| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913_3_pae_tpiA | 482,230 | G→A | P725L (CCG→CTG) | acrB ← | multidrug efflux system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913_3_pae_tpiA | 482,230 | 0 | G | A | 97.1% | 113.5 / NA | 36 | P725L (CCG→CTG) | acrB | multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base A (20/14); minor base C (1/0); total (22/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGACATAAACTTTCTTCACACGACCGCGGTCGATAAAGTCGTTCACATAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGAGTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCGGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGGCCAGCCTGGTCAATCAGCTCAAAGTCAAAGCCGGTTGC > NC_000913_3_pae_tpiA/482084‑482375 | tgacatAAACTTTCTTCACACGACCGCGGTCGATAAAGTCGTTCACATAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGAGTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCagg < 1:160602/149‑1 (MQ=255) atAAACTTTCTTCACACGACCGCGGTCGATAAAGTCGTTCACATAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGAGTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTAt > 2:195231/1‑149 (MQ=255) tAAACTTTCTCCACACGACCGCGGTCGATAAAGTCGTTCACATAGCTGCCGACCCATGCAGCGCCCAGAGTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATc < 1:300754/149‑1 (MQ=255) 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tAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCgctgc < 1:198558/67‑1 (MQ=255) tGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGATTGCTTCGCTGCTGCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCGGTTTTTAGTGCCCAAGGCCAGCCTGGTACATAGGCTCAAAGTCAAATTCGGTTGc > 2:437642/1‑149 (MQ=255) | TGACATAAACTTTCTTCACACGACCGCGGTCGATAAAGTCGTTCACATAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGAGTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCGGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGGCCAGCCTGGTCAATCAGCTCAAAGTCAAAGCCGGTTGC > NC_000913_3_pae_tpiA/482084‑482375 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |