New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913_3_pae_tpiA | 1417458 = | 99 (0.950) | 8 (0.080) | 8/262 | 13.2 | 8.0% | intergenic (‑72/+30) | recE/racC | Rac prophage; exonuclease VIII, 5' to 3' specific dsDNA exonuclease/Rac prophage; uncharacterized protein |
? | NC_000913_3_pae_tpiA | 1417483 = | 92 (0.950) | intergenic (‑97/+5) | recE/racC | Rac prophage; exonuclease VIII, 5' to 3' specific dsDNA exonuclease/Rac prophage; uncharacterized protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
GCTTGCCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCG‑TTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCAA > NC_000913_3_pae_tpiA/1417309‑1417603 | gcttgcCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCG‑TTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCa < 3:664799/150‑1 (MQ=255) gcttgcCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCG‑TTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCa > 1:987804/1‑150 (MQ=255) ttgcCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTTTCTTTTTTTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCG‑CTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATa > 2:1042812/1‑150 (MQ=255) ttgcCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCG‑TTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATa < 4:161972/150‑1 (MQ=255) ttgcCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCG‑TTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATa > 1:484624/1‑150 (MQ=255) cccACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTTTTTTTTTTTTATAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCG‑TTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGcc > 1:58379/1‑150 (MQ=255) acaGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCG‑TTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTgc > 3:597950/1‑150 (MQ=255) caGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCG‑TTTTCTTCACTCAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTgcg < 2:605866/150‑1 (MQ=255) gacgacGTCACGTCCGCCGGATGAAGTTTTCGCTGTCCGTAACGGGAAGTGTGGTATGTTGCTCCTTGTTTTTTAACCTCAACTCAGAGTAGAATACG‑CTTGTTTCAGTGGATGATCTTCCCGGATATACACGGTTCATTGCCTGCGCCa > 2:18251/1‑150 (MQ=255) cgTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCG‑TTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGc < 3:79882/150‑1 (MQ=255) gTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCG‑TTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCa < 2:348466/150‑1 (MQ=255) gTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCG‑TTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCa > 2:148435/1‑150 (MQ=255) tCAGGTTCACCGGATGATTTTTTTTTTTTTTTTTACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTTATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAATATTCG‑TTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATTTTTTTTGTTCTTTTCCTGCGCCATACGCAg > 2:820862/1‑150 (MQ=255) gTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCG‑TTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTa > 1:348480/1‑150 (MQ=255) ggATGATTTTTTCTCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCG‑TTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTAtttcttt > 2:157871/1‑150 (MQ=255) tgatTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCG‑TTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAg > 1:302981/1‑150 (MQ=255) tgatTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCG‑TTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAg > 1:937523/1‑150 (MQ=255) tttttCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCG‑TTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGAttt < 1:83354/150‑1 (MQ=255) 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aCAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCG‑TTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCAt < 4:532952/150‑1 (MQ=255) ggAAGAGTGGATTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCGTTTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCCTTCAGATTTCACCTTTTAGTTTCAttt > 2:1035688/1‑149 (MQ=255) gAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCG‑TTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCa > 3:294928/1‑150 (MQ=255) aaGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCG‑TTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCaa < 1:1028968/150‑1 (MQ=255) agagTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCG‑TTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAAt < 2:972268/150‑1 (MQ=255) 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gCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACAttttttt < 4:344950/150‑1 (MQ=255) gCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACAttttttt < 3:158094/150‑1 (MQ=255) gCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTACAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACAttttttt < 1:969969/150‑1 (MQ=255) ggATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGac > 4:14535/1‑150 (MQ=255) aTACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGacac < 2:895900/150‑1 (MQ=255) acacTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCGAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATg > 2:823561/1‑123 (MQ=255) acacTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGTGTTCTGATTTTTTCCTATATGCACCAGGCACATTTTTTTTACACCttt > 1:150782/1‑149 (MQ=255) acacTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATg < 1:823561/123‑1 (MQ=255) cacTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGata < 1:117743/120‑1 (MQ=255) cacTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGata > 2:117743/1‑120 (MQ=255) acTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCtttttttt > 2:1049390/1‑96 (MQ=255) acTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCtttttttt < 1:1049390/96‑1 (MQ=255) acTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTtcat < 2:294080/150‑1 (MQ=255) cTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTtcatc < 4:423880/150‑1 (MQ=255) tGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTtcatca < 4:597950/150‑1 (MQ=255) tGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTtcatca < 1:1030493/150‑1 (MQ=255) gTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCaa < 1:820862/150‑1 (MQ=255) gTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCaa < 3:328260/150‑1 (MQ=255) agaaaTAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCtt > 4:217882/5‑87 (MQ=255) agaaaTAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCtt < 3:217882/83‑1 (MQ=255) | GCTTGCCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCG‑TTTTGTTCAGTGAATGATCTTGCCGGATACACACTGTTCATAGCCTGCGCCATACGCAGGCTATTTCTTTCAGATTTCACCTTTTAATTTCATTGCAATTAGAGTTGCCAGAAATTCGGCTTTTTTTTCTGCGGGCAGATTCTTTCCGATATGCACCAGGCACATTTTTTTGACACCTTCATCAA > NC_000913_3_pae_tpiA/1417309‑1417603 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |