| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913_3_pae_pgi | 3,440,176 | G→A | T285I (ACC→ATC) | rpoA ← | RNA polymerase, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913_3_pae_pgi | 3,440,176 | 0 | G | A | 99.4% | 594.1 / NA | 168 | T285I (ACC→ATC) | rpoA | RNA polymerase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (81/86); total (81/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 168 total aligned reads displayed.
TGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCTGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAGGCTGACGT > NC_000913_3_pae_pgi/3440030‑3440319 | tgtgATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATAc > 1:809344/1‑150 (MQ=255) aTCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCACTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTg < 3:851749/150‑1 (MQ=255) cGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTAc < 1:911311/150‑1 (MQ=255) gTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCa < 2:1542396/150‑1 (MQ=255) aGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGat > 3:790500/1‑150 (MQ=255) gCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGata < 1:1555342/150‑1 (MQ=255) gCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTg < 3:404972/150‑1 (MQ=255) ttGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGCGAAGTCAGCACGTCTGTAATCTCAGTAATAGATTTGTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGa < 3:361599/150‑1 (MQ=255) ggTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCt < 2:871026/150‑1 (MQ=255) gggCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTc < 2:1012933/149‑1 (MQ=255) ccAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGc > 3:340830/1‑150 (MQ=255) ccAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGc < 4:409680/150‑1 (MQ=255) ccAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGc < 2:282252/150‑1 (MQ=255) gTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCAcc > 4:113325/1‑126 (MQ=255) ttttCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGAt < 2:524559/121‑1 (MQ=255) ttttCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGAt > 1:524559/1‑121 (MQ=255) ttttCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATc < 2:722007/122‑1 (MQ=255) ttttCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTa > 2:1015107/1‑150 (MQ=255) tttCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTaa < 3:102238/150‑1 (MQ=255) 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gCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCaga > 3:599867/1‑150 (MQ=255) gCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCaga > 1:1256358/1‑150 (MQ=255) ccAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTg < 4:1015874/129‑1 (MQ=255) agagACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCgg > 2:823628/1‑150 (MQ=255) gagaCAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGa < 2:354123/150‑1 (MQ=255) agaCAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGAc > 3:115706/1‑150 (MQ=255) gaCAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGATAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACa > 2:335999/1‑150 (MQ=255) aCAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGTTAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAg < 3:506081/150‑1 (MQ=255) cACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCa > 2:1595812/1‑95 (MQ=255) cACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAAtt > 1:1187509/1‑150 (MQ=255) aCGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACa > 2:991709/1‑142 (MQ=255) 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aGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGAAATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCTGGTTTCTCTTCTTTCACTTCa > 2:1187383/1‑150 (MQ=255) ggAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCTGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAg > 4:798610/1‑150 (MQ=255) gAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGa < 4:1033611/44‑1 (MQ=255) gAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCTGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAgg < 3:1034612/150‑1 (MQ=255) cTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATc > 4:476477/1‑90 (MQ=255) cTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATc < 3:476477/90‑1 (MQ=255) cTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCTGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAGGCTg > 2:1304425/1‑150 (MQ=255) cTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCTGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAGGCTg > 4:599995/1‑150 (MQ=255) aaCCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCTGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAGGCTGACg > 2:1251695/1‑150 (MQ=255) aaCCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCTGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAGGCTGACg > 3:213782/1‑150 (MQ=255) aCCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCTGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAGGCTGACgc > 4:320027/1‑149 (MQ=255) ccTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCa < 3:1027426/75‑1 (MQ=255) | TGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCTGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAGGCTGACGT > NC_000913_3_pae_pgi/3440030‑3440319 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |