGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTaa < 1:602306/151‑1 (MQ=255) naTTACTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAatt > 2:975418/2‑151 (MQ=255) gATTACTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAatt > 2:538186/1‑151 (MQ=255) ttgcTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAattat > 2:772642/4‑151 (MQ=255) aTTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTccc > 2:275045/1‑151 (MQ=255) ttAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTg < 2:399181/151‑1 (MQ=255) gATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACAAATCGGGCCTACCACATGCGACACCGGACGATCTTGAATGAGGTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGaa > 3:153821/1‑151 (MQ=255) aTCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGaaa < 4:446080/151‑1 (MQ=255) aTCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGAATAACGAATCAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGaaa < 1:10974/151‑1 (MQ=255) aCAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACGCTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGAt < 2:121007/151‑1 (MQ=255) cAGACGTTAAACAAGTGGCTATAGGAGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGAtt < 2:313015/151‑1 (MQ=255) aGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTc < 3:425359/151‑1 (MQ=255) gTTAAACATGTTGAGATAGATTGTGATGATAACGAATGAGTCGTAAAGGGTAAATAACGACACGATAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCACCGTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTAATAAACAAAAAAATGATTCGCtg < 2:900420/151‑1 (MQ=255) gTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCtg > 1:555477/1‑151 (MQ=255) tAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCtgtg < 4:168361/151‑1 (MQ=255) tAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCtgtg < 1:198781/151‑1 (MQ=255) aaCATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCtgtgtg < 2:36878/151‑1 (MQ=255) aTGTTGATATAGAGGTGGTGTTTAGCGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAATATTAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTTGGCTCA‑TTTTGTTGATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGcgg < 2:423611/151‑3 (MQ=255) tgtgGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgt > 1:928760/1‑151 (MQ=255) tgGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgttc < 1:400517/151‑1 (MQ=255) tgGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgttc < 2:462781/151‑1 (MQ=255) atatAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgttctgg < 2:854799/151‑2 (MQ=255) tataGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgttctgtt > 4:452436/1‑151 (MQ=255) tataGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgttctgtt > 1:168667/1‑151 (MQ=255) ataGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCtgttctgttc < 3:212094/151‑1 (MQ=255) taGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTcc > 2:508388/1‑151 (MQ=255) taGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTcc < 3:121647/151‑1 (MQ=255) aGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCTCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCca < 2:1057356/151‑1 (MQ=255) aGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCca < 1:861836/151‑1 (MQ=255) gATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCcac < 3:254741/151‑1 (MQ=255) gATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCcac < 3:44577/151‑1 (MQ=255) gTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCacaac > 1:407302/1‑151 (MQ=255) gTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCacaac > 2:521106/1‑151 (MQ=255) aTAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACg > 2:810951/1‑151 (MQ=255) aCGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGAtt < 2:398686/151‑1 (MQ=255) aCGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGAtt < 3:301487/151‑1 (MQ=255) cGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTa > 4:267852/1‑151 (MQ=255) aTTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATg > 4:129697/1‑151 (MQ=255) gtggTAAAAGGGAAATCAGGGCGCTGTCGCCTATGGCGCATCAAACATGAGCATCAGGTCGCCCATGCCTGTGCTCA‑TTTTTTAAGTTATGGCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGCTTAATGGcac < 4:50617/148‑1 (MQ=255) gTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTcac < 1:495961/151‑1 (MQ=255) cGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACAt > 2:465907/1‑151 (MQ=255) gTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATg > 3:190349/1‑151 (MQ=255) aaaGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTAc < 1:413930/151‑1 (MQ=255) ggTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACcac > 2:1033084/1‑151 (MQ=255) ggTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACcac > 2:882348/1‑151 (MQ=255) gTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACcaca > 2:349577/1‑151 (MQ=255) tAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTc < 3:11910/151‑1 (MQ=255) aCGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCt > 1:608382/1‑151 (MQ=255) aCGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCt > 2:553585/1‑151 (MQ=255) aCGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCt > 1:786583/1‑151 (MQ=255) acTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGttt > 3:382441/1‑151 (MQ=255) cTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGtttt < 1:757356/151‑1 (MQ=255) tttAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGTTTTg < 2:863032/151‑1 (MQ=255) aaCATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGTTTTGAAc < 2:630560/151‑1 (MQ=255) aaCATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGTTTTGAAc < 3:92458/151‑1 (MQ=255) aCATATCCCGCATCATAAATGAGCATCAGGTCGCCTTTGACAGTGCTCA‑TTATTTTAATTATTTGCCTGGAAAATGATTCGCTATGTGCTGTTCTGATCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACAAAATTATCCTTGCTTTAAACg > 4:298764/1‑151 (MQ=255) cATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGTTTTGAACGc > 4:51974/1‑151 (MQ=255) cATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGTTTTGAACGc > 1:433443/1‑151 (MQ=255) atatCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGTTTTGAACGCt < 2:168667/151‑1 (MQ=255) atatCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGTTTTGAACGCt < 2:168605/151‑1 (MQ=255) atggcgcATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGTTTTGAACGCTTg < 4:393341/148‑1 (MQ=255) atCGCGCATCAAAAATGAGCACAAGGTCGCACTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGCAAATGATTCGCTGTGCGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGCTTAATGTCCCATGTACCACATTTTCCTTGTTTTGACCGCTTg < 4:155277/151‑1 (MQ=255) cgcgCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGTTTTGAACGCTTGaa < 1:926219/151‑1 (MQ=255) gcgcATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGTTTTGAACGCTTGaaa < 1:882348/151‑1 (MQ=255) gcgcATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGTTTTGAACGCTTGaaa < 3:48154/151‑1 (MQ=255) aTCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGTTTTGAACGCTTGAAAAAtt > 2:754085/1‑151 (MQ=255) tCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgctcatttttgatgcgcgatatgttaaagtgtcgttatttaccttttacgactaattcgttatcctcaacatctatatccacatgtttaacgtctgtatgatctaaatagtaatctgta < 2:191715‑M2/151‑121 (MQ=255) tCAAAAANGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGTTTTGCACGCTTGAAAAAttt < 2:798040/151‑1 (MQ=255) aaaaaTGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgctcatttttgatgcgcgatatgttaaagtgtcgttatttaccttttacgactaattcgttatcctcaacatctatatccacatgtttaacgtctgtatgatctaaatagtaatctgtaat < 2:811770‑M2/151‑123 (MQ=255) aaaaaTGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGTTTTGAACGCTTGAAAAATTTTa < 1:697375/151‑1 (MQ=255) aaaaTGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgctcatttttgatgcgcgatatgttaaagtgtcgttatttaccttttacgactaattcgttatcctcaacatctatatccacatgtttaacgtctgtatgatctagatagtaatctgtaatt < 1:331403‑M2/151‑124 (MQ=255) aaaaTGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGTTTTGAACGCTTGAAAAATTTTAc > 3:161898/1‑151 (MQ=255) aaaaTGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGTTTTGAACGCTTGAAAAATTTTAc > 1:86235/1‑151 (MQ=255) aaTGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgctcatttttttttcgcgatatgttaaagtgtcgttatttaccttttacgactaattcgttatcctcaacatctatatccacatgtttaacgtctgtatgatctaaatagtaatctgtaatttt < 2:479348‑M2/151‑126 (MQ=255) tGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGTTTTGAACGCTTGAAAAATTTTACTAgt < 1:894358/151‑1 (MQ=255) gAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGTTTTGAACGCTTGAAAAATTTTACTAgtg < 1:734149/151‑1 (MQ=255) aGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGTTTTGAACGCTTGAAAAATTTTACTAgtg < 2:1044904/151‑1 (MQ=255) gCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgctcatttttgatgcgcgatatgttaaagtgtcgttatttaccttttacgactaattcgttatcctcaacatctatatccacatgtttaacgtctgtatgatctaaatagtaatctgtaattttgtcac < 4:168582‑M2/151‑131 (MQ=255) cacaggcaagggcgacctgatgctcatttttgatgcgcgatatgttaaagtgtcgttatttaccttttacgactaattcgttatcctcaacatctatatccacatgtttaacgtctgtatgatctaaatagtaatctgtaattttgtcacg < 2:167923‑M1/151‑150 (MQ=255) cATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGTTTTGAACGCTTGAAAAATTTTACTAGTGtat < 2:326551/151‑1 (MQ=255) | TATTGTTGAACAGCAAGTACGTGACAAAATTACAGATTACTATTTAGATCATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGTTTTGAACGCTTGAAAAATTTTACTAGTGTATA > USA300TCH1516_ALE/2687332‑2687631 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |