| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913_3_pae_tpiA | 482,230 | G→A | 100% | P725L (CCG→CTG) | acrB ← | multidrug efflux system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913_3_pae_tpiA | 482,230 | 0 | G | A | 95.3% | 145.1 / ‑1.8 | 51 | P725L (CCG→CTG) | acrB | multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base A (25/22); total (27/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TGACATAAACTTTCTTCACAC‑GACCGCGGTCGATAAAGTCGTTCACATAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGAGTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCGGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGGCCAGCCTGGTCAATCAGCTCAAAGTCAAAGCCGGTTGC > NC_000913_3_pae_tpiA/482084‑482375 | tgacatAAACTTTCTTCACAC‑GACCGCGGTCGATAAAGTCGTTCACATAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGAGTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCagg < 1:589374/149‑1 (MQ=255) acatAAACTTTCTTCACAC‑GACCGCGGTCGATAAAGTCGTTCACATAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGAGTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGt > 2:630614/1‑149 (MQ=255) aaaCTTTCGTC‑CACGGACCGCGGTCGATAACGTCGTTCACATAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGAGTGGTGTTAATGTCGTTTTTAGAAACACCCAGCGCCCGCGCTTTTTCTTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCGGGGTATCt < 2:98932/149‑1 (MQ=255) aaaCGTTCTTCACAC‑GTCCGCCGTCCATCAACTCGTTCACATAGCCGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGAGTGTTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCTCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACCGCGGGGTATCt < 2:134541/149‑1 (MQ=255) ttcACAC‑GACGGCGGTCGATAATGTTGTTCTCATGGCTGCTGCCCCAGGCAGCGCCCAGTGTGGTCTTAATGTCCTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGAcc < 2:46/149‑1 (MQ=255) ttcACAC‑GACCGCGGTCGATAAAGTCGTTCACATAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGAGTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCGGGGTCTCTTGCCGAcc > 1:520473/1‑149 (MQ=255) acac‑GACCGCGGTCGATAAAGTCGTTCACATAGCTGCCGCCCCCTGCGGCGCCCAGAGTGGTGTTAATGTCGTGGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCGTTTTCCTGATCGCTATCAACATTAACATGCTGGGCATCTTCCACGCCGtt > 2:150568/1‑149 (MQ=255) acac‑GACCGCGGTCGATAAAGTCGTTCACATAGCTGCCGCCCCATGCCGCGCCCAGAGTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCGTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTGTCTTCCAGCCCGtt > 1:597782/1‑149 (MQ=255) 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tgtTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTAcgc < 2:406421/149‑1 (MQ=255) tgtTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGAATCCGCAGGTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTAcgc > 1:729141/1‑149 (MQ=255) aaTGTCGTTGATAGGAACACCCAGCGGCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCt < 2:518414/149‑1 (MQ=255) aTGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGATCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGGTTCTGCAAGCAACTGGTTACGccccgg > 1:189842/1‑147 (MQ=255) tCGTTGATAGAAACACCCAGCGCATGCAATCGGTCTGATTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGCGt > 1:174936/1‑149 (MQ=255) 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ccTGCGCTTGTTCCTGGTCGATATCAATCTTACACTGCAGGGTATCCTCCAGTCCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACCTATCAGCGTGCTCCTCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGGCCa < 2:593772/149‑1 (MQ=255) gcTCTTTCCTGGTCGATATCAATCCTAAACTGCAGTGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGGCCAGCCTg < 1:70597/149‑1 (MQ=255) tCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGGCCAGCCTGGTCAATCAGCtc > 1:226847/1‑149 (MQ=255) atatCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGGCCAGCCTGGTCAATCAGCtcaaa > 1:471529/1‑149 (MQ=255) tatCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGGCCAGCCTGGTCAATCAGCtcaaag > 1:229239/1‑149 (MQ=255) 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aCTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGGCCAGCCTGGTCAATCAGCTCAAAGTCAAAGCCGGtt < 2:144228/149‑1 (MQ=255) aCTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGGCCAGCCTGGTCAATCAGCTCAAAGTCAAAGCCGGtt < 1:303268/149‑1 (MQ=255) tGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGATACGCGCCTGCGTCAGTTTTTCGTGCCCAAGGCCAGCCTAGCCAATCAGCTCAAAGTCAACGCCgactgc > 2:505966/1‑144 (MQ=255) | TGACATAAACTTTCTTCACAC‑GACCGCGGTCGATAAAGTCGTTCACATAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGAGTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCGGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGGCCAGCCTGGTCAATCAGCTCAAAGTCAAAGCCGGTTGC > NC_000913_3_pae_tpiA/482084‑482375 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |