| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_hsa_pgi | 4215254 = | 1858 (19.880) | 91 (1.020) | 22/282 | 3.8 | 4.8% | intergenic (+45/‑224) | metA/aceB | homoserine O‑transsuccinylase/malate synthase A |
| ? | NC_000913_3_hsa_pgi | 4215272 = | 1880 (21.120) | intergenic (+63/‑206) | metA/aceB | homoserine O‑transsuccinylase/malate synthase A | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 2028 total aligned reads displayed.
ATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATTAAAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCA > NC_000913_3_hsa_pgi/4215124‑4215420 | aTTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAACCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCGtt > 2:189978/1‑149 (MQ=255) aCTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCtttttt < 2:1266656/149‑1 (MQ=255) tGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTAt > 2:381907/1‑149 (MQ=255) tGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCAACGGCACATGAATCCAACGATGGAATAATATTCTGTGATAGTCGATCGATAAGCGATTCAACACCTTACCTCAGGCACAATAGTGTGCATTTTTTAt > 1:1471919/1‑149 (MQ=255) tttACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCAAACGCTGGATTAATCATCTGTGAAAGTCGATAGTTAAGCTATAAACCACCTTACCTCAAGCACCTTAGGGTTCCTTTTTTAttt > 1:117692/1‑149 (MQ=255) ttccAAGTGGCTCATCTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCATCTCTGGATTAATCTTCTGTGTTAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTcc < 1:1109738/147‑1 (MQ=255) tACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTcc < 1:947443/149‑1 (MQ=255) aaCTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGcaa > 2:1332061/1‑149 (MQ=255) aCTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAAc > 1:25346/1‑149 (MQ=255) tCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCt < 2:333421/149‑1 (MQ=255) tCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCt > 1:489785/1‑149 (MQ=255) tCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAAAGTAcca > 2:95968/1‑148 (MQ=255) tCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTACAGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTATTATTTCCGAAACGTAACt > 2:28935/1‑149 (MQ=255) aaCTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTca > 1:789951/1‑149 (MQ=255) aaCTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTca > 1:547781/1‑149 (MQ=255) tATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTcagca > 2:14999/1‑149 (MQ=255) tATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTcagca < 2:631872/149‑1 (MQ=255) ttACGTCTACCAGATCACGCCATATGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATATTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGAGATTAATCACCTTACCTCAAGCACCTTCTGGTGCATTTTTTATTTCAGAAACTTAAATCAGAAgg > 2:1482020/1‑149 (MQ=255) 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cTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATTAAAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAagag < 1:430870/149‑1 (MQ=255) ttttttATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATTAAAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGAATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGc > 2:450125/1‑149 (MQ=255) | ATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATTAAAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGCA > NC_000913_3_hsa_pgi/4215124‑4215420 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |