| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_pae_tpiA | = 1469240 | NA (NA) | 79 (0.800) | 63/270 | 0.8 | 90.8% | intergenic (‑91/‑1) | insC1/ydbA | IS2 repressor TnpA/pseudogene, autotransporter homolog; interrupted by IS2 and IS30 |
| ? | NC_000913_3_pae_tpiA | 1755647 = | 8 (0.080) | intergenic (‑506/‑51) | ydhZ/pykF | uncharacterized protein/pyruvate kinase I | |||||
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
GGACTGTAGAACTCAACGACTCAAAAACAGGCACTCACGTTGGGCTGAGACACAAGCACACATTCCTCTGCACGCTTTTTCGATGTCACCTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTGAAGAGATGTTAGCTAAAATGCTGGACGCTGGCATGAACGTTATGCGTCT > NC_000913_3_pae_tpiA/1755498‑1755795 | cgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctac < 1:1025837‑M2/1‑1 (MQ=255)cgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctac < 1:639826‑M2/1‑1 (MQ=255)cgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctac < 1:418225‑M2/1‑1 (MQ=255) tcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCCCa < 2:833612‑M2/4‑1 (MQ=255) tttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCCCAGaa < 2:630451‑M2/7‑1 (MQ=255) tAGAACTCAACGACTCAAAAACAGGCACTCACGTTGGGCTGAGACACAAGCACACATTCCTCTGCACGCTTTTTCGATGTCACCTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGtg > 3:390557‑M2/1‑148 (MQ=255) tCAACGACTCAAAAACAGGCACTCACGTTGGGCTGAGACACAAGCACACATTCCTCTGCACGCTTTTTCGATGTCACCTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGtggatttg < 1:814605‑M2/150‑9 (MQ=255) aaCGACTCAAAAACAGGCACTCACGTTGGGCTGAGACACAAGCACACATTCCTCTGCACGCTTTTTCGATGTCACCTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGtt > 2:220535/1‑150 (MQ=255) tggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCCCAGAAAGCAAGttt < 1:853054‑M2/16‑1 (MQ=255) aCGACTCAAAAACAGGCACTCACGTTGGGCTGAGACACAAGCACACATTCCTCTGCACGCTTTTTCGATGTCACCTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACAGGATTCGCATTCCTGCAGTTCGCCCAGtggatttgccc > 4:696875‑M2/1‑139 (MQ=255) gACTCAAAAACAGGCACTCACGTTGGGCTGAGACACAAGCACACATTCCTCTGCACGCTTTTTTTTTTTCACTTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGtggatttgcccct < 2:377361‑M2/150‑14 (MQ=255) tCAAAAACAGGCACTCACGTTGGGCTGAGACACAAGCACACATTCCTCTGCACGCTTTTTCGATGTCACCTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGtgtatttgcccctatt < 2:106971‑M2/150‑17 (MQ=255) aaaaaCAGGCACTCACGTTGGGCTGAGACACAAGCACACATTCCTCTGCACGCTTTTTCGATGTCACCTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGtggatttgcccctatatt < 1:61365‑M2/150‑19 (MQ=255) ctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCtt < 3:227671‑M2/27‑1 (MQ=255) aCAGGCACTCACGTTGGGCTGAGACACAAGCACACATTCCTCTGCACGCTTTTTCGATGTCACCTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGtggatttgcccctatatttcca > 2:54659‑M2/1‑128 (MQ=255) tgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTtc > 1:20858‑M2/123‑150 (MQ=255) aCTCACGTTGGGCTGAGACACAAGCACACATTCCTCTGCACGCTTTTTCGATGTCACCTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGtggatttgcccctatatttccagacatc > 2:883048‑M2/1‑122 (MQ=255) aCGTTGGGCTGAGACACAAGCACACATTCCTCTGCACGCTTTTTCGATGTCACCTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGtggatttgcccctatatttccagacatctgtt > 2:877567‑M2/1‑118 (MQ=255) gTTGGGCTGAGACACAAGCACACATTCCTCTGCACGCTTTTTCGATGTCACCTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGtggatttgcccctatatttccagacatctgttat < 3:146904‑M2/150‑35 (MQ=255) gggCTGAGACACAAGCACACATTCCTCTGCACGCTTTTTCGATGTCACCTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcac < 1:8675‑M2/150‑38 (MQ=255) cctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAaagact > 1:1047642‑M2/109‑150 (MQ=255) ctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCCCAGAAAGCAAGt < 4:556955‑M2/14‑1 (MQ=255) ctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAaagacta < 1:1073237‑M2/43‑1 (MQ=255) gCTGAGACACAAGCACACATTCCTCTGCACGCTTTTTCGATGTCACCTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcactt > 3:619766‑M2/1‑111 (MQ=255) gCTGAGACACAAGCACACATTCCTCTGCACGCTTTTTCGATGTCACCTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAaagactaa > 3:561352/1‑150 (MQ=255) cTGAGACACAAGCACACATTCCTCTGCACGCTTTTTCGATGTCACCTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcactta > 2:22983‑M2/1‑110 (MQ=255) aagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAaagactaag > 3:435642‑M2/106‑150 (MQ=255) tGAGACACAAGCACACATTCCTCTGCACGCTTTTTCGATGTCACCTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaa < 1:902340‑M2/150‑42 (MQ=255) gagaCACAAGCACACATTCCTCTGCACGCTTTTTCGATGTCACCTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaac < 4:684350‑M2/150‑43 (MQ=255) cacaAGCACACATTCCTCTGCACGCTTTTTCGATGTCACCTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccat > 2:1065926‑M2/1‑104 (MQ=255) cacaAGCACACAGTCCTCTGCACGCTTTTTCGATGTCACCTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGtggatttgcccctatatctcctgccttctgttatcacttaacccat > 4:141706‑M2/1‑104 (MQ=255) caatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCa > 1:314150‑M2/99‑150 (MQ=255) acaAGCACACATTCCTCTGCACGCTTTTTCGATGTCACCTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccatt < 1:928378‑M2/150‑48 (MQ=255) caAGCACACATTCCTCTGCACGCTTTTTCGATGTCACCTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccatta > 3:194497‑M2/1‑102 (MQ=255) aaGCACACATTCCTCTGCACGCTTTTTCGATGTCACCTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattac < 3:434801‑M2/150‑50 (MQ=255) catctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGaa < 1:296652‑M2/56‑1 (MQ=255) gttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGAAAAAGa < 1:407144‑M2/61‑1 (MQ=255) ctagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGttt < 2:620646‑M2/73‑1 (MQ=255) 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aaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCg > 1:1027009‑M2/69‑150 (MQ=255) aTGTCACCTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggc > 1:131617‑M2/1‑72 (MQ=255) tagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGAcc > 4:534418‑M2/65‑150 (MQ=255) cTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtg > 1:749767‑M2/1‑65 (MQ=255) cTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGtggatttgcccctatatttccagacatctgtt > 3:671344‑M2/1‑65 (MQ=255) cTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGtggatttgcccctatatttccagacatctgtt < 4:671344‑M2/97‑33 (MQ=255) cTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGtggatttgcccctatatttcca > 1:981012‑M2/1‑65 (MQ=255) ttaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGaaaa > 1:1086403‑M2/60‑150 (MQ=255) ttaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGaaaa > 3:582471‑M2/60‑150 (MQ=255) aTCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataa > 2:837692‑M2/1‑63 (MQ=255) aagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAAcc < 4:435642‑M2/93‑1 (MQ=255) aagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCCCAGAAAGCAAGTTTCCCCCATCCTTCTCAACt < 2:559782‑M2/34‑1 (MQ=255) 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cGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTGAAGAGATGTTAGCTAAAATGCTGGACg > 2:783505/1‑150 (MQ=255) ggagattcagggggccagtctaCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAaagactaag > 1:467547‑M2/23‑67 (MQ=255) ggagattcagggggccagtctaCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAaagactaag < 2:467547‑M2/45‑1 (MQ=255) ggagattcagggggccagtctaCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTGAAGAGATGTTAGCTAAAATGCTGGACGc > 4:299877‑M2/23‑150 (MQ=255) aTTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctc > 3:444761‑M2/1‑25 (MQ=255) ttCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGtggatttgcccctatatttccagacatctgt > 2:663437‑M2/1‑24 (MQ=255) gattcagggggccagtctaCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTGAAGAGATGTTAGCTAAAATGCTGGACGCTgg > 2:801437‑M2/20‑150 (MQ=255) cGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaa > 1:1035312‑M2/1‑22 (MQ=255) gCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcg < 1:551073‑M2/115‑95 (MQ=255) agggggccagtctaCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTGAAGAGATGTTAGCTAAAATGCTGGACGCTGGCATGa > 2:73988‑M2/15‑150 (MQ=255) ttCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGAAAAAGACCAAAAGTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTGAAGAGATGTTAGCTAAAATGCTGGACGCTGGCATGaa < 4:561352/150‑1 (MQ=255) cGGCAGTGCGCCCAGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttagcccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctct > 1:264996‑M2/1‑15 (MQ=255) ggCAGTGCGCCCAGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggat < 4:44410‑M2/120‑107 (MQ=255) gccagtctaCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTGAAGAGATGTTAGCTAAAATGCTGGACGCTGGCATGAACGtt > 1:246217‑M2/10‑150 (MQ=255) gTGCGCCCAGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaag > 1:1033546‑M2/1‑10 (MQ=255) gTGCGCCCAGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaag < 2:27474‑M2/150‑141 (MQ=255) gTGCGCCCAGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgc > 2:893267‑M2/1‑10 (MQ=255) taCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCGACTTAAAGACTAAGACTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTGAAGAGATGTTAGCTAAAATGCTGGACGCTGGCATGAACGATATGCGTc > 4:631204‑M2/3‑150 (MQ=255) aCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTGAAGAGATGTTAGCTAAAATGCTGGACGCTGGCATGAACGTTATGCGTCt < 3:22706‑M2/149‑1 (MQ=255) aCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTGAAGAGATGTTAGCTAAAATGCTGGACGCTGGCATGAACGTTATGCGTCt < 2:20858‑M2/149‑1 (MQ=255) | GGACTGTAGAACTCAACGACTCAAAAACAGGCACTCACGTTGGGCTGAGACACAAGCACACATTCCTCTGCACGCTTTTTCGATGTCACCTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTGAAGAGATGTTAGCTAAAATGCTGGACGCTGGCATGAACGTTATGCGTCT > NC_000913_3_pae_tpiA/1755498‑1755795 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |