| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913_3_pae_pgi | 3,440,173 | T→C | E286G (GAG→GGG) | rpoA ← | RNA polymerase, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913_3_pae_pgi | 3,440,173 | 0 | T | C | 98.9% | 305.7 / NA | 89 | E286G (GAG→GGG) | rpoA | RNA polymerase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (44/44); minor base A (1/0); total (45/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCTGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAGGCTGACGT > NC_000913_3_pae_pgi/3440026‑3440319 | aaCCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCg < 1:438011/150‑1 (MQ=255) cTGTGATCCGGTTTCTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGTa < 4:603068/150‑1 (MQ=255) tgtgATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGTAc > 2:97596/1‑150 (MQ=255) tgtgATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGTAc > 2:267373/1‑150 (MQ=255) tgtgATCCGGTTACTCGTCAACGGTGCTTGCCGATGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGGCTTTAATCTCAGTAAGACATTTTCTACCAAGCTTAGCCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCCGTAc > 4:147100/1‑150 (MQ=255) tCCGGTTACTCGTGAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGTACGTCTGTGATCTCAGTAAGAGATGTTTTGCCAGGTTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGTACGCTGt < 4:71226/150‑1 (MQ=255) ccGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAGGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGTACGCTGTa > 2:7892/1‑150 (MQ=255) cGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGTACGCTGTAc < 3:365594/150‑1 (MQ=255) cGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGTACGCTGTAc < 2:32744/150‑1 (MQ=255) gTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCACGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGTACGCTGTACCa < 1:301327/150‑1 (MQ=255) tCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGTACGCTGTACCAGATCa > 1:408578/1‑150 (MQ=255) aGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGTACGCTGTACCAGATCACCGat > 4:713917/1‑150 (MQ=255) gCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGTACGCTGTACCAGATCACCGata < 2:1086800/150‑1 (MQ=255) gATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGTACGCTGTACCAGATCACCGAtata > 4:520760/1‑150 (MQ=255) ttGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGa < 2:1028572/150‑1 (MQ=255) ttGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGa > 2:297478/1‑150 (MQ=255) tGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTc > 1:152612/1‑150 (MQ=255) ccAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGc > 1:646985/1‑150 (MQ=255) cAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCt > 1:396168/1‑150 (MQ=255) cAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCt > 2:429031/1‑150 (MQ=255) aGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCtt > 3:584192/1‑150 (MQ=255) ttttCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTa < 3:501778/150‑1 (MQ=255) ttttCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTa > 3:93853/1‑150 (MQ=255) ttttCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTa > 1:133557/1‑150 (MQ=255) tttCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTaa < 2:274176/150‑1 (MQ=255) ttCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGGACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAg > 1:637513/1‑150 (MQ=255) tCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAgg < 3:155436/150‑1 (MQ=255) ggCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGt > 1:343637/1‑150 (MQ=255) ggCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGt < 1:429031/150‑1 (MQ=255) ggCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGt > 1:428910/1‑150 (MQ=255) gcgcATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGtt < 3:641874/150‑1 (MQ=255) gcgcATGCCCAGAAACAGTCCACGGAAAGCCAGGACGGCGTTAAGCTCAGGGAGAGATGGTTTACCAAGGGTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGtt < 3:212177/150‑1 (MQ=255) gcATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGTACGCTGTACCAGATCACCGa < 2:378919/117‑1 (MQ=255) gcATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGTACGCTGTACCAGATCACCGa > 1:378919/1‑117 (MQ=255) cATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGc > 2:248045/1‑150 (MQ=255) aTGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGCGCTCAACCACGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTCAGGCAGTTAGCa > 3:272541/1‑150 (MQ=255) aTGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCa > 3:272162/1‑150 (MQ=255) cccAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTg < 2:216921/119‑1 (MQ=255) cccAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTg > 1:216921/1‑119 (MQ=255) ccAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGc < 3:147100/150‑1 (MQ=255) cAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGc < 1:592695/149‑1 (MQ=255) cAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGc > 2:592695/1‑149 (MQ=255) cAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCg < 3:179294/150‑1 (MQ=255) aGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAggc > 4:539441/1‑148 (MQ=255) tCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTTTTTTTTTTAGACGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATTGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGGCac > 2:21018/1‑149 (MQ=255) 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ccAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGGCAATTCCAGATCGt < 1:97596/150‑1 (MQ=255) aGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGGCAATTCCAGATCGTCa > 4:638020/1‑150 (MQ=255) aGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGGCAATTCCAGATCGTCa > 2:1057703/1‑150 (MQ=255) gCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGGCAATTCCAGATCGTCaa < 3:460705/150‑1 (MQ=255) tCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCCCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGGCAACTCCAGATCGTCAACAggg > 3:275428/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |