| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC | NC_000913_3_KO_pgi | 4,233,840 | +GCTCGACCAATGGTCTGATTAACCGCTATAAAGCGTGGCGCGGTTA | intergenic (‑607/‑500) | lysC ← / → yjbE | lysine‑sensitive aspartokinase 3/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_KO_pgi | = 4233840 | 0 (0.000) | 35 (0.820) +GCTCGACCAATGGTCTGATTAACCGCTATAAAGCGTGGCGCGGTTA |
30/188 | 0.6 | 100% | intergenic (‑607/‑500) | lysC/yjbE | lysine‑sensitive aspartokinase 3/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein |
| ? | NC_000913_3_KO_pgi | 4233841 = | NA (NA) | intergenic (‑608/‑499) | lysC/yjbE | lysine‑sensitive aspartokinase 3/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein | |||||
GCGCTACAATCTTCCAAAGTCACAATTCTCAAAATCAGAAGAGTATTGCTAGGTGTAGGCTGGAGCTGCTTCGAAGTTCCTATACTTTCTAGAGAATAGGAACTTCGAACTGCAGGTCGACGGATCCCCGGAATATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAA > NC_000913_3_KO_pgi/4233707‑4233989 | actacggtgtaggctggagctgcttcgaagttcctatactttctagagaataggaacttcgaactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGt < 4:419028‑M2/16‑1 (MQ=255)actacggtgtaggctggagctgcttcgaagttcctatactttctagagaataggaacttcgaactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGt > 4:74486‑M2/135‑150 (MQ=255) tacggtgtaggctggagctgcttcgaagttcctatactttctagagaataggaacttcgaactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAg > 2:13692‑M2/133‑150 (MQ=255) ggtgtaggctggagctgcttcgaagttcctatactttctagagaataggaacttcgaactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGcc < 4:79859‑M2/21‑1 (MQ=255) tgtaggctggagctgcttcgaagttcctatactttctagagaataggaacttcgaactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCgg < 4:409732‑M2/23‑1 (MQ=255) gtaggctggagctgcttcgaagttcctatactttctagagaataggaacttcgaactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGa < 1:429901‑M2/24‑1 (MQ=255) gagctgcttcgaagttcctatactttctagagaataggaacttcgaactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGt < 2:57001‑M2/32‑1 (MQ=255) agttcctatactttctagagaataggaacttcgaactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATc < 1:454708‑M2/44‑1 (MQ=255) gttcctatactttctagagaataggaacttcgaactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATcc > 1:619462‑M2/106‑150 (MQ=255) ttcctatactttctagagaataggaacttcgaactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCg > 1:642085‑M2/105‑150 (MQ=255) tcctatactttctagagaataggaacttcgaactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCgg < 2:642085‑M2/47‑1 (MQ=255) ctatactttctagagaataggaacttcgaactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaacaatggtctgattaaccgctataaagcgcggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGACAAGGCGTTAACGCCGCATCCGGCa > 2:110133‑M2/102‑150 (MQ=255) atactttctagagaataggaacttcgaactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAc < 2:553672‑M2/51‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ttcgaactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTc > 3:364598‑M2/78‑150 (MQ=255) cgaactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTcgc < 2:451753‑M2/75‑1 (MQ=255) tgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCtt > 4:75192‑M2/71‑150 (MQ=255) gcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATg < 1:278641‑M2/63‑1 (MQ=255) gcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATg > 2:278641‑M2/70‑132 (MQ=255) 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accgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCaa > 2:356285‑M2/26‑150 (MQ=255) ccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTc > 1:260149‑M2/25‑97 (MQ=255) ccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTc < 2:260149‑M2/73‑1 (MQ=255) ccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAAt < 2:603175‑M2/126‑1 (MQ=255) cgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAAtt < 2:553768‑M2/127‑1 (MQ=255) gctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTa < 2:318869‑M2/128‑1 (MQ=255) 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aATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTaa < 2:533328‑M2/149‑1 (MQ=255) | GCGCTACAATCTTCCAAAGTCACAATTCTCAAAATCAGAAGAGTATTGCTAGGTGTAGGCTGGAGCTGCTTCGAAGTTCCTATACTTTCTAGAGAATAGGAACTTCGAACTGCAGGTCGACGGATCCCCGGAATATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAA > NC_000913_3_KO_pgi/4233707‑4233989 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |