| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC | NC_000913_3_pae_pgi | 3,440,077 | Δ11 bp | coding (943‑953/990 nt) | rpoA ← | RNA polymerase, alpha subunit |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_pae_pgi | = 3440076 | 1 (0.010) | 98 (1.080) | 70/278 | 0.2 | 99.0% | coding (954/990 nt) | rpoA | RNA polymerase, alpha subunit |
| ? | NC_000913_3_pae_pgi | 3440088 = | 1 (0.010) | coding (942/990 nt) | rpoA | RNA polymerase, alpha subunit | |||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
CATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913_3_pae_pgi/3439928‑3440076‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCA > NC_000913_3_pae_pgi/3440088‑3440232 CATATTGGCGAACATAGCCTGGTGATGGCTGCTGTTTCTGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCC < 2:475854/149‑1 TATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTTTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCCA < 2:407334/149‑1 CGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCCAGGGAC > 1:249919/1‑149 AACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCC < 1:1145386/140‑1 AACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCC > 2:1145386/1‑140 TGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCCAGAGACAGTCCACGGGAA > 2:1285543/1‑149 ggGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGC < 2:255598/147‑1 tgtCTGCTGTTGAGGTTAAGTTGCCGACCACTCTTACGATGGCGCTTGATCTTATCCTTTTCCGTAAAGCCTTAACCTGGGATCCGGTTACGCGTGCGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCTGTTTTCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGC < 2:508945/146‑1 GCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCAC > 1:344834/1‑149 TGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGGGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCCAGAGGCAGGCCACGGGAAGCCAGCACGT > 1:168076/1‑149 TGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCCAGAGACAGACCACGGGAAGCCAGCACGT > 1:1089088/1‑149 TGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTCAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGT < 2:985226/149‑1 GTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTT < 2:879152/149‑1 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2:93776/1‑149 GACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCCAGAGACAGTCCGCGGGAAGCCAGCCCGTCTTTAATCTCCGTAAGAGAgt > 1:933507/1‑147 GACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCATCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCCAGAGCAAGTACACGGGAAGCCAGCACGACTTTAATCTCAGTATGAGAct > 2:1340081/1‑147 GACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAAACTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGAT‑GCTTGCCGGGGGCCAGTTTTCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCGGCAAGTCGTTAAGCTCAGTAAGAGATT > 1:438668/1‑149 ACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTT > 1:1346317/1‑149 CACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTT < 1:1527715/149‑1 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1:1409793/1‑149 TCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTGAGAGATTTTTTAC > 1:666415/1‑149 TTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCA > 1:1335971/1‑149 TACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAA > 1:1460712/1‑149 ACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTT > 2:896777/1‑140 ACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTT < 1:896777/140‑1 CGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGG > 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1:916133/135‑1 CTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAG < 1:821142/123‑1 CTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAG > 2:821142/1‑123 GTGATCCGGTTACTCGTCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGA < 1:1185245/149‑1 tggtcgGGTTACTCGTCAGCGAT‑GCTGGCCGGTGGCCAGTTTTCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGAT < 2:1570165/143‑1 TCCGGTTACTCGTCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCAC < 1:1234757/149‑1 CCGGTTACTCGTCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACC < 2:1335971/149‑1 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2:966827/149‑1 TCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGATTTCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGA > 2:1317193/1‑149 AGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATA < 2:1434231/149‑1 CGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCCAGAGACAGTCCACGGCAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGCGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTCGTCTGCTCCCGATCACCGCTATAGTGGATAGC > 2:287758/1‑149 CTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTG < 1:1556070/149‑1 cTGCGGGTGGCCAGTTTGCCCAGAGCCAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTAAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGC < 2:492366/148‑1 TTGCCGGTGGCCAGTTTTCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCGCGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGC > 2:359104/1‑149 TTGCCGGTGGCCAGTTTTCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCGCGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGC < 1:359104/149‑1 GTGGCCAGTTTTCCCAGAGCCAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAG < 1:1496238/149‑1 GTGGCCAGTTTTCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGAGTTTTAAAGGGACCTGCGGCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAG < 2:1547553/149‑1 GTGGCCAGTTGTCCCAGAGACAGGCCACGGGAAGAGAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAG < 2:666415/149‑1 GGCCAGTTTTCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGC < 1:1285543/149‑1 GCCAGTTTTCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCA < 1:495710/149‑1 GCCAGTTTTCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTGAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCA < 1:1340081/149‑1 CCAGTTTTCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAG > 1:863450/1‑149 CAGTTTTCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTAACAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCGGCTTTACGGCAGT > 1:1284218/1‑149 TTCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCA < 1:1345692/149‑1 CCAGAGACAGTCAACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGT > 1:1249321/1‑117 CCAGAGACAGTCAACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGT < 2:1249321/117‑1 CATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913_3_pae_pgi/3439928‑3440076‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ccCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCA > NC_000913_3_pae_pgi/3440088‑3440232 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |