| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_pae_pgi | = 274419 | NA (NA) | 109 (0.540) | 19/186 | 15.5 | NA | coding (699/1017 nt) | insH1 | IS5 transposase and trans‑activator |
| ? | NC_000913_3_pae_pgi | = 274423 | NA (NA) | coding (695/1017 nt) | insH1 | IS5 transposase and trans‑activator | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 393 total aligned reads displayed.
GTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913_3_pae_pgi/274316‑274419‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agccgATGCCGGCTACCAAGGGGCGCCACAGCGCGAGGAGCTGGCCGAGGTGGATGTGGACTGGCTGATCGCCGAGCGCCCCGGCAAGGTAAGAACCTTGAAAC < NC_000913_3_pae_pgi/274423‑274325 GTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTA < 1:2932755/100‑1GTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTA < 1:1769841/100‑1 TGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATGAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAG > 1:3734958/1‑100 TGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAG > 1:3825450/1‑100 GGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGC > 2:547721/1‑100 GATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCC < 2:3818561/100‑1 GATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCC < 1:227714/100‑1 GATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCC > 2:2880930/1‑100 GATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCC < 2:5147272/100‑1 GATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCC > 2:1884091/1‑100 GATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCC < 2:1233279/100‑1 ATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCG < 1:4990358/100‑1 ATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCG < 1:2449548/100‑1 ATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGAGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGCTAGCCG > 2:5012653/1‑100 ATGCTGCTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGAGCAGCCAGTCCACATCCATCTAGGCCAGCTCCTCGAGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCG < 1:4186785/100‑1 TGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCG > 2:258928/1‑99 TGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCGCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCC > 1:784882/1‑98 TTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGATGCCG < 1:1041767/100‑1 GGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGATGCCGGCTACC < 1:2626547/100‑1 GGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGATGCCGGCTACC < 2:1757705/100‑1 GGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGATGCCGGCTACC < 2:1800369/100‑1 GGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGATGCCGGCTACC < 1:3645744/100‑1 GTTCTGACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGATGCCGGCTACCA < 2:4809677/100‑1 TTCTTACCTTGGCGTGGCGCTCGGCGATGAGCCAGTCCACATCCAGCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGATGCCGGCTACCAA < 2:3383350/100‑1 TTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGATGCCGGCTACCAA < 2:838400/100‑1 TTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGATGCCGGCTACCAA < 1:4563618/100‑1 TTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGATGCCGGCTACCAA < 1:3139706/100‑1 CTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCTCATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGATGCCGGCTACCAAG < 1:4358272/99‑1 CTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGATGCCGGCTACCAAG < 1:3424263/99‑1 CTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGATGCCGGCTACCAAG < 1:486835/99‑1 CTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGATGCCGGCTACCAAG < 1:2033735/99‑1 CTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGATGCCGGCTACCAAG < 1:27585/99‑1 CTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGATGCCGGCTACCAAG < 1:3927727/99‑1 CTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGATGCCGGCTACCAAG < 1:3986556/99‑1 CTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGATGCCGGCTACCAA < 2:2769149/98‑1 CTTACCTGGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACAGCCGCCTCGGCCGGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGATGCCGGCTACCAAG < 2:1092084/99‑1 ACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGATGCCGGCTACCAAGGGG < 1:576872/99‑1 ACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGATGCCGGCTACCAAGGGG < 2:2179317/99‑1 ACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGATGCCGGCTACCAAGGGG < 1:5027456/99‑1 ACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGATGCCGGCTACCAAGGGG < 1:1664885/99‑1 ACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGATGCCGGCTACCAAGGGG < 1:6974/99‑1 ACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGATGCCGGCTACCAAGGG < 2:698439/98‑1 ACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGATGCCGGCTACCAAGGG < 2:4017239/98‑1 ACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGATGCCGGCTACCAAGG < 2:3457481/97‑1 ACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGATGCCGGCTACCAAGG < 1:3904752/97‑1 CCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGATGCCGGCTACCAAGGGGC < 1:2827163/99‑1 GGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGATGCCGGCTACCAAGGGG < 2:2722960/82‑1 GCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCAGATGCCGGCTACCAAGGGGCGCCACAGCGCGAGG < 2:1039371/96‑1 AGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGATGCCGGCTACCAAGGGGCGCCACAGCGCGAGGAGCTGGC < 1:1085026/97‑1 GGCCGGTTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGGCGATGCCGGCTACCAAGGGGCGCCACAGCGCGAGG < 2:3935343/70‑1 nGCCGATGCCGGCTACCAAGGGGCGCCACAGCGCGAGGAGCTGGCCGAGGTGGATGTGGACTGGCTGATCGCCGAGCGCCCCGGCAAGGTAAGAACCTT > 1:2462534/2‑99 AGCCGATGCCGGCTACCAAGGGGCGCCACAGCGCGAGGAGCTGGCCGAGGTGGATGTGGACTGGCTGATCGCCGAGCGCCCCGGCAAGGTAAGAACCTTG < 2:2287890/100‑1 AGCCGATGCCGGCTACCAAGGGGCGCCACAGCGCGAGGAGCTGGCCGAGGTGGATGTGGACTGGCTGATCGCCGAGCGCCCCGGCAAGGTAAGAACCTTG < 2:1324685/100‑1 AGCCGATGCCGGCTACCAAGGGGCGCCACAGCGCGAGGAGCTGGCCGAGGTGGATGTGGACTGGCTGATCGCCGAGCGCCCCGGCAAGGTAAGAACCTTG < 2:4068946/100‑1 AGCCGATGCCGGCTACCAAGGGGCGCCACAGCGCGAGGAGCTGGCCGAGGTGGATGTGGACTGGCTGATCGCCGAGCGCCCCGGCAAGGTAAGAACCTTG < 1:1060077/100‑1 AGCCGATGCCGGCTACCAAGGGGCGCCACAGCGCGAGGAGCTGGCCGAGGTGGATGTGGACTGGCTGATCGCCGAGCGCCCCGGCAAGGTAAGAACCTTG < 2:3236392/100‑1 AGCCGATGCCGGCTACCAAGGGGCGCCACAGCGCGAGGAGCTGGCCGAGGTGGATGTGGACTGGCTGATCGCCGAGCGCCCCGGCAAGGTAAGAACCTTG < 1:1301373/100‑1 AGCCGATGCCGGCTACCAAGGGGCGCCACAGCGCGAGGAGCTGGCCGAGGTGGATGTGGACTGGCTGATCGCCGAGCGCCCCGGCAAGGTAAGAACCTTG < 1:2546084/100‑1 AGCCGATGCCGGCTACCAAGGGGCGCCACAGCGCGAGGAGCTGGCCGAGGTGGATGTGGACTGGCTGATCGCCGAGCGCCCCGGCAAGGTAAGAACCTTG < 1:3065344/100‑1 AGCCGATGCCGGCTACCAAGGGGCGCCACAGCGCGAGGAGCTGGCCGAGGTGGATGTGGACTGGCTGATCGCCGAGCGCCCCGGCAAGGTAAGAACCTT > 1:1251350/1‑99 AGCCGATGCCGGCTACCAAGGGGCGCCACAGCGCGAGGAGCTGGCCGAGGTGGATGTGGACTGGCTGATCGCCGAGCGCCCCGGCAAGGTAAGAACCTT < 1:1469963/99‑1 AGCCGATGCCGGCTACCAAGGGGCGCCACAGCGCGAGGAGCTGGCCGAGGTGGATGTGGACTGGCTGATCGCCGAGCGCCCCGGCAAGGTAAGAACCTT < 1:4736202/99‑1 AGCCGATGCCGGCTACCAAGGGGCGCCACAGCGCGAGGAGCTGGCCGAGGTGGATGTGGACTGGCTGATCGCCGAGCGCCCCGGCAAGGTAAGAACCTT > 1:4248558/1‑99 AGCCGATGCCGGCTACCAAGGGGCGCCACAGCGCGAGGAGCTGGCCGAGGTGGATGTGGACTGGCTGATCGCCGAGCGCCCCGGCAAGGTAAGAACCT < 1:3100615/98‑1 AGCCGATGCCGGCTACCAAGGGGCGCCACAGCGCGAGGAGCTGGCCGAGGTGGATGTGGACTGGCTGATCGCCGAGCGCCCCGGCAAGGTAAGAACC < 2:2901563/97‑1 AGCCGATGCCGGCTACCAAGGGGCGCCACAGCGCGAGGAGCTGGCCGAGGTGGATGCGGACTGGCTGATCGCCGAGCGCCCCGGCAAGGTCAGAACCTT > 2:4311754/1‑99 AGCCGATGCCGGCTACCAAAGGGCGCCACAGCGCGAGGAGCTGGCCGAGGTGGATGTGGACTGGCTGATCGCCGAGCGCCCCGGCAAGGTAAGAACCTTG < 1:4422957/100‑1 AGCCGATGCCGCCTACCAAGGGGCGCCACAGCGCGAGGAGCTGGCCGAGGTGGATGTGGACTGGCGAATCGCCGAGCGCCCCGGCAAGGTAAGAACCTT > 2:4408131/1‑99 GCCGATGCCGGCTACCAAGGGGCGCCACAGCGCGAGGAGCTGGCCGAGGTGGATGTGGACTGGCTGATCGCCGAGCGCCCCGGCAAGGTAAGAACCTTG > 1:1159434/1‑99 GCCGATGCCGGCTACCAAGGGGCGCCACAGCGCGAGGAGCTGGCCGAGGTGGATGTGGACTGGCTGATCGCCGAGCGCCCCGGCAAGGTAAGAACCTTG > 1:1935877/1‑99 GCCGATGCCGGCTACCAAGGGGCGCCACAGCGCGAGGAGCTGGCCGAGGTGGATGTGGACTGGCTGATCGCCGAGCGCCCCGGCAAGGTAAGAACCTTG < 2:3711264/99‑1 CCGATGCCGGCTACCAAGGGGCGTCACAGCGCGAGGAGCTGGCCGAGGTGGATGTGGACTGGCTGATCGCCGAGCGCCCCGGCAAGGTAAGAACCTTGt < 2:4869968/99‑2 CCGATGCCGGCTACCAAGGGGCGCCGCAGCGCGAGGAGCTGGCCGAGGTGGATGTGGACTGGCTTATCGCCGAGCGCCCCGGCAAGGTAAGAACCTT < 2:3577589/97‑1 CCGATGCCGGCTACCAAGGGGCGCCACAGCGCGAGGAGCTGGCCGAGGTGGATGTGGACTGGCTGATCGCCGAGCGCCCCGGCAAGGTAAGAACCTTGAA < 1:91271/100‑1 CCGATGCCGGCTACCAAGGGGCGCCACAGCGCGAGGAGCTGGCCGAGGTGGATGTGGACTGGCTGATCGCCGAGCGCCCCGGCAAGGTAAGAACCTTGAA < 1:1832430/100‑1 CCGATGCCGGCTACCAAGGGGCGCCACAGCGCGAGGAGCTGGCCGAGGTGGATGTGGACTGGCTGATCGCCGAGCGCCCCGGCAAGGTAAGAACCTTGAA < 1:5094246/100‑1 CCGATGCCGGCTACCAAGGGGCGCCACAGCGCGAGGAGCTGGCCGAGGTGGATGTGGACTGGCTGATCGCCGAGCGCCCCGGCAAGGTAAGAACCTTGAA < 1:4298588/100‑1 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GTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913_3_pae_pgi/274316‑274419‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agccgATGCCGGCTACCAAGGGGCGCCACAGCGCGAGGAGCTGGCCGAGGTGGATGTGGACTGGCTGATCGCCGAGCGCCCCGGCAAGGTAAGAACCTTGAAAC < NC_000913_3_pae_pgi/274423‑274325 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |