| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_hsa_pgi | 2288919 = | NA (NA) | 86 (0.920) | 63/296 | 0.3 | 93.5% | intergenic (‑5/+146) | yejO/insH1 | pseudogene, autotransporter outer membrane homology;putative transport; Not classified; putative ATP‑binding component of a transport system/IS5 transposase and trans‑activator |
| ? | NC_000913_3_hsa_pgi | = 4250772 | 6 (0.060) | pseudogene (42/183 nt) | yjbI | pseudogene, SopA‑related, pentapeptide repeats‑containing | |||||
Only 100 of 193 total aligned reads displayed.
TATCCATTATCTCAATGCCTTATCAGAGATTCTTTTCCTTTCGCCGGTAGTGTCTGGACATTCAGGCTACTTTTCCAGGTTATTTTATTTCTGTTATGCAGAGGTTTTATGATAAGTCATATCCTAAATTCTGGCGGCAATAACTCTTTGATGAAACATGATGTGGTGCAAGGAAATAATATAGTAGATCTTGATTTACTACGTAATTTAAATGGGGTGCCAGGTTTAAACAGAGATAACTTTATTTATATCAGCAATATTTTTTCAAATATAAAACAACGGAACGAAAAAATCATGC > NC_000913_3_hsa_pgi/4250623‑4250920 | ttCCATTATCTCAATGCGTTATCAGAGATTGTTTTCCTTTCGCCGGTAGTGTCTGGACATTCTGGCTACTTTTCCTTGTTATTTTATTTCTGGTATGCAGAGGTTTTATGATAAGTCATATGCTAAATTCTGGCGGCAATAACTCTTtg < 1:1183952/148‑1 (MQ=255) atCCATTATCTCAATGCCTTATCAGAGATTCTTTTCCTTTCGCCGGTAGTGTCTGGACATTCAGGCTACTTTTCCAGGTTATTTTATTTCTGTTATGCAGAGGTTTTATGATAAGTCATATCCTAAATTCTGGCGGCAATAACTCTTtg < 1:245452/149‑1 (MQ=255) atCCATTATCTCAATGCCTTATCAGAGATTCTTTTCCTTTCGCCGGTAGTGTCTGGACATTCAGGCTACTTTTCCAGGTTATTTTATTTCTGTTATGCAGAGGTTTTATGATAAGTCATATCCTAAATTCTGGCGGCAATAACTCTTtg < 1:1279661/149‑1 (MQ=255) caagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcCTTtgat < 2:1516123‑M2/7‑1 (MQ=255) aagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcCTTtgatg > 1:2263‑M2/142‑149 (MQ=255) aTTATCTCAATGCCTTATCAGAGATTCTTTTCCATTCGCCGGTAGTGTCTGGACATTCAGTCTACTTTTCCAGGTTATTTTATTTCTGTTATGCAGAGGTTTTATGATAAGTCATATCGTAAATTCTGGCGGCTATAACTCTTTGggaa < 2:677662‑M2/149‑5 (MQ=255) ttATCTCAATGCCTTATCAGAGATTCTTTTCCTTTCGCCGGTAGTGTCTGGACATTCAGGCTACTTTTCCAGGTTATTTTATTTCTGTTATGCAGAGGTTTTATGATAAGTCATATCCTAAATTCTGGCGGCAATAACTCTTTGggaag > 2:745899‑M2/1‑144 (MQ=255) gaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcCTTTGATGaa > 1:624032‑M2/140‑149 (MQ=255) 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ccTTATCAGAGATTCTTTTCCTTTCGCCGGTAGTGTCTGGACATTCAGGCTACTTTTCCAGGTTATTTTATTTCTGTTATGCAGAGGTTTTATGATAAGTCATATCCTAAATTCTGGCGGCAATAACTCTTTGggaaggtgcgaataag > 2:214895‑M2/1‑133 (MQ=255) tctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcCTTTGATGAAACATGATgtggt > 1:616965‑M2/128‑149 (MQ=255) ttttCAGAGATTCTTATCATTTCGCCGCAAGTGTATGGACATTAAGGCTACTTTAACAGGTTATTTTATTTCTGTTATGCAGAGGTTTTATGATAAGTAATATCATAAATTCTGGCGGCAATAAATCTTTGggaaggtgcgaataaccc < 2:598813‑M2/149‑19 (MQ=255) tATCAGAGATTCTTTTCCTTTCGCCGGTAGTGTCTGGACATTCAGGCTACTTTTCCAGGTTATTTTATTTCTGTTATGCAGAGGTTTTATGATAAGTCATATCCTAAATTCTGGCGGCAATAACTCTTTGggaaggtgcgaataagcgg < 1:466438‑M2/149‑20 (MQ=255) tCAGAGATTCTTTTCCTTTCGCCGGTAGTGTCTGGACATTCAGGCTACTTTTCCAGGTTATTTTATTTCTGTTATGCAGAGGTTTTATGATAAGTCATATCCTAAATTCTGGCGGCAATAACTCTTTGggaaggtgcgaataagcgggg < 2:1419913‑M2/149‑22 (MQ=255) gtctgacggcgcttactgctgaattctctttcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcCTTTGATGAAACATGATGTGGTGCaa < 1:1065882‑M2/26‑1 (MQ=255) agagATTCTTTTCCTTTCGCCGGTAGTGTCTGGACATTCAGGCTACTTTTCCAGGTTATTTTATTTCTGTTATGCAGAGGGTTTATGATAAGTCATATCCTAAATTCTGGCGGCAATACCTCTTTGggaaggtgcgaataagctgggaa < 2:1223076‑M2/149‑24 (MQ=255) agagATTCTTTTCCTTTCGCCGGAAGTGTCTGCACAATCAGGCTACTTTTCCAGGTTAATTAATTTCTGTAAAGCAGAGGTTTTATGATAAGTCATATCCTAAATTCTCGCGGCAATAACTCTTTGggaaggtgcgaataatcggggaa < 2:928152‑M2/149‑24 (MQ=255) agagATTCTTTTCATTTCGCCGGTAGTGTCTGGACATTCAGGCTACTTTTCCAGGTTATTTTATTTCTGTTATGCAGAGGTTTTATGATAAGTCATATCCTAAATTCTGGCGGCAATAACTCTTTGtgaaggtgcgaataatcgtggaa < 2:690009‑M2/149‑24 (MQ=255) tgacggcgcttcctgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcCTTTGATGCAACATGATGTGGTGCAAGGa > 1:973518‑M2/121‑149 (MQ=255) tgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgagctcatatcagggacttgttcgcaccttcCTTTGATGAAACATGATGTGGTGCAAGGa > 2:188112‑M2/121‑149 (MQ=255) ccggcgcttacggctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgcagactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgagctcatatcagggacttgttcgcaccttcCTTTGATGAAACATGATGTGGTGCAAGGaaa < 2:619737‑M2/31‑1 (MQ=255) acggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcCTTTGATGAAACATGATGTGGTGCAAGGaaa < 1:585174‑M2/31‑1 (MQ=255) tCTTTTCCTTTCGCCGGTAGTGTCTGGACAATCAGGCTACTTTTCCAGGTTATATTATTTCTGTTATGCAGAGGTTTTATGATAAGTCATATCCTAAATTCTGGCGGCAATAACTCTTTGggaaggtgcgaataagcggggaaattctt > 1:864282‑M2/1‑120 (MQ=255) cTTTTCCTTTCGCCGGTAGTGTCTGGACATTCAGGCTACTTTTCCAGGTTCTTTTATTTCTGTTATGCAGAGGTTTTATGATAAGTCATATCCTAAATTCTGGCGGAAATAACTCTTTGggaaggtgcgaataagcggggaaattcttc > 2:1089036‑M2/1‑119 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |