| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_pae_tpiA | = 1397238 | NA (NA) | 203 (0.980) | 117/242 | 0.5 | 84.9% | intergenic (+146/‑127) | insH1/ynaJ | IS5 transposase and trans‑activator/DUF2534 family putative inner membrane protein |
| ? | NC_000913_3_pae_tpiA | = 1757085 | 36 (0.170) | coding (1388/1413 nt) | pykF | pyruvate kinase I | |||||
Only 100 of 437 total aligned reads displayed.
AGGCGTTGTGCCGCAGCTTGTTAAAGAGATCACTTCTACTGATGATTTCTACCGTCTGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCACTGGTACCGAGCGGCACTACTAACACCGCATCTGTTCACGTCCTGTAATATTGCTTTTGTGAATTAATTTGTATATCGAAGCGCCCTGATGGGCGCTTTTTTTATTTAATCGATAACCAGAAGCAATAAAAAATCAAATCGGATTTCACTATATAATCTCACTTTATCTAAG > NC_000913_3_pae_tpiA/1756936‑1757234 | gaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAACACCGc < 1:1118713‑M1/10‑1 (MQ=255) cGCAGCTTGTTAAAGAGATCACTTCTACTGATGATTTCTACCGTCTGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCACTGGTACCGAGCGGCACTACTAAggaaggtgcga > 1:967907‑M2/1‑139 (MQ=255) gCAGCTTGTTAAAGAGATCACTTCTACTGATGATTTCTACCGTCTGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCACTGGTACCGAGCGGCACTACTAAggaaggtgcgaa > 2:456799‑M2/1‑138 (MQ=255) tcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAACACCGCATCTGtt < 3:1152102‑M1/17‑1 (MQ=255) tttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAACACCGCATCTGTTCAc > 4:1152102‑M1/131‑150 (MQ=255) ttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaaaatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAACACCGCATCTGTTCACg < 2:361997‑M1/21‑1 (MQ=255) aaGAGATCACTTCTACTGATGATTTCTACCGTCTGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCACTGGTACCGAGCGGCACTACTAAggaaggtgcgaataagcgg < 1:836832‑M2/146‑20 (MQ=255) ctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAACACCGCATCTGTTCACGTCCTGTa > 3:221368‑M1/123‑150 (MQ=255) agagATCACTTCTACTGATGATTTCTACCGTCTGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCACTGGTACCGAGCGGCACTACTAAggaaggtgcgaataagcgggga > 4:16941‑M2/1‑126 (MQ=255) agagATCACTTCTACTGATGATTTCTACCGTCTGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCACTGGTACCGAGCGGCACTACTAAggaaggtgcgaataagcgggga < 3:16941‑M2/148‑23 (MQ=255) gaTCACTTCTACTGATGATTTCTACCGTCTGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCACTGGTACCGAGCGGCACTACTAAggaaggtgcgaataagcagggaaattc > 1:1804261‑M2/1‑123 (MQ=255) gcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAACACCGCATCTGTTCACGTCCTGTAATATTg < 4:1208375‑M1/34‑1 (MQ=255) aCTTCTACTGATGATTTCTACCGTCTGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCACTGGTACCGAGCGGCACTACTAACACCGc < 4:1379020/125‑1 (MQ=255) tactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAACACCGCATCTGTTCACGTCCTGTAATATTGCtttt > 1:1180012‑M1/112‑150 (MQ=255) cTACTGATGATTTCTACCGTCTGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCACTGGTACCGAGCGGCACTACTAAggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggc < 2:839718‑M2/150‑36 (MQ=255) cTACTGATGATTTCTACCGTCTGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCACTGGTACCGAGCGGCACTACTAAggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggc > 2:47136‑M2/1‑115 (MQ=255) tgatgaTTTCTACCGTCTGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCACTGGTACCGAGCGGCACTACTAAggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggctgac < 1:2624524‑M2/150‑40 (MQ=255) gctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAACACCGCATCTGTTCACGTCCTGTAat > 1:438840‑M1/108‑137 (MQ=255) gctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAACACCGCATCTGTTCACGTCCTGTAATATTGCTTTTGTGa < 1:2210732‑M1/43‑1 (MQ=255) cactgtcggtgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAACACCGCATCTGTTCACGTCCTGTAATATTGCTTTTGTGAATTAAttt > 2:1118713‑M1/100‑150 (MQ=255) cggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAACACCGCATCTGTTCACGTCCTGTAATATTGCTTTTGTGAATTAATTTGTatat > 1:1660311‑M1/94‑150 (MQ=255) ggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAACACCGCATCTGTTCACGTCCTGTAATATTGCTTTTGTGAATTAAttt > 2:649989‑M1/93‑143 (MQ=255) ggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAACACCGCATCTGTTCACGTCCTGTAATATTGCTTTTGTGAATTAAttt < 1:649989‑M1/51‑1 (MQ=255) gaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAACACCGCATCTGTTCACGTCCTGTAATATTGCTTTTGTGAATTAATTTGTATATCg > 3:735945‑M1/90‑148 (MQ=255) ggTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCACTGGTACCGAGCGGCACTACTAAggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggctgactcagtcatttcatttcttc < 4:1307284‑M2/150‑59 (MQ=255) gTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCACTGGTACCGAGCGGCACTACTAACACCGCATCTGtt > 1:1964148/1‑104 (MQ=255) tAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCACTGGTACCGAGCGGCACTACTAAggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggctgactcagtcatttcatttcttcat < 2:779528‑M2/150‑61 (MQ=255) aagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAACACCg > 2:1653814‑M1/84‑92 (MQ=255) aGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCACTGGTACCGAGCGGCACTACTAAggaaggtg < 2:688125‑M2/95‑9 (MQ=255) gAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCACTGGTACCGAGCGGCACTACTAAggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggctgactcagtcatttcatttcttcatgttt > 2:2086706‑M2/1‑86 (MQ=255) agttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAACACCGCATCTg < 2:1582607‑M1/15‑1 (MQ=255) agttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAACACCGCATCTGTTCACGTCCTGTAATATTGCTTTTGTGAATTAATTTGTATATCGAAGCGCCCt > 4:1508831‑M1/83‑150 (MQ=255) ttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAACACCGCATCTGTTCACGTCCTGTAATATTGCTTTTGTGAATTAATTTGTATATCGAAGCGCCCTGa < 1:1279401‑M1/70‑1 (MQ=255) cTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCCCACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGCTTCTGGTGCACTCGTACCGAGCGGCACTACTAAggaaggtgcgaataagcggggaaattcttcgcggctgacccagtcatttcatctctccaagtttgag < 2:947282‑M2/150‑68 (MQ=255) aactctctgcagAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCACTGGTACCGAGCGGCACTACTAAggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggctgactcagtcatttcatttcttcatgtttgag 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2:623619‑M2/61‑59 (MQ=255) aaCACCGCATCTGTTCACGTCCTGTAATATTGCTTTTGTGAATTAATTTGTATATCGAAGCGCCCTGATGGGCGCTTTTTTTATTTAATCGATAACCAGAAGCAATAAAAAATCAAATCGGATTTCACTATATAATCTCACTTTATCTaa < 2:1815843/150‑1 (MQ=255) aaCACCGCATCTGTTCACGTCCTGTAATATTGCTTTTGTGAAGTAATTTGTATCTCGAAGCGCCCTGATGGGCGCTTTTTTTATTTAATCGATAACCAGAAGCAATAAAAAATCAAATCGGATTTCACTATATAATCTCACTTTATCTaa > 3:1196226/1‑150 (MQ=255) aggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggctgactcagtcatttcatttcttcatgtttgagccgattttttctcccgtaaatgccttgaatcagcctatttagaccgtttcttcgccatttaaggcgttatccccagttttta > 1:360530‑M2/1‑1 (MQ=255) aggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggctgactcagtcatttcatttcttcatgtttgagccgattttttctcccgtaaatgccttgaatcagcctatttagaccgtttcttcgccatttaaggcgttatccccagttttta < 3:582898‑M2/150‑150 (MQ=255) | AGGCGTTGTGCCGCAGCTTGTTAAAGAGATCACTTCTACTGATGATTTCTACCGTCTGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCACTGGTACCGAGCGGCACTACTAACACCGCATCTGTTCACGTCCTGTAATATTGCTTTTGTGAATTAATTTGTATATCGAAGCGCCCTGATGGGCGCTTTTTTTATTTAATCGATAACCAGAAGCAATAAAAAATCAAATCGGATTTCACTATATAATCTCACTTTATCTAAG > NC_000913_3_pae_tpiA/1756936‑1757234 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |