| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_hsa_pgi | 1492157 = | 1 (0.010) | 69 (1.030) | 58/280 | 0.1 | 62.7% | noncoding (39/56 nt) | sokB | sRNA antisense regulator blocking mokB, and hence hokB, translation |
| ? | NC_000913_3_hsa_pgi | = 3722075 | 81 (1.210) | intergenic (+26/‑1) | insK/sokA | IS150 transposase B/pseudogene, sRNA antisense regulator blocking mokA/hokA translation | |||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
GCGAACTGAAGGATGCTGTTACGGAATATATTGAATACTACAACAGCAGAAGAATTAGCCTGAAATTAAAAGGTCTGACTCCAATTGAATATCGGAATCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAAACTTTGATTTATAGTCAGGTGGGGCTTTTCTCTGTCTGCCTTTCGGTGAATACCTGAGACAAACAGTCTCAAGCACCCGTGGCTATTCTAGCTTAATAAGTTTGTTTCTTCTCCTTGATATAATCCTAAAAAAATCTCATAAAATTAA > NC_000913_3_hsa_pgi/3721928‑3722224 | gCGAACTGAAGGATGCTGTTACGGAATATATTGAATACTACAACAGCAGAAGAATTAGCCTGAAATTAAAAGGTCTGACTCCAATTGAATATCGGAATCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGCTCCGTGCaac > 2:1065094/1‑149 (MQ=255)gCGAACTGAAGGATGCTGTTACGGAATATATTGAATACTACAACAGCAGAAGAATTAGCCTGAAATTAAAAGGTCTGACTCCAATTGAATATCGGAATCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTGGGGGTCGGTACAgg < 2:51549‑M2/150‑3 (MQ=255) aaCTGAAGGATGCTGTTACGGAATATATTGAATACTACAACAGCAGAAGAATTAGCCTGAAATTAAAAGGTCTGACTCCAATTGAATATCGGAATCAGACCTATATGCCTAGTGTTTAACCGTCCAACTGTTCGGGGTCAGTACAggtag < 1:661076‑M2/150‑6 (MQ=255) aCTGAAGGATGCGGTTACGGAATATATTGAATACTACAACAGCAGAAGAATTAGCCTGAAATTAAAAGGTCTGACTCCAATTGAATATCGGAATCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAggtcgg > 2:237233‑M2/1‑144 (MQ=255) tGAAGGATGCTGTTACGGAATATATTGAATACTACAACAGCAGAAGAATTAGCCTGAAATTAAAAGGTCTGACTCCAATTGAATATCGGAATCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAggtcgggg > 2:69810‑M2/1‑142 (MQ=255) gAAGGATTCTATTACAATAGATATTGAAAACTACAAAAGCAGAATAATGAACCTGAAATCAAAACGTCCGACTATAGTATTAAATCGGAATCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAAACTTTGAt < 2:296/150‑1 (MQ=255) aaaGGAATCTGTTACGGAATATATTGAATACTACAACAGCAGAAGAATTAGCCTGAAATTAAAAGGTCTGACTCCAATTGAATATCGGAATCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACATTTTGGGGTCAGTACAAACTTTGAt < 1:1071805/149‑1 (MQ=255) ggATGCTGTTACGGAATATATTGAATACTACAACAGCAGAAGAATTAGCCTGAAAGTAAAAGGTCTGACTCCAATTGAATATCGGAATCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAAACTTTGATTta < 2:1076568/150‑1 (MQ=255) gtagatgttacCGAATATATTGAATACTACAACAGCAGAAGAATTAGCCTGAAATTAAAAGGTCTGACTCCAATTCAATATCGGAATCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAggtcggggccttc > 2:1127328‑M2/6‑137 (MQ=255) gATGCTGTTACGGAATATATTGAATACTACAACAGCAGAAGAATTAGCCTGAAATTAAAAGGTCTGACTCCAATTGAATATCGGAATCAGACCTATATGTCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAggtcggggccttc > 1:234130‑M2/1‑137 (MQ=255) gATGCTGTTACGGAATATATTGAATACTACAACAGCAGAAGAATTAGCCTGAAATTAAAAGGTCTGACTCCAATTGAATATCGGAATCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAggtcggggccttc > 1:262025‑M2/1‑137 (MQ=255) tGCTGTTACGGAATATATTGAATACTACAACAGCAGAAGAATTAGCCTGAAATTAAAAGGTCTGACTCCAATTGAATATCGGAATCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAggtcggggccttcgt < 1:900588‑M2/150‑16 (MQ=255) gCTGTTACGGAATATATTGAATACTACAACAGCAGAAGAATTAGCCTGAAATTAAAAGGTCTGACTCCAATTGAATATCGGAATCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAAACTTTGATTTATAGt < 1:585663/150‑1 (MQ=255) gTTACGGAATATATTGAATACTACAACAGCAGAAGAATTAGCCTGAAATTAAAAGGTCTGACTCCAATTGAATATCGGAATCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAAACTTTGATTTATAGTCAg < 2:633661/150‑1 (MQ=255) aCGGAATATATTGAATACTACAACAGCAGAAGAATTAGCCTGAAATTAAAAGGTCTGACTCCAATTGAATATCGGAATCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTTTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAAACTTTGATTTATAGTCAGGTg < 2:499720/150‑1 (MQ=255) ggAATATATTGAATACTACAACAGCAGAAGAATTAGCCTGAAATTAAAAGGTCTGACTCCAATTGAATATCGGAATCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAggtcggggccttcgtctttctgat > 1:131548‑M2/1‑126 (MQ=255) ggAATATATTGAATACTACAACAGCAGAAGAATTAACCTGAAATTAAAAGGTCTGACTCCAATTGAATATCGGAATCAGACCTATATGCCTCGTGTTTACCTGTCCAACTTTTTGGGGTCGGTACACACTTTGATTTATAGTCAGTTgtg > 1:410495/1‑148 (MQ=255) gAATATATTTAATACTACAACAGCAGAACAATTAGCCTGAAATTAAAAGGTCTGACTCCAATTGAATATCGGAATCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAAACTTTGATTTATAGTCAGGTgggg < 2:95456/150‑1 (MQ=255) gAATATATTGAATACTACAACAGCAGAAGAATTAGCCTGAAATTAAAAGGTCTGACTCCAATTGAATATCGGAATCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTCCAggtcggggacttcgtctttgtgttt < 2:399535‑M2/150‑26 (MQ=255) gAATATATTGAATACTACAACAGCAGAAGAATTAGCCTGAAATTAAAAGGTCTGACTCCAATTGAATATCGGAATCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAAACTTTGATTTATAGTCAGGTgggg > 1:254199/1‑150 (MQ=255) aaTATATTGAATACTACAACAGCAGAAGAATTAGCCTGAAATTAAAAGGTCTGACTCCAATTGAATATCGGAATCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAggtcggggccttcgtctttctgattc < 1:1007086‑M2/150‑27 (MQ=255) atTGAATACTACAACAGCAGAAGAATTAGCCTGAAATAAAAAGTTTTGACTCCAATTGAATATCGGAATCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAggtcggggccttcgtctttctgattcccggt < 1:585544‑M2/150‑32 (MQ=255) ttGAATACTACAACAGCAGAAGAATTAGCCTGAAATTAAAAGGTCTGACTCCAATTGAATATCGGAATCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAggtcggggccttcgtctttctgattcccggtt > 1:1020409‑M2/1‑118 (MQ=255) aaTACTACAACAGCAGAAGAATTAGCCTGAAATTAAAAGGTCTGACTCCAATTGAATATCGGAATCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAAACTTTGATTTATAGTCAGGTGGGGCTTTTCtctg > 2:788454/1‑150 (MQ=255) aTACTACAACAGCAGAAGAATTAGCCTGAAATTAAAAGGTCTGACTCCAAGTGAATATCGGACTCAGACCTATAGGCCTCTTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAAACTTTGATTTATAGTCAGGTGGGGCTTTTCtctgt < 2:131422/150‑1 (MQ=255) ctacAACAGCAGAAGAATTAGCCTGAAATTAAAAGGTCTGACTCCAATTGAATATCGGAATCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAggtcggggccttcgtctttctgattcccggttagcctga < 1:1044013‑M2/150‑40 (MQ=255) tacAACAGCAGAAGAATTAGCCTGAAATTAAAAGGTCTGACTCCAATTGAATATCGGAATCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAggt > 2:1147548‑M2/1‑110 (MQ=255) aacaGCAGAAGAATTAGCCTGAAATTAAAAGGTCTGACTCCAATTGAATATCGGAATCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAAACTTTGATTTATAGTCAGGTGGGGCTTTTCtctgtc < 2:125666/144‑1 (MQ=255) aacaGCAGAAGAATTAGCCTGAAATTAAAAGGTCTGACTCCAATTGAATATCGGAATCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAAACTTTGATTTATAGTCAGGTGGGGCTTTTCtctgtc > 1:125666/1‑144 (MQ=255) agcagAAGAATTAGGCTGAAATTAAAAGGTCTGACTCCAATTGAATATCGGAATCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAAACTTTGATTTATAGTCAGGTGGGGCTTTTCTCTGTCTGCCTTTCg < 2:631328/150‑1 (MQ=255) cagAAGAATTAGCCTGAAATTAAAAGGTCTGACTCCAATTGAATATCGGAATCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAggtcggggccttcgtctttctgattcccggttagcctgaaaacagaaa > 1:948140‑M2/1‑102 (MQ=255) cagAAGAATTAGCCTGAAATTAAAAGGTCTGACTCCAATTGAATATCGGAATCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAAACTTTGATTTATAGTCAGGTGGGGCTTTTCTCTGTCTGCCTTTCGGt < 2:728578/150‑1 (MQ=255) agaagaATTAGCCTGAAATTAAAAGGTCTGACTCCAATTGAATATCGGAATCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAggtcggggccttcgtctttctgattcccggttagcctgaaaacagaaag < 1:950209‑M2/150‑50 (MQ=255) gaagaaTTAGCCTGAAATTAAAAGGTCTGACTCCAATTGAATATCGGAATCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAAACTTTGATTTATAGTCAGGTGGGGCTTTTCTCTGTCTGCCTTTCGGTGa < 1:951935/150‑1 (MQ=255) aagaaTTAGCCTGAAATTAAAAGGTCTGACTCCAATTGAATATCGGAATCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAggtcggggccttcgtctttctgattcccggttagcctgaaaacagaaagtc < 1:342421‑M2/150‑52 (MQ=255) gaaTTAGCCTGAAATTAAAAGGTCTGACTCCAATTGAATATCGGAATCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAggtcggggccttcgtctttctgattcccggttagcctgaaaacagaaagtctc < 1:336741‑M2/150‑54 (MQ=255) aTTAGCCTGAAATTAAAAGGTCTGACTCCAATTGAATATCGGAATCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAggtcggggccttcgtctttctgattcccggttagcctgaaaacagaaagtctcag > 2:45202‑M2/1‑95 (MQ=255) ttAGCCTGAAATTAAAAGGTCTGACTCCAATTGAATATCGGAATCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAAACtt < 2:244955/99‑1 (MQ=255) ttAGCCTGAAATTAAAAGGTCTGACTCCAATTGAATATCGGAATCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAAACtt > 1:244955/1‑99 (MQ=255) aGCCTGAAATTAAAAGGTCTGACTCCAATTGAATATCGGAATCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAAACTTTGATTTATAGTCAGGTGGGGCTTTTCTCTGTCTGCCTTTCGGTGAATACCTga < 2:151269/150‑1 (MQ=255) 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tGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAAACTTTGATTTATAGTCAGGTGGGGCTTTTCTCTGTCTGCCTTTCGGTGAATACCTGAGACAAACAGTCTCAAGCACCCGTGGCTATTCTAGCTTAATAAGTTTGTTTCTTCTCCTTGATATAAt < 2:635468/150‑1 (MQ=255) gTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAggtcggggccttcgtctttctgattcccggttagcctgaaaacagaaagtctcaggcacccgcaggcatcctatgaggtttccttagggacgaaaataatcacttcacgaaattgcgtgctgtttt > 2:1007086‑M2/1‑24 (MQ=255) gTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAAACTTTGATTTATAGTCAGGTGGGGCTTTTCTCTGTCTGCCTTTCGGTGAATACCTGAGACAAACAGTCTCAAGCACCCGTGGCTATTCTAGCTTAATAAGTTTGTTTCTTCTCCTTGATATAATc < 2:571955/150‑1 (MQ=255) tCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAggtcggggccttcgtctttctgattcccggttagcctgaaaacagaaagtctcaggcacccgcaggcatcctatgaggtttccttagggacgaaaataatcacttcacgaaattgcgtgctgttttc < 2:799732‑M2/150‑128 (MQ=255) cAACTTTTTGGGGTCAGTACAAACTTTGATTTATAGTCAGGTGGGGCTTTTCTCTGTCTGCCTTTCGGTGAATACCTGAGACAAACAGTCTCAAGCACCCGTGGCTATTCTAGCTTAATAAgt > 2:809028/1‑123 (MQ=255) cAACTTTTTGGGGTCAGTACAAACTTTGATTTATAGTCAGGTGGGGCTTTTCTCTGTCTGCCTTTCGGTGAATACCTGAGACAAACAGTCTCAAGCACCCGTGGCTATTCTAGCTTAATAAGTTTGTTTCTTCACCTTGATATAATCCTa > 1:394641/1‑150 (MQ=255) aaCTTTTTGTGGTCATTTCAggtcggggccttcgtctttctgattcccggttagcctgaaaacagaaagtctcaggcacccgcaggcatcctatgaggtttccttatggacgaaaataatcacttcccgaaattgcgtgctgttttccaa < 2:397595‑M2/150‑131 (MQ=255) aaCTTTTTGGGGTCAGTACAggtcggggccttcgtctttctgattcccggttagcctgaaaccagaaactctcaggcacccgcaggcatcctatgaggtttccttatggacgaaaataatcacttcacgaaattgcgtgctgttttccag < 2:786876‑M2/150‑131 (MQ=255) aaCTTTTTGGGGTCAGTACAAACTTTGATTTATAGTCAGGTGGGGCCTTTCTCTGTCTGCCTTTCGGTGAATACCTGAGACAAACAGTCTCAAGCACCCGTGGCTATTCTAGCTTAATAAGTTTGTTTCTTCTCCTTGATATAATCCTaa > 1:1066402/1‑150 (MQ=255) aCTTTTTGGGGTCAGTACAAACTTTGATTTATAGTCAGGTGGGGCTTTTCTCTGTCTGCCTTTCGGTGAATACCTGAGACAAACAGTCTCAAGCACCCGTGGCTATTCTAGCTTAATAAGTTTGTTTCTTCTCCTTGATATAATCCTaaa > 2:1006959/1‑150 (MQ=255) ttGGGGTCAGTACAAACTTTGATTTATAGTCAGGTGGGGCTTTTCTCTGTCTGCCTTTCGGTGAATACCTGAGACAAACAGTCTCAAGCACCCGTGGCTATTCTAGCTTAATAAGTTTGTTTCTTCTCCTTGATATAATCCTAAAAAAAt < 1:718132/150‑1 (MQ=255) tGGGGTCAGTACAggtcggggccttcgtctttctgattcccggttagcctgaaaacagaaagtctcaggcacccgcaggcatcctatgaggtttccttagggacgaaaataatcacttcacgaaattgcgtgctgttttccagaattttt > 1:649404‑M2/1‑13 (MQ=255) ggggTCAGTACAggtcggggccttcgtctttctgattcccggttagcctgaaaacagaaagtctcaggcacccgcaggcatcctatgaggtttccttagggacgaaaataatcacttcacgaaattgcgtgctgttttccagaatttttc > 2:891134‑M2/1‑12 (MQ=255) ggggCCAGTACAggtcggggccttcgtctttctgattcccggttagcctgaaaacagaaagtctcaggcacccgcaggcatcctatgaggtttccttagggacgaaaataatcacttcacgaaattgcgtgctgttttccagaatttttc > 1:51549‑M2/1‑12 (MQ=255) gTCAGTACAggtcggggccttcgtctttctgattcccggttagcctgaaaacagaaagtctcaggcacccgcaggcatcctatgaggtttccttagggacgaaaataatcacttcacgaaattgcgtgctgttttccagaatttttcgtc < 2:766659‑M2/150‑142 (MQ=255) tCAGTACAAACTTTGATTTATAGTCAGGTGGGGCTTTTCTCTGTCTGCCTTTCGGTGAATACCTGAGACAAACAGTCTCAAGCACCCGTGGCTATTCTAGCTTAATAAGTTTGTTTCTTCTCCTTGATATAATCCTAAAAAAATCTCATa > 1:713759/1‑150 (MQ=255) tACAAACTTTGATTTATAGTCAGGTGGGGCTTTTCTCTGTCTGCCTTTCGGTGAATACCTGAGACAAACAGTCTCAAGCACCCGTGGCTATTCTAGCTtaataa < 2:27983/104‑1 (MQ=255) tACAAACTTTGATTTATAGTCAGGTGGGGCTTTTCTCTGTCTGCCTTTCGGTGAATACCTGAGACAAACAGTCTCAAGCACCCGTGGCTATTCTAGCTtaataa > 1:27983/1‑104 (MQ=255) tACAAACTTTGATTTATAGTCAGGTGGGGCTTTTCTCTGTCTGCCTTTCGGTGAATACCTGAGACAAACAGTCTCAAGCACCCGTGGCTATTCTAGCTTAATAAGTTTGTTTCTTCTCCTTGATATAATCCTAAAAAAATCTCATAAAAt > 1:69736/1‑150 (MQ=255) cAggtcggggccttcgtctttctgattcccggttagcctgaaaacagaaagtctcaggcacccgcaggcatcctatgaggtttccttagggacgaaaataatcacttcacgaaattgcgtgctgttttccagaatttttcgtcattcggg < 1:829882‑M2/150‑149 (MQ=255) aaggtcggggccttcgtctttctgattcccggttagcctgaaaacagaaagtctcaggcacccgcaggcatcctatgaggtttccttagggacgaaaataatcacttcacgaaattgcgtgctgttttccagaatttttcgtcattcggg > 2:1144056‑M2/2‑2 (MQ=255) aaaCTTTGATTTATAGTCAGGTGGGGCTTTTCTCTGTCTGCCTTTCGGTGAATACCTGAGACAAACAGTCTCAAGCACCCGTGGCTATTCTAGCTTAATAAGTTTGTTTCTTCTCCTTGATATAATCCTAAAAAAATCTCATAAAATTaa < 1:800500/150‑1 (MQ=255) | GCGAACTGAAGGATGCTGTTACGGAATATATTGAATACTACAACAGCAGAAGAATTAGCCTGAAATTAAAAGGTCTGACTCCAATTGAATATCGGAATCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAAACTTTGATTTATAGTCAGGTGGGGCTTTTCTCTGTCTGCCTTTCGGTGAATACCTGAGACAAACAGTCTCAAGCACCCGTGGCTATTCTAGCTTAATAAGTTTGTTTCTTCTCCTTGATATAATCCTAAAAAAATCTCATAAAATTAA > NC_000913_3_hsa_pgi/3721928‑3722224 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |