| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913_3_hsa_tpiA | 2,884,257 | C→A | 10.1% | intergenic (‑119/+296) | casA ← / ← ygcB | CRISP RNA (crRNA) containing Cascade antiviral complex protein/Cascade complex anti‑viral R‑loop helicase‑annealase Cas3 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913_3_hsa_tpiA | 2,884,257 | 0 | C | A | 10.1% | 171.2 / 4.9 | 61 | intergenic (‑119/+296) | casA/ygcB | CRISP RNA (crRNA) containing Cascade antiviral complex protein/Cascade complex anti‑viral R‑loop helicase‑annealase Cas3 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (36/18); new base A (3/4); total (39/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGGGATCCAGTTATCAATAAGCAAATTCATTTGTTCTCCTTCATATGCTCCGACATTTCTCCTGCATTTCTATACGTCGGCACACTTCCGTTATCGGTAAAAACAAAGAAAAAATACGGCGTAATTAATTCAATAATCACATTCACTGCAAAAATATATTCATTGGTTTAATACAATTAACCTATACATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCA > NC_000913_3_hsa_tpiA/2884109‑2884401 | aGGGATCCAGTTATCAATAAGCAAATTCATTTGTTCTCCTTCATATGCTCCGACATTTCTCCTGCATTTCTATACGTCGGCACACTTCCGTTATCGGTAAAAACAAAGAAAAAATACGGCGTAATTAATTCAATAATCACATTCACTGCa > 3:61040/1‑150 (MQ=255) ggATCCAGTTATCAATAAGCAAATTCATTTGTTCTCCTTCATATGCTCCGACATTTCTCCTGCATTTCTATACGTCGGCACACTTCCGTTATCGGTAAAAACAAAGAAAAAATACGGCGTAATTAATTCAATAATCACATTCACTGCaaa > 4:98579/1‑150 (MQ=255) ggATCCAGTTATCAATAAGCAAATTCATTTGTTCTCCTTCATATGCTCCGACATTTCTCCTGCATTTCTATACGTCGGCACACTTCCGTTATCGGTAAAAACAAAGAAAAAATACGGCGTAATTAATTCAATAATCACATTCACTGCaaa > 4:98555/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |