| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_hsa_tpiA | = 1469240 | NA (NA) | 52 (1.070) | 44/282 | 0.2 | 96.3% | intergenic (‑91/‑1) | insC1/ydbA | IS2 repressor TnpA/pseudogene, autotransporter homolog; interrupted by IS2 and IS30 |
| ? | NC_000913_3_hsa_tpiA | = 1596355 | 2 (0.040) | pseudogene (1633/3861 nt) | yneO | pseudogene, AidA homolog | |||||
CTTCGACATTCAGCGTACCGTTATTCGTCAGGGTTAACGTACCCGTACCAGATGTCCCTACGTACATATTGAATGTTTCAAGAAGAGAGTTCTGCCCATCCACCCTCACGTCGCCCTTACTTTTGTCATTGAGAGCTATCTGTGTATCACGCGCTTTAACTATACCTCCGGTGGTAATATTCAGTTCACCCGTGCCTAATACACCGACCTGTAGCAATTGTGCGTTAGTAGATGATGTCTTTAAATTCCAGAGACTGTCCGTTGAAATATTAACTATCCCCTTACCGGAGGCATTT > NC_000913_3_hsa_tpiA/1596208‑1596503 | attcGACATTCGGCGTACCGTTATTCGTCAGGGTTAACGTACCTGTACCAGATGGCCCTACGTACATATTGGATGTTTCAAGAAGAGAGTTGTGCACATCCCCCCTCACGTCGCCCTTACTTTTGTCATTGAGAGCTATCTGTGTATCt > 2:501518‑M2/2‑148 (MQ=255) tgcagaggcgttcgagcattataacgaatggcatccgcatagtgcgctgggttatcgctcgccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttacgcgataatagatgtctggaaatataggggcaaatccaGTATCACgcgc > 2:566173‑M1/139‑149 (MQ=255) gggcgttcgagcattataacgaatggcatccgcatagtgcgctgggttatcgctcgccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatccaGTATCACGCGCTTTaa > 2:640912‑M1/134‑149 (MQ=255) 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tcgctcgccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatccaGTATCACGCGCTTTAACTATACCTCCGGTGGTAATATTCAGTTCACCCGTGCCTAATACACCGAc > 2:789039‑M1/85‑149 (MQ=255) cATATTGAATGTTTCAAGAAGAGAGTTCTGCCCATCCACCCTCACGTCGCCCTTACTTTTGTCATTGAGAGCTATCTGTGTATCtagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtgatagtcttaatactag > 2:110312‑M2/1‑84 (MQ=255) gccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatccaGTATCACGCGCTTTAACTATACCTCCGGTGGTAATATTCAGTTCACCCGTGCCTAATACCCCGACCtgtgg < 1:124819‑M1/71‑3 (MQ=255) atatTGAAGGTTTCAAGAAGAGAGTTCTGCCCATCCACCCTCACGTCGCCCTTACTTTTGTCATTGAGAGCTATCTGTGTATCtagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtgatagtcttaatactagt > 2:551992‑M2/1‑83 (MQ=255) cacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatccaGTATCACGCGCTTTAACTATACCTCCGGTGGTAATATTCAGTTCACCCGTGCCTAATACACCGACCTGTAGCa < 1:563732‑M1/73‑1 (MQ=255) 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tgtATCtagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtgatagtcttaatactagtttttagactagtcattggagaacagatgattgatgtcttagggccggagaaacgcagacggcgtacca < 1:87950‑M2/140‑135 (MQ=255) aGTATCACGCGCTTTAACTATACCTCCGGTGGTAATATTCAGTTCACCCGTGCCTAATACACCGACCTGTAGCAATTGTGCGTTAGTAGATGATGTCTTTAAATTCCAGAGACTGTCCGTTGAAATATTAACTATCCCCTTACCGGAgg < 2:214478‑M1/148‑1 (MQ=255) gtATCtagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtgatagtcttaatactagtttttagactagtcattggagaacagatgattgatgtcttagggccggagaaacgcagacggcgtaccacacaggaaaa > 1:688311‑M2/1‑5 (MQ=255) tATCtagactggccccctgaatctccagataaccaatatcacttaaataagggatagtcttaatactagtttttagactagtcattggagaacatatgattgatgtcttagggccggagaaacgcagacggcgtaccacacaggaaaag > 1:664745‑M2/1‑4 (MQ=255) aTCACGCGCTTTAACTATACCTCCGGTGGTAATATTCAGTTCACCCGTGCCTAATACACCGACCTGTAGCAATTGTGCGTTAGTAGATGATGTCTTTAAATTCCAGAGACTGTCCGTTGAAATATTAACTATCCCCTTACCGGAGGCAt < 2:563732/149‑1 (MQ=255) tCtagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtgataatcttaagactagtttgtagactagtcattggagaacagatgattgatgtcttagggccggagaaacgcagtcggcgtaccacacaggaaaagat < 1:713280‑M2/149‑148 (MQ=255) tCtagaccggccccccgaatctccagaaaaccaatatcagcaaaataattgatagtcttaatactagttttttgactagacaatgaacaacagattatggatgtcttagggccggagaaacgcagacggcgtaccacacaggaaaagat > 1:624810‑M2/1‑2 (MQ=255) ctagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtgatagtcttaatactagtttttagactagtcattggagaacagatgattgatgtcttagggccggagaaacgcagacggcgtaccacacaggaaaagatc > 2:459098‑M2/1‑1 (MQ=255) ctagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtgatagtcttaatactagtttttagactagtcattggagaacagatgattgat > 2:69839‑M2/1‑1 (MQ=255) ctagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtgatagtcttaatactagtttttagactagtcattggagaacagatgattgat < 1:69839‑M2/101‑101 (MQ=255) | CTTCGACATTCAGCGTACCGTTATTCGTCAGGGTTAACGTACCCGTACCAGATGTCCCTACGTACATATTGAATGTTTCAAGAAGAGAGTTCTGCCCATCCACCCTCACGTCGCCCTTACTTTTGTCATTGAGAGCTATCTGTGTATCACGCGCTTTAACTATACCTCCGGTGGTAATATTCAGTTCACCCGTGCCTAATACACCGACCTGTAGCAATTGTGCGTTAGTAGATGATGTCTTTAAATTCCAGAGACTGTCCGTTGAAATATTAACTATCCCCTTACCGGAGGCATTT > NC_000913_3_hsa_tpiA/1596208‑1596503 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |