| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | NC_000913_3_hsa_pgi | = 2515613 | NA (NA) | 61 (0.820) | 51/290 | 0.5 | 91.2% | intergenic (+170/+30) | insL1/yfeA | IS186 transposase/putative diguanylate cyclase |
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Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
CGCAACAAACGTTGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATTACGGGCAGGGATGCCCACCCTTGTGCGATAAAAATAACGATGAAAAGGAAGAGATTATTTCTATTAGCGTCGTTGC > NC_000913_3_hsa_pgi/4543496‑4543792 | cgcAACAAACGTTGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCC > 1:338188‑M2/1‑149 (MQ=255) gtaatgccgaagtatccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcttaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCCGCAACCCCggg > 2:947962‑M2/134‑149 (MQ=255) acaaACGTTGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCataa > 1:409186‑M2/1‑145 (MQ=255) acaaACGTTGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCAGACGCTGGATGCTGCGACATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGATCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGTCCGCAACCCataa < 2:563196‑M2/149‑5 (MQ=255) acgtgccgaagtatccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaatacaacaacccttaagttagcgcttatGGGCCGCAACCCCGGGt > 2:385326‑M2/133‑149 (MQ=255) aCGTTGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCataagcgc < 1:201319‑M2/149‑9 (MQ=255) gaagtatccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcttcggcacgtgaaatcatatcaggcgtaataccccaacccttaagttagcgcttatGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTa > 2:1066788‑M2/126‑149 (MQ=255) gtatccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgacaagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATg > 2:102498‑M2/123‑149 (MQ=255) gtgCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCataagcgctaacttaa > 1:421206‑M2/1‑133 (MQ=255) atccagttcttcgggcgtaccaatatggtccataattgctgaccagttagcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaaaaccacaacccttaagttagcgcttatGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCg < 2:694930‑M2/29‑1 (MQ=255) tccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtgataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCgg > 1:926360‑M2/120‑149 (MQ=255) gCAGTTCCTTGACTGTACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGGGACATTTAGTTCAGAAACAAACCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCTGGGCCGCAACCCataagcgctaacttaagg > 1:389397‑M2/1‑131 (MQ=255) gCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCataagcgctaacttaagg > 1:1216221‑M2/1‑131 (MQ=255) aGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCataagcgctaacttaagggt > 2:152501‑M2/1‑129 (MQ=255) ccTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGTTCATAAACAACCCTGAATAACGGATCCATTACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCataagcgctaacttaagggttgaa > 1:1110824‑M2/1‑125 (MQ=255) catcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAc < 2:1172339‑M2/37‑1 (MQ=255) ttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAcc > 1:256874‑M2/112‑149 (MQ=255) gggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTc > 1:530226‑M2/109‑149 (MQ=255) 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ttctgagcTGACGCTGGTTGGTGGGAGATTTAGTTGAGTAACAACCGTTAATAACGGAACCATTACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCataagcgctaacttacgggtagaaccatctgaagaatgc > 2:378073‑M2/3‑110 (MQ=255) atatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccaccacccttaagttagcgcttatGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATCCGGATGCGACCTTCAAGGTTCaga > 1:54364‑M2/99‑148 (MQ=255) tgggccagaattgctgaccagttatcgttagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATc < 2:100236‑M2/54‑1 (MQ=255) tGGATGGTGCGACATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcc < 1:509529‑M2/149‑54 (MQ=255) gctgcccagttatcgttagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgctaatGCGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTAccc < 2:1128926‑M2/66‑1 (MQ=255) ctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCa < 1:659048‑M2/67‑1 (MQ=255) tGGTGCGACATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgt > 1:1054040‑M2/1‑92 (MQ=255) ggTGCGACATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgtt > 1:952483‑M2/1‑91 (MQ=255) accagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGt > 2:766690‑M2/80‑149 (MQ=255) gTGAGACATTTAGTTCAGAAACATCCCTGAATAACGTAACCAATACGATTCCGTTCCAGGAGCTTTATATTGCAACCGGGGCCGCAACCCataagcgctaacttaagggttgaaccagctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgtta > 1:227759‑M2/1‑90 (MQ=255) tGCGACATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcagcggtgcctcattaa < 1:1238568‑M2/149‑61 (MQ=255) gCGACATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCataagcgctaagttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaag < 2:464191‑M2/149‑62 (MQ=255) gCGACATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCCTTCAATGCGCGTTATTTAGCAACCGGGGCCGCACCCCataagcgctaacttaagggatgaaccatctgaagaatgccccgccgcggagcctcgttaag < 1:677434‑M2/149‑62 (MQ=255) gttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGGGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAg < 1:244730‑M2/74‑1 (MQ=255) cGACATTTAGTTCAGAAACGCCCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagc < 2:1225673‑M2/149‑63 (MQ=255) 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cccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacgatgcctcgcgttcttcaattgcgttttgtaggctgtcagggatactgtcccacgaatggccacctgtaagctccagatgacc < 1:286122‑M2/149‑147 (MQ=255) ccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacgatgcctcgcgttcttcaattgcgttttgtaggctgtcagggatactgtcccacgaatggccacctgtaagctccagatgacca < 1:610250‑M2/149‑148 (MQ=255) ccGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAATGTTCAGTATGAATAACCTACCGAGGTTGAGGTACGTCATTACGGGCAGGGATGCCCACCCTTGTGCGATAAATATAACGATGAAAAGGAAGAGATTATTTCTATTAGCGTCGTtgc < 1:540100/149‑1 (MQ=255) ccGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCAACCCAGGTTCAGGGACGTCATTACGGGCAGGGATGCCCACCCTTGTGCGATAAAAATAACGATGAAAAGGAAGAGATTATTTCTATTAGCGTCGTtgc < 1:947962/149‑1 (MQ=255) cataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacgatgcctcgcgttcttcaattgcgttttgtaggctgtcagggatactgtcccacgaatggccacctgtaagctccagatgaccat < 1:515559‑M2/149‑149 (MQ=255) cataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacgatgcctcgcgttcttcaattgcgttttgtaggctgtcagggatactgtcccacgaatgaccacctgtaagctccagatgaccat < 1:700538‑M2/149‑149 (MQ=255) cataagcgctaacttaagagttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacgatgcctcgcgttcttcaattgcgttttgtaggctgtcagggatactgtcccacgaatggccacctgtaagctccagatgaccat < 1:126998‑M2/149‑149 (MQ=255) | CGCAACAAACGTTGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGATGGTGCGACATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATTACGGGCAGGGATGCCCACCCTTGTGCGATAAAAATAACGATGAAAAGGAAGAGATTATTTCTATTAGCGTCGTTGC > NC_000913_3_hsa_pgi/4543496‑4543792 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |