| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_hsa_pgi | = 4235606 | 712 (12.640) | 19 (0.360) | 15/260 | 3.1 | 2.8% | intergenic (‑2373/‑328) | lysC/yjbE | lysine‑sensitive aspartokinase 3/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein |
| ? | NC_000913_3_hsa_pgi | = 4235611 | 654 (12.410) | intergenic (‑2378/‑323) | lysC/yjbE | lysine‑sensitive aspartokinase 3/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 714 total aligned reads displayed.
GCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCG‑ATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGAT > NC_000913_3_hsa_pgi/4235463‑4235759 | tgccgcagcTTCCAGCAACCGTGGCCTGATGCCACTTGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGAGGCCG‑ATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCg < 2:150118/146‑1 (MQ=255) gccgcATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCG‑ATATGTACATCGTATTCGGTAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCTACGTTATGTCGGcct > 2:884579/1‑147 (MQ=255) gccgcATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCG‑ATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCAt > 1:21707/1‑149 (MQ=255) ccgcATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCG‑ATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACATAACGTCGGCAtt < 1:605902/149‑1 (MQ=255) cgcATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCG‑ATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACATAACGTCGGCAttg < 1:48787/149‑2 (MQ=255) cATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCG‑ATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATATATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACATAACGTCGGCAttgtt > 1:141827/1‑149 (MQ=39) cATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCG‑ATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTAACGTCGGCAttgtt < 1:870728/149‑1 (MQ=255) aTCCGGCAACCGATGCCTGATGCGCCGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCG‑ATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCAtttttt > 2:219416/1‑149 (MQ=255) cGGTAACCGATGCGTGATGCGACTCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGGCGATGCCG‑ATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAAGAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTAt < 1:38241/149‑1 (MQ=255) ggCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCG‑ATATGTACATCGTATTCGGCCGCGACGGCATAGCACGATTGATTAAATCACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATc < 1:444050/149‑1 (MQ=38) ggCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCG‑ATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATc < 1:88508/149‑1 (MQ=255) gaaaCCCAGGCCTGATGCCACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGACGAAAATGT‑TGTCTTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCa < 1:233779/147‑1 (MQ=255) gCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCG‑ATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCa > 1:259624/1‑149 (MQ=255) 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gcgTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCG‑ATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAAc < 1:283940/149‑1 (MQ=255) tCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCG‑ATATGTACATCGTATTCTGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAAAAATGCCGCCATTGTGGCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGa < 2:914193/149‑1 (MQ=255) cTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCG‑ATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCTCCTCGGTTGTAATTTAACggta > 1:928505/1‑147 (MQ=255) ttATCCGGCCTACAGGTCGATGCCG‑ATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGaaa > 2:722636/1‑149 (MQ=255) ttATCAGGCCTACAGGTCGATGCCG‑ATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGaaa < 1:156515/149‑1 (MQ=255) 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ataaCAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGttt > 2:308536/1‑149 (MQ=255) aCAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGa < 2:450777/95‑1 (MQ=255) aCAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTtttta < 2:239217/149‑1 (MQ=255) aCAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTtttta < 1:409707/149‑1 (MQ=255) cAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTTTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttat < 2:510922/149‑1 (MQ=255) tcGACGTTATCGCTGCATTTTTTTATAAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTGAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGGTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTaa < 1:637273/148‑1 (MQ=255) gcGACGTTATGTCGTGATGTAGGTAGCAGATAAAGCCCCTTGTATGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGACGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTaa < 2:390704/148‑1 (MQ=255) ccGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTaa > 1:585615/1‑149 (MQ=255) ccGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTaa < 2:576453/149‑1 (MQ=255) ccGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGACGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTaa < 2:291247/149‑1 (MQ=255) cGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACg < 1:681991/119‑1 (MQ=255) cGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAg > 2:431521/1‑149 (MQ=255) aCGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGCGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGATTTTGTTTTTTTTTTAAttt > 2:135147/1‑149 (MQ=255) gTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTa < 2:74561/149‑1 (MQ=255) ttATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCGTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTAt > 1:564935/1‑149 (MQ=255) ttATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTAt < 2:617009/149‑1 (MQ=255) tATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATg > 1:840675/1‑149 (MQ=255) | GCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCG‑ATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGAT > NC_000913_3_hsa_pgi/4235463‑4235759 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |