| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_bme_pgi | 3083831 = | 235 (1.110) | 31 (0.160) | 14/178 | 19.6 | 12.9% | intergenic (‑34/+104) | speB/speA | agmatinase/biosynthetic arginine decarboxylase, PLP‑binding |
| ? | NC_000913_3_bme_pgi | 3083868 = | 207 (1.070) | intergenic (‑71/+67) | speB/speA | agmatinase/biosynthetic arginine decarboxylase, PLP‑binding | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TAAGTCCTGTGTTACTTGAATCCGCTTAATTTAGCGGTGATAATCCGCCACAATTTATTGTGACAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913_3_bme_pgi/3083937‑3083831‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggaagggttGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGACTTACTCATCTTCAAGATAAGTATAACCGTAC > NC_000913_3_bme_pgi/3083868‑3083965 TAAGTCCTGTGTTACTTGAATCCGCTTAATTTAGCGGTGATAATCCGCCACAATTTATTGTGACAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGn < 1:4762078/100‑2TAAGTCCTGTGTTACTTGAATCCGCTTAATTTAGCGGTGATAATCCGCCACAATTTATTGTGACAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGG < 1:4761877/100‑1TAAGTCCTGTGTTACTTGAATCCGCTTAATTTAGCGGTGATAATCCGCCACAATTTATTGTGACAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGG < 2:359018/100‑1TAAGTCCTGTGTTACTTGAATCCGCTTAATTTAGCGGTGATAATCCGCCACAATTTATTGTGACAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGG < 2:4056327/100‑1 GTCCTGTGTTACTTGAATCCGCTTAATTTAGCGGTGATAATCCGCCACAATTTATTGTGACAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAG < 1:1278613/100‑1 GTCCTGTGTTACTTGAATCCGCTTAATTTAGCGGTGATAATCCGCCACAATTTATTGTGACAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAG > 1:3759272/1‑100 GTCCTGTGTTACTTGAATCCGCTTAATTTAGCGGTGATAATCCGCCACAATTTATTGTGACAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAG > 1:3332078/1‑100 GTCCTGTGTTACTTGAATCCGCTTAATTTAGCGGTGATAATCCGCCACAATTTATTGTGACAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAG < 2:4086960/100‑1 GTCCTGTGTTACTTGAATCCGCTTAATTTAGCGGTGATAATCCGCCACAATTTATTGTGACAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAG > 2:984946/1‑100 CCTGTGTTACTTGAATCCGCTTAATTTAGCGGTGATAATCCGCCACAATTTATTGTGACAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGG > 2:3883227/1‑100 CCTGTGTTACTTGAATCCGCTTAATTTAGCGGTGATAATCCGCCACAATTTATTGTGACAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGG > 1:3589708/1‑100 CCTGTGTTACTTGAATCCGCTTAATTTAGCGGTGATAATCCGCCACAATTTATTGTGACAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGG > 1:898622/1‑99 CTGTGTTACTTGAATCCGCTTAATTTAGCGGTGATAATCCGCCACAATTTATTGTGACAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGG < 2:3119306/99‑1 AGCGGTGATAATCCGCCACAATTTATTGTGACAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCG > 1:1691670/1‑100 GCCACAATTTATTGTGACAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCT > 1:170706/1‑99 TTATTGTGACAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATT > 2:1055432/1‑96 TGACAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATT > 1:1668484/1‑99 AAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAG > 1:2466604/1‑99 TCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAA > 1:4065246/1‑99 TCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCCAAATTAAGCGGCTTCAAGTAA > 1:4628803/1‑99 CCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGACGGGTTGGCTTTGTCACAATAAATGGTGGCGGATTATCACCGCGAAATTAAGCGGATTCAAGTAACA > 2:3078039/1‑100 CAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACA > 1:3932447/1‑99 CAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTCGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATCCAAGTAACA > 2:3204600/1‑99 AACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACA > 1:4376676/1‑98 AACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGATGGACTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTCAATT > 2:3111003/1‑80 ACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAG > 2:5079532/1‑100 ACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAG > 1:3517844/1‑100 CCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTACATTAAGCGGACTCAAGTAACACAG > 2:1450095/1‑99 CCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAG > 1:1620915/1‑99 CCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAG > 1:599512/1‑99 CCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAG > 1:2379749/1‑99 CCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGA > 1:4867004/1‑100 CCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGA > 1:3116293/1‑100 CCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGA > 1:3116240/1‑100 CCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGA > 1:972927/1‑100 CCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGA > 2:655699/1‑100 CCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCGAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAG > 1:3962600/1‑98 CTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACcg > 2:2171522/1‑95 CTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGAC > 1:1295963/1‑100 CTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGAC > 1:2226528/1‑100 CTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGAC > 1:2431079/1‑100 CTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGA > 2:2173621/1‑99 CTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTAACACCACAAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGAC > 1:302237/1‑100 GCGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCACGTAACACAGGACTTACTCATCTTCCAGATAAGTA > 2:4219592/1‑100 GGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATCAAGCGGATTCAAGTAACACAGGACTTACTCATCTTCAAGATAAGTAT > 2:3580234/1‑99 AAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGACTTACTCATCTTCAAGATAAGTATAAC < 2:2120889/100‑1 AAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGACTTACTCATCTTCAAGATAAGTATAAC < 2:1871282/100‑1 GGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGACTTACTCATCTTCAAGATAAGTATAACCG > 2:3361953/1‑100 GGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTACATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGACTTACTCATCTTCAAGATAACTATAACCG > 1:5294813/1‑99 GGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGACTTACTCATCTTCAAGATAAGTATAACCG > 1:852872/1‑99 GGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGACTTACTCATCTTCAAGATAAGTATAACCG > 1:2830728/1‑99 GGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGACTTACTCATCTTCAAGATAAGTATAACCG > 1:2623728/1‑99 GGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGACTTACTCATCTTCAAGATAAGTATAACCG > 2:672632/1‑99 GGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGACTTACTCATCTTCAAGATAAGTATAACCG > 1:1905098/1‑99 GTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGCTTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGACTTACTCATCTTCAAGATAAGTATAACCGTA > 1:4574176/1‑100 GTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGACTTACTCATCTTCAAGATAAGTATAACCGTA > 2:2694471/1‑100 TTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGACTTACTCATCTTCAAGATAAGTATAACCGTAC < 1:4904468/100‑1 TGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGACTTACTCATCTTCAAGATATGTATAACCGTAC > 2:2505904/1‑99 TAAGTCCTGTGTTACTTGAATCCGCTTAATTTAGCGGTGATAATCCGCCACAATTTATTGTGACAAATCCAACCCTTCCTCGTCGGGCCTAACGACGCGGAAGGGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913_3_bme_pgi/3083937‑3083831‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggaagggttGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGACTTACTCATCTTCAAGATAAGTATAACCGTAC > NC_000913_3_bme_pgi/3083868‑3083965 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |