| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913_3_hsa_tpiA | 482,230 | G→A | P725L (CCG→CTG) | acrB ← | multidrug efflux system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913_3_hsa_tpiA | 482,230 | 0 | G | A | 98.5% | 215.0 / NA | 68 | P725L (CCG→CTG) | acrB | multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base A (31/34); minor base C (1/0); total (33/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAACTTTCTTCACACGACCGCGGTCGATAAAGTCGTTCACATAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGAGTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCGGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGGCCAGCCTGGTCAATCAGCTCAAAGTCAAAGCCGGTTGCA > NC_000913_3_hsa_tpiA/482090‑482376 | aaaCTTTCTTCACACGACCGCGGTCGATAAAGTCGGTCACATAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGAGTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCt < 2:295363/149‑1 (MQ=255) aCTTTCTTCACACGACCGCGGTCGATAAAGTCGTTCACATAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGAGTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTc > 2:430826/1‑149 (MQ=255) cTTTCTTCACACGACCGCGGTCGATAAAGTCGTTCACATAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGAGTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTcc > 1:520716/1‑149 (MQ=255) 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2:403822/1‑129 (MQ=255) tAAATTCGTTCACATAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGAGTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGCTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTc > 2:816375/1‑149 (MQ=255) aaGTCGTTCACATAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGAGTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCaa < 1:430826/149‑1 (MQ=255) aGTCGTTCACATAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGAGTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAAc < 2:291378/149‑1 (MQ=255) tCGTTCGCATAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGAGTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACat < 1:113631/149‑1 (MQ=255) ttCACATAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGAGTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCCACATATc > 1:461695/1‑149 (MQ=255) 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(MQ=255) aaTGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCt < 2:516670/149‑1 (MQ=255) tGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGa < 1:691739/149‑1 (MQ=255) tCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGGTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGt > 1:535031/1‑149 (MQ=255) tCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGt > 2:54297/1‑149 (MQ=255) tCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGt > 1:608011/1‑149 (MQ=255) gTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTgg > 1:317490/1‑133 (MQ=255) gTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTgg < 2:317490/133‑1 (MQ=255) gAAACACCCAGCGCATGCGCTTTTTCGTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTc < 1:409273/149‑1 (MQ=255) acCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGAc < 1:147774/149‑1 (MQ=255) cAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCaa < 1:54297/149‑1 (MQ=255) aGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAg < 1:500581/149‑1 (MQ=255) ggTCGATATCAATCTTAACCTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGGCCAGCCTGGTCAATCAGc < 2:565478/149‑1 (MQ=255) gTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGAc < 2:412060/47‑1 (MQ=255) gTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGAc > 1:412060/1‑47 (MQ=255) tCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGGCCAGCCTGGTCAATCAGCtc > 2:482331/1‑149 (MQ=255) atatTAATCTTAAACGGCAGGGTATCTTCCCGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGGCCAGCCTGGTCAATCAGCtcaaa < 2:192235/149‑1 (MQ=255) tatCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTT‑CAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGGCCAGCCTGGTCAATCAGCtcaaagt < 2:444810/149‑1 (MQ=255) 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gCGGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGGCCAGCCTGGTCAATCAGCTCAAAGTCAAAGCCGGTTGCa < 1:79012/149‑1 (MQ=255) | AAACTTTCTTCACACGACCGCGGTCGATAAAGTCGTTCACATAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGAGTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCGGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGGCCAGCCTGGTCAATCAGCTCAAAGTCAAAGCCGGTTGCA > NC_000913_3_hsa_tpiA/482090‑482376 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |