| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 578,890 | (T)7→8 | coding (4/294 nt) | borD ← | DLP12 prophage; putative lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 578,883 | 1 | . | T | 94.4% | 364.3 / 14.5 | 130 | coding (11/294 nt) | borD | DLP12 prophage; putative lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (4/3); new base T (61/58); total (68/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
TCGACAGTTTTCTTCTGCCCAATTCCAGAAACGAAGAAATGATGGGTGATGGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑A‑‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGCCAGGTGCGATGAATCGTCATT > NC_000913/578736‑579025 | tCGACAGTTTTCTTCTGCCCAATTCCAGAAACGAAGATATGATGGGTGATGGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTTTTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑A‑‑t < 2:1544949/149‑1 (MQ=255) gACAGTTTTCTTCTGCCCAATTCCAGAAACGAAGAAATGATGGGTGATGGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑A‑‑t‑tt > 1:809601/1‑149 (MQ=255) gACAGTTTTCTTCTGCCCAATTCCAGAAACGAAGAAATGATGGGTGATGGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑A‑‑t‑tt > 1:1859942/1‑149 (MQ=255) gACAGTTTTCTTCTGCCCAATTCCAGAAACGAAGAAATGATGGGTGATGGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑A‑‑t‑tt > 1:1705936/1‑149 (MQ=255) agatttCTTCTGCCCAATTCCAGAAACGAAGAATTGATGGGTGATGGTTACATTTGGTGCTACTGATGTCTGTTTGTTTTTAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGGCAGCGCATTAGCGAGTAGC‑A‑‑t‑tt‑‑‑tt‑t < 1:880438/146‑1 (MQ=255) ttttCTTCTGCCCAATTCCAGAAACGAAGAAATGATGGGTGATGGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑A‑‑t‑tt‑‑‑tt‑ttt > 2:884174/1‑148 (MQ=255) tttCTTCTGCCCAATTCCAGAAACGAAGAAATGATGGGTGATGGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑A‑‑t‑tt‑‑‑tt‑tttc < 2:612244/149‑3 (MQ=255) tcttctGGCCATTTCCATCAACGAAGATATGAGGGGTGTTGGTTTCCTTTGGTGCTCCTGCTGTCTGTGTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTTATACGCAGGGCCAGCGCAGTTGCGAGTAGC‑A‑‑t‑tt‑‑‑tt‑tttcat < 2:1001026/149‑5 (MQ=255) ttctGCCCAATTCCAGAAACGAAGAAATGATGGGTGATGGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATgg < 1:1700148/149‑1 (MQ=255) ttctGCCCAATTCCAGAAACGAAGAAATGATGGGTGATGGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATgg > 2:1689309/1‑149 (MQ=255) ctGCCCAATTCCAGAAACGAAGAAATGATGGGTGATGGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGGCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGATCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGgtg < 1:1468181/149‑1 (MQ=255) ccAATTCCAGAAACGAAGAAATGATGGGTGATGGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTAt < 1:1142371/149‑1 (MQ=255) cAATTCCAGAAACGAAGAAATGATGGGTGATGGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTAtt > 1:1379822/1‑149 (MQ=255) aTTCCAGTCACGATGAAATTATGGGTGATGGTTTCCTTTGGGCCAACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATCTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGGAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTcc < 2:1503889/149‑1 (MQ=255) ttCCAGAACCGAAGAAATGTGGGGTGATGGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACCGTAAATGTCTGTTGTGCACATCCTGTAAAAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑A‑‑T‑TT‑‑‑TTATTCATGGTGTTATTccc < 2:688395/149‑1 (MQ=255) cAGAAACGAAGAAATGATGGGTGATGGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGAt > 1:619521/1‑149 (MQ=255) cAGAAACGAAGAAATGATGGGTGATGGTTTCCTTAGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGATGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGAt > 2:1573064/1‑149 (MQ=255) aGAAACGAAGAAATGATGGGTGATGGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTATATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGAAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATCGTGTTATTCCCGATg > 1:1734926/1‑149 (MQ=255) aGAAACGAAGAAATGATGGGTGATGGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATg > 1:80677/1‑149 (MQ=255) aGAAACGAAGAAATGATGGGTGATGGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATg > 1:549669/1‑149 (MQ=255) aaCGAAGAAATGATGGGTGATGGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCtt > 1:1518307/1‑149 (MQ=255) cGAAGAACTGATGGGTGATGGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCtttt > 1:1807591/1‑149 (MQ=255) gaagaaATGATGGGTGATGGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTAATTGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑T‑‑T‑TTTTATT‑TTCATGGTGTTATTACACATGCttt > 2:993326/1‑149 (MQ=255) aagaaATGATGGGTGATGGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCTCATGCTGTAATAAGCTGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTTTTACCGATGCTTTTTg > 1:1003467/1‑149 (MQ=255) aagaaATGATGGGTGATGGTTTCATTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGATTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATAGCCGATGCTTTTTg > 1:1072871/1‑149 (MQ=255) agaaATGATGGGTGATGGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGa < 1:733831/149‑1 (MQ=255) taaaTGATGTGTGATGGTTACCTTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGaa < 1:563658/148‑1 (MQ=255) taaaTGATGGGCGATGGTGTCCTTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGaa < 2:79124/148‑1 (MQ=255) atgGGTGATGGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGc < 2:832822/149‑1 (MQ=255) gTGAGGGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGA‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGaa > 2:651678/1‑149 (MQ=255) ggATGGGTTCCTTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATGGCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGACAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAAt < 1:1230669/148‑1 (MQ=255) tGGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGt > 1:628509/1‑149 (MQ=255) gTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTAt > 2:1588872/1‑149 (MQ=255) ttCCTTTGGGGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTAtgt < 1:1003969/149‑1 (MQ=255) ccTTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATgtgt > 2:20028/1‑149 (MQ=255) ccTTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTAGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATACTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATgtgt < 2:140720/149‑1 (MQ=255) tttGGTGCTACTGCTGGCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAg < 2:1540336/149‑1 (MQ=255) tGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGaa > 2:273928/1‑149 (MQ=255) gTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGaaaa < 1:410117/149‑1 (MQ=255) gTGCTACTGCTGTCTGGTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGaaaa < 2:354500/149‑1 (MQ=255) gCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTCACTGTCTGATGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGA‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTGGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGATAAtt < 2:1149181/149‑1 (MQ=255) tACTGCTGTCTGGTTGTTTTTAACAGTAAATGGGTGTTGAGCTCATCCTGTAATATGTAGGGCGAGAGCAGTTTCGTGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGTTTTTTGAAGTTCGCAGACTCGTATGTGTAGAAAATTaa < 2:1026030/149‑1 (MQ=255) aCTTCTGTCTGTTTGTTGTGAACAGTAAATGTCTGTTGATCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑A‑‑T‑TT‑‑‑TTATTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTaaa < 1:1331963/149‑1 (MQ=255) aCTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTaaa > 1:48842/1‑149 (MQ=255) ttgtttTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAAc < 2:1379822/149‑1 (MQ=255) tgtttTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCATGGCCAGCACAGTATAGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGAAGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACa < 1:1813517/149‑1 (MQ=255) ttttGAAGAGTTAATGTCTGTTGAGCACATCGTTTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCTTGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAAt < 1:243565/149‑1 (MQ=255) ttttGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAAt < 2:763432/149‑1 (MQ=255) ttttGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAAt > 1:106724/1‑149 (MQ=255) ttGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGa > 1:661701/1‑149 (MQ=255) ttGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTACCGATGCTTTTTTAAGTTCTCAGAATCGAATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGa > 1:858969/1‑149 (MQ=255) aCAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTg > 2:840593/1‑149 (MQ=255) aGTAAATGTCTGTTGTGCTCATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCTGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTTTTCCCGATGCTTTTTGAAGTTGTCAGAATCGTATGTGTAGAATTTTAAACTAACCCTAAACAATGAGTTGaa < 1:1135398/149‑1 (MQ=255) aGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGAAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGCTGTTATTCCCGATGCATTTTGAAGTTCGAAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGaa > 1:68223/1‑149 (MQ=255) gTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTAATGGTGTTATTCCCCCTGGTTTTTGAAGTTCGCATAAAAGTATGTGTATAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGATTTTaaa > 1:844040/1‑149 (MQ=255) aaaTGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAAtt < 2:1590235/149‑1 (MQ=255) aTGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGGGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTc < 2:1705936/149‑1 (MQ=255) gTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAATATTCat > 1:459289/1‑149 (MQ=255) tCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCata > 2:31135/1‑149 (MQ=255) tCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCata > 2:1818087/1‑149 (MQ=255) tGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGCATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATAtt > 1:298469/1‑149 (MQ=255) ttGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGt > 1:573921/1‑149 (MQ=255) gAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTa > 1:134011/1‑149 (MQ=255) ccacaTCCTGTAATAAGCAGGGACAGATAAGTAGAGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATTGTGTTAATACCGATGCTGTTTTAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTTCACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAat < 1:1222901/148‑1 (MQ=255) cacaTCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAata > 1:507680/1‑149 (MQ=255) cacaTCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAata > 2:1329162/1‑149 (MQ=255) cacaTCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAata < 1:716074/149‑1 (MQ=255) acaTCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAatat > 1:165488/1‑149 (MQ=255) caTCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAAtatt > 1:10259/1‑149 (MQ=255) tCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAAtattta > 1:707401/1‑149 (MQ=255) gTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTaa > 2:1315796/1‑149 (MQ=255) taataaGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAAt > 2:1530686/1‑149 (MQ=255) taataaGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAAt > 1:409649/1‑149 (MQ=255) taataaGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAAt > 1:1113683/1‑149 (MQ=255) taataaGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AG‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTGATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGGTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAAt > 2:1068099/1‑149 (MQ=255) aataaGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGTAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATg < 1:1573064/149‑1 (MQ=255) taaGCATGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTa < 1:1689309/149‑1 (MQ=255) taaGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTa > 1:801796/1‑149 (MQ=255) aaccAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTAt < 2:125240/146‑1 (MQ=255) aaGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAACCCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTAt > 1:824299/1‑149 (MQ=255) aGCAGGTCCAGCGAAGTAGCGAGTAGCAA‑‑T‑AT‑‑‑TT‑TTCATGGGGTTATTCCCGCAGCTTTATCAAGTTGGCAGAATAGTAAGTGAAGAAAAATAAAAAAAACCTAAACAAAGTGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATCTAtt > 2:1864224/1‑148 (MQ=255) gCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCACGATGCTTTTTTAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACACTAAAAAATGAGTTGAAAATTCATATTGTTAATAATTATTAATGTATGc > 2:353145/1‑149 (MQ=255) aGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGCCa < 1:884174/149‑1 (MQ=255) ggCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AG‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAAGCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGCCAgg > 2:829551/1‑149 (MQ=255) gCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTATAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGCCAGGt > 1:1858489/1‑149 (MQ=255) gCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATATATTAATGTATGCCAGGt > 1:1237697/1‑149 (MQ=255) ccAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGCCAGGTg < 2:461821/149‑1 (MQ=255) cAGCGCTGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGCCAGGTGc > 1:242340/1‑149 (MQ=255) cgcatgaGCGAGTATC‑A‑‑TATT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGCCAGGTGCGAt < 2:515829/143‑1 (MQ=255) cgcAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGCCAGGTGCGAt < 2:981811/149‑1 (MQ=255) gcAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGCCAGGTGCGATg < 2:636926/149‑1 (MQ=255) gcAGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGCCAGGTGCGATg < 2:549669/149‑1 (MQ=255) aGTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTAATCCCGTTGCTTTTTGAAGTGCGCAGAATCGTATGTGACGAAAATTAAACAACCCCTAAACACTGAGGTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGACAGGTGCGATGaa < 1:1640399/149‑1 (MQ=255) gTAGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGCCAGGTGCGATGAAt < 1:31135/149‑1 (MQ=255) tAGCGAGTAGC‑ATTT‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGCCAGGTGCGATGAAt < 2:614430/149‑1 (MQ=255) aGCGAGTTGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTTTTATTCACGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGCCAGGTGCGATGAATCg < 2:858969/149‑1 (MQ=255) aGCGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGCCAGGTGCGATGAATCg < 2:1518307/149‑1 (MQ=255) cGAGTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGCCAGGTGCGATGAATCGTc < 2:707401/149‑1 (MQ=255) cGAGTAGC‑AG‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTGTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGCCAGGTGCGATGAATCGTc < 2:122362/149‑1 (MQ=255) gTAGC‑AT‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGCCAGGTGCGATGAATCGTCAtt < 2:661701/149‑1 (MQ=255) | TCGACAGTTTTCTTCTGCCCAATTCCAGAAACGAAGAAATGATGGGTGATGGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGC‑A‑‑T‑TT‑‑‑TT‑TTCATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGCCAGGTGCGATGAATCGTCATT > NC_000913/578736‑579025 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |