| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_pae_tpiA | = 1299498 | 0 (0.000) | 65 (1.170) | 57/278 | 0.0 | 100% | intergenic (+253/‑1684) | ychE/oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| ? | NC_000913_3_pae_tpiA | 1300698 = | 0 (0.000) | intergenic (+1453/‑484) | ychE/oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein | |||||
GGGGATAACGCCTTAAATGGCGAAGAAACGGTCTAAATAGGCTGATTCAAGGCATTTACGGGAGAAAAAATCGGCTCAAACATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGATACGGTCAAT > NC_000913_3_pae_tpiA/1300553‑1300844 | tcaaattacagttagttataaggatttccttaactgcttctcgtcagcatcatgttattttcggcacatcataagcctgggctggctgaagaataattgaaatgatattattaattccaccgcatttggtcaacgaaagtgctaaataa > 2:357508‑M2/146‑149 (MQ=255) aaattacagttagttataaggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataata > 1:779863‑M2/144‑149 (MQ=255) ttataaggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTaaa < 2:778620‑M2/19‑1 (MQ=255) ataaggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAGatt > 1:356006‑M2/129‑149 (MQ=255) gatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATtgt < 2:661246‑M2/26‑1 (MQ=255) atttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATtgtg < 2:787913‑M2/27‑1 (MQ=255) ccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATACTCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt > 2:584443‑M2/119‑149 (MQ=255) aactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCac < 1:639212‑M2/35‑1 (MQ=255) ttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTgg > 2:315411‑M2/109‑149 (MQ=255) ctcctcaacatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGaa < 1:465862‑M2/43‑1 (MQ=255) cctcgccagcatgttaacttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAAGCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACt < 2:253063‑M2/45‑1 (MQ=255) ctcaccatcctgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgcagaatcattgaactgatattatttattccacggcctttggtataggtaatggcgaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTg > 1:456427‑M2/104‑149 (MQ=255) tcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGt > 1:12746‑M2/103‑149 (MQ=255) catcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATc > 2:860152‑M2/99‑149 (MQ=255) catcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATc > 2:7337‑M2/99‑149 (MQ=255) tgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGaaa > 1:963644‑M2/94‑149 (MQ=255) gttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGaaaa < 1:860152‑M2/57‑1 (MQ=255) gttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGaaaa > 1:53188‑M2/93‑149 (MQ=255) gttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattcaactgcctttagtagaggaaagtgctaaATAATAATAAATTGTTAAATTATGGTGCATTTCAATAATAGAAATTTA‑TTCAGaaaa > 2:61688‑M2/93‑149 (MQ=255) agtttcgccacatcataattctgggctgtatgaagaataattgaaatgatataattaattcaaatgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGAt < 2:489679‑M2/60‑1 (MQ=255) tttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaacgattgaaattatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAg < 1:442564‑M2/62‑1 (MQ=255) ttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGa < 1:972203‑M2/63‑1 (MQ=255) tcgccacatcataatcctgggcctgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGAc < 1:818941‑M2/64‑1 (MQ=255) gccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACAt > 1:823970‑M2/84‑149 (MQ=255) cacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGc > 1:740000‑M2/82‑149 (MQ=255) cacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGc < 2:779863‑M2/68‑1 (MQ=255) tcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAg > 1:631459‑M2/78‑149 (MQ=255) cataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGc > 1:807871‑M2/77‑149 (MQ=255) aataatcctgggcgttgtgaagaataattgaaattatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGc < 2:189431‑M2/73‑1 (MQ=255) cctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAAtct > 1:570568‑M2/71‑149 (MQ=255) gcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTaatggg > 1:490023‑M2/66‑90 (MQ=255) gcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATtgtg < 2:490023‑M2/27‑1 (MQ=255) gcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATtgtg > 1:259103‑M2/66‑92 (MQ=255) gcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATtgtg < 2:259103‑M2/27‑1 (MQ=255) gcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTAtt < 1:329746‑M2/84‑1 (MQ=255) cttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTAttt < 2:53188‑M2/85‑1 (MQ=255) agagcaagaataatagaaatgatattattaaatccactgcctttggtagaggacattgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATttga < 2:749301‑M2/87‑1 (MQ=255) gctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATttgat > 2:524874‑M2/62‑149 (MQ=255) aagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATGTCTCTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGattgaa < 1:447984‑M2/92‑1 (MQ=255) aataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGattgaattg > 1:766410‑M2/55‑149 (MQ=255) taattgaaatgatattattaattcctctgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATTCTTAGCCATTCTCTATTTGAttgaattgaa < 2:728702‑M2/97‑1 (MQ=255) taattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTCAATTATTGTGCACTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGAttgaattgaa < 1:647225‑M2/97‑1 (MQ=255) gaaatgagattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGAtg < 2:456427‑M2/102‑1 (MQ=255) aaatgatatgaggaattccactgcgtttggtagaagaaaggtctatATACTAATGAATTGTTAAATTATTGTGCAGTTCTCTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGAtgt < 2:157061‑M2/103‑1 (MQ=255) aatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTAGTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCACTATTTGATTGAATTGAAAGAtgtt > 1:912019‑M2/46‑149 (MQ=255) gatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGAtgtttgt > 1:13146‑M2/43‑149 (MQ=255) tattattaattacactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCCCTACTGGAAATGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTTGAAGatgtttgttg > 2:152147‑M2/41‑148 (MQ=255) ttaataaatccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAg < 1:841218‑M2/111‑1 (MQ=255) aattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATg < 1:315411‑M2/116‑1 (MQ=255) attccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATgg > 1:544554‑M2/33‑149 (MQ=255) ttccactgcctttggtaaaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGAAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTGTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTCAGGCATGGa > 2:868094‑M2/32‑149 (MQ=255) ccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATg > 1:412015‑M2/30‑149 (MQ=255) cactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTCATTGAATTGAAAGCTGTTTGTTAAGGCATGGATGc > 2:678220‑M2/29‑149 (MQ=255) actgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCacta > 2:902996‑M2/28‑64 (MQ=255) actgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCacta < 1:902996‑M2/37‑1 (MQ=255) actgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCa > 1:851968‑M2/28‑149 (MQ=255) ctgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACt < 1:870428‑M2/45‑1 (MQ=255) ctgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACt > 2:870428‑M2/27‑71 (MQ=255) ctgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCaa < 1:208942‑M2/123‑1 (MQ=255) tgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAg < 2:21112‑M2/124‑1 (MQ=255) gcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATGGCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGc > 1:954923‑M2/25‑149 (MQ=255) tttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCtat > 1:299003‑M2/22‑149 (MQ=255) aggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCGGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTcta > 1:668771‑M2/14‑148 (MQ=255) gaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGAt > 1:217937‑M2/12‑149 (MQ=255) gaaagtgcTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGACCTATACAGCCG‑TAAGGTCGGCCTCAGCAGCCAAGCTCAATTTAATAAAATCAAAATATGTGTGTTAAATCATGGTTGCAAGCTATAGATTCTGAt > 1:238634/8‑149 (MQ=255) tgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGATACGGt < 2:807871‑M2/143‑1 (MQ=255) aaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATGGCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGATACGGTCAAt < 1:893010‑M2/147‑1 (MQ=255) | GGGGATAACGCCTTAAATGGCGAAGAAACGGTCTAAATAGGCTGATTCAAGGCATTTACGGGAGAAAAAATCGGCTCAAACATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA‑ATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGATACGGTCAAT > NC_000913_3_pae_tpiA/1300553‑1300844 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |