| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_hsa_pgi | 618054 = | 276 (1.050) | 11 (0.050) | 10/272 | 31.4 | 4.2% | intergenic (+16/‑200) | entF/fepE | enterobactin synthase multienzyme complex component, ATP‑dependent/regulator of length of O‑antigen component of lipopolysaccharide chains |
| ? | NC_000913_3_hsa_pgi | 618087 = | 251 (1.040) | intergenic (+49/‑167) | entF/fepE | enterobactin synthase multienzyme complex component, ATP‑dependent/regulator of length of O‑antigen component of lipopolysaccharide chains | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 277 total aligned reads displayed.
GTCCCGAACGCGCCTGGTCGCCGTGGATAGCGGAGCTGGATATCTATCGTCAGGATTGTGCGCATGTGGATATTATCTCTCCAGGGACGTTTGAAAAAATTGGGCCGATTATTCGCGCAACGCTAAACAGGTAAATTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGATTTATAGGTTTGATGAATATTTCTCTTAAATAGAGTGAATGTTGCATTCAGTGGAAGGAATTTACAAACTTCAGCTTCGGATAATTATCACCAACTGGTAAAGT > NC_000913_3_hsa_pgi/617905‑618203 | gTCCCGAACGCGCCTGGTCGCCGTGGATAGCGGAGCTGGATATCTATCGTCAGGATTGTGCGCATGTGGATATTATCTCTCCAGGGACGTTTGAAAAAATTGGGCCGATTATTCGCGCAACGCTAAACAGGTAAATTAATATTATTtata > 2:1537026/1‑150 (MQ=255) cccGAACGCGCCTGGTCGCCGTGGATAGCGGAGCTGGATATCTATCGTCAGGATTGTGCGCATGTGGATATTATCTCTCCAGGGACGTTTGAAAAAATTGGGCCGATTATTCGCGCAACGCTAAACAGGTAAATTAATATTATTTATaaa > 1:3264187/1‑150 (MQ=255) cccGAACGCGCCTGGTCGCCGTGGATAGCGGAGCTGGATATCTATCGTCAGGATTGTGCGCATGTGGATATTATCTCTCCAGGGACGTTTGAAAAAATTGGGCCGATTATTCGCGCAACGCTAAACAGGTAAATTAATATTATTTATaaa > 2:3941964/1‑150 (MQ=255) ccGAACGCGCCTGGTCGCCGTGGATAGCGGAGCTGGATATCTATCGTCAGGATTGTGCGCATGTGGATATTATCTCTCCAGGGACGTTTGAAAAAATTCGGCCGATTATTCGCGCAACGCTAAAAAGGTAAATTAATATTATTTATAAAc > 2:2119411/1‑150 (MQ=255) aCGCGCCTGGTCGCCGTGGATAGCGGAGCTGGATATCTATCGTCAGGATTGTGCGCATGTGGATATTATCTCTCCAGGGACGTTTGAAAAAATTGGGCCGATTATTCGCGCAACGCTAAACAGGTAAATTAATATTATTTATAAACCCAt < 1:1028156/150‑1 (MQ=255) aCGCGCCTGGTCGCCGTGGATAGCGGAGCTGGATATCTATCGTCAGGATTGTGCGCATGTGGATATTATCTCTCCAGGGACGTTTGAAAAAATTGGGCCGATTATTCGCGCAACGCTAAACAGGTAAATTAATATTATTTATAAACCCAt < 1:2951001/150‑1 (MQ=255) tGGTCGCCGTGGATAGCGGAGCTGGATTTCTATCGTCAGGATTGTGCGCATGTGGATATTATCTCTCCAGGGAAGTTTGAAAAAATTGGGCCGATTATTCGCGCAACGCTAAACAGGTAAATTAATATTATTTATAAACCGATAATTACa < 2:894637/150‑1 (MQ=255) ggTCGCCGTGGATAGCGGAGCTGGATATCTATCGTCAGGATTGTGCGCATGTGGATATTATCTCTCCAGGGACGTTTGAAAAAATTGGGCCGATTATTCGCGCAACGCTAAACAGGTAAATTAATATTATTTATAAACCCATAATTTCAg > 1:553519/1‑150 (MQ=255) ggTAGCCGTGGATAGCGTAGCTGGATATCTATCGTCATGATTGTGAGCATGGTGATATTATCTCTCCAGGGACGTTTGAAAAAATTCGGCCGATTATTCGCGCAACGCTAAACAGGTAAATTAATATTATTTATAAACCCAAAATTACAg < 1:331786/150‑1 (MQ=255) tCGCCGTGGATAGCGGAGCTGGATATCTATCGTCAGGATTGTGCGCATGTGGATATTATCTCTCCAGGGACGTTTGAAAAAATTGGGCCGATTATTCGCGCAACGCTAAACAGGTAAATTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGaa > 2:3642502/1‑150 (MQ=255) cGCCGTGGATAGCGGAGCTGGATATCTATCGTCAGGATTGTGCGCATGTGGATATTATCTCTCCAGGGACGTTTGAAAAAATTGGGCCGATTATTCGCGCAACGCTAAACAGGTAAATTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGaaa < 2:2491705/150‑1 (MQ=255) cGCCGTGGATAGCGGAGCTGGATATCTATCGTCAGGATTGTGCGCATGTGGATATTATCTCTCCAGGGACGTTTGAAAAAATTGGGCCGATTATTCGCGCAACGCTAAACAGGTAAATTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGaaa > 2:4132825/1‑150 (MQ=255) gCCGTGGATAGCGGAGCTGGATATCTATCGTCAGGATTGTGCGCATGTGGATATTATCTCTCCAGGGACGTTTGAAAAAATTGGGCCGATTATTCGCGCAACGCTAAACAGGTAAATTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGaaaa > 1:3464069/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |