| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913_3_pae_pgi | 4,037,225 | 0 | A | . | 23.5% | 32.5 / 10.6 | 17 | intergenic (+8/‑35) | ileT/alaT | tRNA‑Ile/tRNA‑Ala |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (6/7); new base . (0/4); total (6/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-02 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TAAAGAAGCGTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACG‑GCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGTAGTGATTAAATAAAAAATA > NC_000913_3_pae_pgi/4037076‑4037361 | taAAGAAGCGTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCa < 1:777418/150‑1 (MQ=35) agaagCGTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACg‑g < 3:1297028/150‑1 (MQ=35) agaagCGTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACg‑g > 2:2127639/1‑150 (MQ=35) gaagCGTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACG‑Gc > 4:463916/1‑150 (MQ=35) aagCGTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACG‑GCa > 1:545908/1‑150 (MQ=35) aagCGTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACG‑GCa > 3:1075278/1‑150 (MQ=35) agCGTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACG‑GCaa < 3:1107990/150‑1 (MQ=35) gTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACG‑GCAAAtt > 1:1837329/1‑150 (MQ=35) ttCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACG‑GCAAAttt > 3:1079489/1‑150 (MQ=34) tCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACG‑GCAAATTTg < 3:1218880/150‑1 (MQ=33) tCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGC‑CGTGCAAATTTg < 2:308003/150‑1 (MQ=255) tCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGC‑CGTGCAAATTTg < 1:872564/150‑1 (MQ=255) tCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGC‑CGTGCAAATTTg < 4:422465/150‑1 (MQ=255) tCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGC‑CGTGCAAATTTg < 1:1090396/150‑1 (MQ=255) tttGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACG‑GCAAATTTGaa < 3:1024191/150‑1 (MQ=32) tttGAAGTGCTCACACAGAGTGTCTGATGAAAATGGTCAGTAAATCCTCTACAGGCTTGTAGCTGAGGTGGTTAGAGTGTACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACG‑GCAAATTTGaa < 4:768244/150‑1 (MQ=11) gAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACG‑GCAAATTTGAagag < 1:1990707/150‑1 (MQ=31) ctcccAAATTTGCACG‑GCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCTTCTCTGTAGTGATTAAATAAAAAATa < 4:1410501/147‑1 (MQ=1) | TAAAGAAGCGTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACG‑GCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGTAGTGATTAAATAAAAAATA > NC_000913_3_pae_pgi/4037076‑4037361 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |