| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913_3_pae_tpiA | 4,158,704 | C→A | T100K (ACA→AAA) | oxyR → | oxidative and nitrosative stress transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913_3_pae_tpiA | 4,158,704 | 0 | C | A | 97.1% | 491.5 / 4.3 | 139 | T100K (ACA→AAA) | oxyR | oxidative and nitrosative stress transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/2); new base A (68/67); total (70/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.84e-01 | |||||||||||
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
CCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGTGATCCTCGCGCTG > NC_000913_3_pae_tpiA/4158557‑4158849 | ccAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAg < 1:1378615/150‑1 (MQ=255) cAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTACACATTGGTTTGATTCCCAAAGt > 4:702034/1‑150 (MQ=255) aGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGtt > 1:1073670/1‑150 (MQ=255) aGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGtt > 1:451532/1‑150 (MQ=255) aGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTACACATTGGTTTGATTCCCAAAGtt < 3:702034/150‑1 (MQ=255) ccGTACATTGTTGTTCACCCATGCTGGAATGCTGCTTGTGGATCAGGGGCGTACCGCGCGGCGTGAGGGGAAGGGCCTTAAAGAGATGGCCAGCCAGCAGGGCGAGACAATGAACGAACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTgg > 2:1057589/1‑150 (MQ=255) ccGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTgg > 2:1526517/1‑150 (MQ=255) cGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTCGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGa > 2:499887/1‑150 (MQ=255) tAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGAcc < 3:145025/150‑1 (MQ=255) aaaGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTTCCAAAGTTGGACCg > 1:1578267/1‑150 (MQ=255) gttCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCt > 2:1011106/1‑150 (MQ=255) gttCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCt > 2:429634/1‑150 (MQ=255) ttCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTa < 2:126948/150‑1 (MQ=255) 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2:715115/150‑1 (MQ=255) gggAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCAtattat > 1:882381/1‑150 (MQ=255) ggAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATc > 1:782455/1‑150 (MQ=255) gAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGGGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCGTTAAAGGGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGTTGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATcc < 1:882310/150‑1 (MQ=255) gAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCat > 2:903287/1‑143 (MQ=255) gAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCat < 1:903287/143‑1 (MQ=255) gctgctGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGAACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTAt < 1:579234/150‑1 (MQ=255) ctgGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTAtgctg > 1:1394075/1‑150 (MQ=255) gtggATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGGCCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCg < 2:1090080/129‑1 (MQ=255) gtggATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCg > 1:1090080/1‑129 (MQ=255) gtggATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCAc > 3:479848/1‑150 (MQ=255) tggATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCAcc > 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tACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCaaa < 3:334605/150‑1 (MQ=255) aCCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGt > 1:1630599/1‑103 (MQ=255) aCCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGt < 2:1630599/103‑1 (MQ=255) cGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGGCCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCt < 3:609953/150‑1 (MQ=255) cGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCt < 1:1317440/150‑1 (MQ=255) cGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCt < 2:882381/150‑1 (MQ=255) cGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCt < 1:545732/150‑1 (MQ=255) cGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGATTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCt > 2:340547/1‑150 (MQ=255) tgctgcGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTgg < 2:97260/150‑1 (MQ=255) tgctgcGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTgg > 3:294673/1‑150 (MQ=255) gctgcGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGa < 2:451532/150‑1 (MQ=255) 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tGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCg < 1:1446951/150‑1 (MQ=255) tCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGAc > 4:327397/1‑80 (MQ=255) tCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGAc < 3:327397/80‑1 (MQ=255) ccGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCa < 3:159765/86‑1 (MQ=255) ccGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCa > 4:159765/1‑86 (MQ=255) cGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCAc > 2:278123/1‑73 (MQ=255) cGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGtt > 2:1080697/1‑126 (MQ=255) ccGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTc < 4:366148/150‑1 (MQ=255) gCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTAt < 4:15578/91‑1 (MQ=255) cacaTTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGc < 3:132577/150‑1 (MQ=255) cacaTTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACGCGATTGc < 2:1076304/150‑1 (MQ=255) cacaTTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTCGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGc < 4:188411/150‑1 (MQ=255) acaTTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGAc < 2:1315433/106‑1 (MQ=255) acaTTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGAc > 1:1315433/1‑106 (MQ=255) ggTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGaa > 2:579876/1‑78 (MQ=255) ggTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGTGATc < 1:183005/150‑1 (MQ=255) gTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGTGATcc > 1:1104209/1‑150 (MQ=255) tttGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTAc < 2:1307715/110‑1 (MQ=255) tGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGTGATCCTcg > 2:547074/1‑150 (MQ=255) gATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGt < 2:1143245/141‑1 (MQ=255) gATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGt > 1:1143245/1‑141 (MQ=255) aTTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACccac > 1:741457/1‑99 (MQ=255) aTTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACccac < 2:741457/99‑1 (MQ=255) cccAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGAc > 1:1605809/1‑92 (MQ=255) cccAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCa < 4:201633/124‑1 (MQ=255) cccAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCa > 3:201633/1‑124 (MQ=255) | CCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGTGATCCTCGCGCTG > NC_000913_3_pae_tpiA/4158557‑4158849 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |