| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_pae_tpiA | 4304491 = | 75 (0.720) | 11 (0.110) | 9/260 | 12.6 | 13.7% | intergenic (‑172/+37) | ytcA/yjcS | putative inner membrane efflux pump‑associated DUF1656 family protein/metallo‑beta‑lactamase superfamily protein |
| ? | NC_000913_3_pae_tpiA | 4304519 = | 70 (0.730) | intergenic (‑200/+9) | ytcA/yjcS | putative inner membrane efflux pump‑associated DUF1656 family protein/metallo‑beta‑lactamase superfamily protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATATCTGTAGTGAATATCAATATCCATTGAAGGCGTCAGTATGGCTATTTTCTTGATGAATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTGGGGGCTTCAGCGCCCCCAAAAGCGAGTGACATTAATTTGGGGTTACGATATTCACCCACAAATCGAAATTATCCAGACAGGCGATAATTTCTTCCAGTTTCGCGCCATTGCCAATAATTTTGGCTTTCTTCGCTTTTACCAGA > NC_000913_3_pae_tpiA/4304348‑4304639 | atatCTGTAGTGAATATCAATATGCATTGAAGGCGTAAGTATGGCTATTTTCTTGATGACTTAAAATAGCTTTATCCAGCCACCGCATGCATAACTTATATATTTTATTTATTAGTTGGCTGTATATATTTTTAAAAGAAATACTTTTgg > 4:453397/1‑150 (MQ=255)atatCTGTAGTGAATATCAATATCCATTGAAGGCGTCAGTATGGCTATTTTCTTGATGAATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTgg < 4:454018/150‑1 (MQ=255)atatCTGTAGTGAATATCAATATCCATTGAAGGCGTCAGTATGGCTATTTTCTTGATGAATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTgg < 4:453738/150‑1 (MQ=255) tatCTGTAGTGAATATCAATATCCATTGAAGGCGTCAGTATGGCTATTTTCTTGATGAATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTggg > 1:255000/1‑150 (MQ=255) atCTGTAGTGAATATCAATATCCATTGAAGGCGTCAGTATGGCTATTTTCTTGATGAATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTgggg > 1:550111/1‑150 (MQ=255) atCTGTAGTGAATATCAATATCCATTGAAGGCGTCAGTATGGCTATTTTCTTGATGAATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTgggg < 1:556992/150‑1 (MQ=255) gTAGTGAATATCAATATCCATTGAAGGCGTCAGTATGGCTATTTTCTTGATGAATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTGGGGGCtt < 3:116754/150‑1 (MQ=255) gTAGTGAATATCAATATCCATTGAAGGCGGCAGTATGGCTATTTTCTTGATGAATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTGTGGTCtt > 2:1093717/1‑150 (MQ=255) tGAATATCAATATCCATTGAAGGCGTCAGTATGGCTATTTTCTTGATGAATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTGGGGGCTTCAgc < 2:373244/150‑1 (MQ=255) tatcaatatcCATTGAAGGCGTCAGTATGGCTATTTTCTTGATGAATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTGGGGGCTTCCGCGccc > 2:599519/1‑150 (MQ=255) tatcaatatcCATTGAAGGCGTCAGTATGGCTATTTTCTTGATGAATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTGGGGGCTTCAGCGccc > 2:263674/1‑150 (MQ=255) tcaatatcCATTGAAGGCGTCAGTATGGCTATTTTCTTGATGAATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTGGGGGCTTCAGCGccccc > 1:779284/1‑150 (MQ=255) caatatcCATTGAAGGCGTCAGTATGGCTATTTTCTTGATGAATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTGATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTGGGGGCTTCAGCGCCCCCa > 3:66268/1‑150 (MQ=255) aatatcCATTGAAGGCGTCAGTATGGCTATTTTCTTGATGAATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTGGGGGCTTCAGCGCCCCCaa > 4:361955/1‑150 (MQ=255) cgttGAAGGCGTCAGTATGGCTATTTTCTTGATGAATAAAAATAGCTTTATTCGGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGGATATATTTTTAAAATAAATACTTTTGGGGGCTGCAGCGCCCCCAAAAGCGa < 4:120586/148‑1 (MQ=255) aTTGAAGGCGTCAGTATGGCTATTTTCTTGATGAATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACAGCATTCATACCTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAACTACTTTTCGGGACTTCAGAGCCCCCAAAAGCGAg > 2:310179/1‑150 (MQ=255) ttGAAGGCGTCAGTATGGCTATTTTCTTGATGAATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTGGGGGCTTCAGCGCCCCCAAAAGCGAGt > 2:38107/1‑150 (MQ=255) aGGCGTCAGTATGGCTATTTTCTTGATGAATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTGGGGGCTTCAGCGCCCCCAAAAGCGAGTGACa > 2:212996/1‑150 (MQ=255) aGGCGTCAGTATGGCTATTTTCTTGATGAATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTGGGGGCTTCAGCGCCCCCAAAAGCGAGTGACa > 2:213023/1‑150 (MQ=255) gCGTCAGTATGGCTATTTTCTTGATGAATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTGGGGGCTTCAGCGCCCCCAAAAGCGAGTGACAtt > 2:322677/1‑150 (MQ=255) gTCAGTATGGCTATTTTCTTGATGAATAAACATAGCTCTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTGGGGGCTTCAGCGCGCCCAAAAGCGAGTGACATTaa > 1:815380/1‑150 (MQ=255) gTATGGCTATTTTCTTGATGAATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATATTTTTTGGGGCTTCAGCGCCCCCATAAGCGAGTGTTATTAATTTg > 1:922794/1‑150 (MQ=255) gTATGGCTATTTTCTTGATGAATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTGGGGGCTTCAGCGCCCCCAAAAGCGAGTGACATTAATTTg < 2:303847/150‑1 (MQ=255) aTGGCTATTTTCTTGATGAATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATATCTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTGGGGGCTTCAGCGCCCCCAAAAGCGAGTGACATTAATTTggg < 2:691267/150‑1 (MQ=255) aTGGCTATTTTCTTGATGAATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTGGGGGCTTCAGCGCCCCCAAAAGCGAGTGACATTAATTTggg < 1:263674/150‑1 (MQ=255) aTGGCTATTTTCTTGATGAATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTGGGGGCTTCAGCGCCCCCAAAAGCGAGTGACATTAATTTggg < 4:251363/150‑1 (MQ=255) tCTTGATGAATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTGCGGGCTTCAGCGCCCCCAAAAGCGAGTGACATTAATTTGGGGTTACGatat > 2:769674/1‑150 (MQ=255) ttGATGAATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGGATATATTTTTAAAATAAATACTTTTGGGGGCTTCAGCGCCCCCAAAAGCGAGTGACATTAATTTGGGGTTACGATATTc > 1:677839/1‑150 (MQ=255) atgaATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTGGGGGCTTCAGCGCCCCCAAAAGCGAGTGACATTAATTTGGGGTTACGATATTCAcc < 3:563610/150‑1 (MQ=255) atgaATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTGGGGGCTTCAGCGCCCCCAAAAGCGAGTGACATTAATTTGGGGTTACGATATTCAcc < 3:443824/150‑1 (MQ=255) atgaATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTGGGGGCTTCAGCGCCCCCAAAAGCGAGTGACATTAATTTGGGGTTACGATATTCAcc > 4:69160/1‑150 (MQ=255) tAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTTAAATAAATACTTTTTGGGGATTCAGTGACCCCAAAAGCGAGTGACATTAATTTGGGGTTACGATATTCACCCACaa > 2:73389/1‑150 (MQ=255) tAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTGGGGGCTTCAGTGCCCCCAAAAGCGAGTGACATTAATTTGGGGTTACGATATTCACACACaa > 2:73363/1‑150 (MQ=255) tAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTGGGGGCTTCAGCGCCCCCAAAAGCGAGTGACATTAATTTGGGGTTACGATATTCACCCACaa < 1:322677/150‑1 (MQ=255) aaaaTAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTGGGGGCTTCAGCGCCCCCAAAAGCGAGTGACATTAATTTGGGGTTACGATATTCACCCACAAAt < 2:255000/150‑1 (MQ=255) tATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTGGGGGCTTCAGCGCCCCCAAAAGCGAGTGACATTAATTTGGGGTTACGATATTCACCCACAAATCGAAATTATc < 3:193841/150‑1 (MQ=255) aTTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTGGGGGCTTCAGCGCCCCCAAAAGCGAGTGACATTAATTTGGGGTTACGATATTCACCCACAAATCGAAATTATcc < 1:969548/150‑1 (MQ=255) ttCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTGGGGGCTTCAGCGCCCCCAAAAGCGAGTGACATTAATTTGGGGTTACGATATTCACCCACAAATCGAAATTATCCa < 3:292266/150‑1 (MQ=255) 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ttatttatTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTGGGGGCTTCAGCGCCCCCAAAAGCGAGTGACATTAATTTGGGGTTACGATATTCACCCACAAATCGAAATTATCCAGACAGGCGATAATTTCTTCCAGTTTCgcgc > 2:765964/1‑150 (MQ=255) tttattAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTGGGGGCTTCAGCGCCCCCAAAAGCGAGTGACATTAATTTGGGGTTACGATATTCACCCACAAATCGAAATTATCCAGACAGGCGATAATTTCTTCCAGTTTCGCGCCAt > 3:247781/1‑150 (MQ=255) ttattaATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTGGGGGCTTCAGCGCCCCCAAAAGCGAGTGACATTAATTTGGGGTTACGATATTCACCCACAAATCGAAATTATCCAGACAGGCGATAATTTCTTCCAGTTTCGCGCCAtt > 3:319099/1‑150 (MQ=255) attaATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTGGGGGCTTCAGCGCCCCCAAAAGCGAGTGACATTAATTTGGGGTTACGATATTc > 2:536105/1‑92 (MQ=255) attaATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTGGGGGCTTCAGCGCCCCCAAAAGCGAGTGACATTAATTTGGGGTTACGATATTc < 1:536105/92‑1 (MQ=255) attaATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTGGGGGCTTCAGCGCCCCCAAAAGCGAGTGACATTAATTTGGGGTTACGATATTCACCCACAAATAGAAATTATCCAGACAGGCGATAATTTCTTCCAGTTTCGCGCCATTGc > 2:757110/1‑150 (MQ=255) 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tttttAAAATAAATACTTTTGGGGGCTTCAGCGCCCCCAAAAGCGAGTGACATTAATTTGGGGTTACGATATTCACCCACAAATCGAAATTATCCAGACAGGCGATAATTTCTTCCAGTTTCGCGCCATTGCCAATAATTTTGGCTttct > 4:369226/1‑150 (MQ=255) ttttAAAATAAATACTTTTGGGGGCTTCAGCGCCCCCAAAAGCGAGTGACATTAATTTGGGGTTACGATATTCACCCACAAATCGAAATTATCCAGACAGGCGATAATTTCTTCCAGTTTCGCGCCATTGCCAATAATTTTGGCTttctt < 2:313378/150‑1 (MQ=255) ttttAAAATAAATACTTTTGGGGGCTTCAGCGCCCCCAAAAGCGAGTGACATTAATTTGGGGTTACGATATTCACCCACAAATCGAAATTATCCAGACAGGCGATAATTTCTTCCAGTTTCGCGCCATTGCCAATAATTTTGGCTttctt < 3:207996/150‑1 (MQ=255) aataaataCTTTTGGGGGCTTCAGCGCCCCCAAAAGCGAGTGACATTAATTTGGGGTTACGATATTCACCCACAAATCGAAATTATCCAGACAGGCGATAATTTCTTCCAGTTTCGCGCCATTGCCAATAATTTTGGCTTTCTTCGCttt > 3:268911/1‑150 (MQ=255) aataaataCTTTTGGGGGCTTCAGCGCCCCCAAAAGCGAGTGACATTAATTTGGGGTTACGATATTCACCCACAAATCGAAATTATCCAGACAGGCGATAATTTCTTCCAGTTTCGCGCCATTGCCAATAATTTTGGCTTTCTTCGCttt > 4:177157/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |