| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_vch_pgi | = 1432248 | 23 (1.250) | 3 (0.170) | 3/280 | 2.4 | 12.7% | coding (3200/3363 nt) | stfR | Rac prophage; putative tail fiber protein |
| ? | NC_000913_3_vch_pgi | = 1432262 | 19 (1.070) | coding (3214/3363 nt) | stfR | Rac prophage; putative tail fiber protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ACTCACTAGCCAACGTGAACACGGCTAGTGCTAACTCCGGTGCTGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCATTTAACTATATTGTGAGGCTTGCAT > NC_000913_3_vch_pgi/1432116‑1432409 | actcactAGCCAACGTGAACACGGCTAGTGCTAACTCCGGTGCTGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGgt > 1:14274‑M2/1‑147 (MQ=255) tAACTCCGGTGCTGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAg < 1:147482/116‑1 (MQ=255) tAACTCCGGTGCTGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAg > 2:147482/1‑116 (MQ=255) tCCGGTGCTGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATAc > 1:64790/1‑149 (MQ=255) gTGCTGGTCGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCGTCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCCCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCAc > 2:251959/1‑149 (MQ=255) ggTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGt > 2:115619/1‑149 (MQ=255) tAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCCCTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTg < 2:25490/149‑1 (MQ=255) aTCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTg > 1:91141/1‑149 (MQ=255) aacaaGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGtt > 2:164524/1‑149 (MQ=255) acaaGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTc > 1:123824/1‑149 (MQ=255) gATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACAt < 1:108255/149‑1 (MQ=255) aTTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATg < 1:165333/149‑1 (MQ=255) gttgtGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCAATCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACATGCGCATACGGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGacacac < 2:242088/149‑1 (MQ=255) tGCAACATCATCTGCTGGCGCACATCCCCAGGCACTGGCCGGCACTGCTGCAATCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGctgctg < 1:124366/149‑1 (MQ=18) gcACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGt < 1:164524/149‑1 (MQ=255) acaAACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCAGACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACCCCATCACCCTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCa < 2:297989/149‑1 (MQ=255) ccACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGGCAAAAACa > 1:101392/1‑149 (MQ=255) ccACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGGGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAACCa > 2:20453/1‑149 (MQ=255) cactcactGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACAt > 2:321818/1‑149 (MQ=255) tGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCAttt > 2:230082/1‑149 (MQ=255) ggCACTGCTGCAAGCGCAGgtgccggacagtgagtgggtatgtgcgccagcagatgatgttgcatagttttga > 1:182738‑M2/1‑19 (MQ=255) ggCACTGCTGCAAGCGCAGgtgccggacagtgagtgggtatgtgcgccagcagatgatgttgcatagttttga < 2:182738‑M2/73‑55 (MQ=255) gCACTGCTGCAAGCGCAGgtgccggacagtgagtgggtatgtgcgccagcagatgatgttgcatagttttgattatgcacaacagacaatcttgctgatgcactaccagcaccggagttggcactagccgtgttcacgttggctagtga < 1:278386‑M2/149‑132 (MQ=255) gcgcACGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCATTTAACTATATTGTGAGGCtt < 1:127061/149‑1 (MQ=255) aGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCATTTAACTATATTGTGAGGATTGCAt > 1:165962/1‑149 (MQ=255) | ACTCACTAGCCAACGTGAACACGGCTAGTGCTAACTCCGGTGCTGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCATTTAACTATATTGTGAGGCTTGCAT > NC_000913_3_vch_pgi/1432116‑1432409 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |