| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_pae_tpiA | = 225281 | NA (NA) | 9 (0.160) | 7/280 | 6.9 | NA | noncoding (1511/1542 nt) | rrsH | 16S ribosomal RNA of rrnH operon |
| ? | NC_000913_3_pae_tpiA | = 225293 | NA (NA) | noncoding (1523/1542 nt) | rrsH | 16S ribosomal RNA of rrnH operon | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
AGAATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCAAAAGAAGTAGGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913_3_pae_tpiA/225130‑225281‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaccgCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCCCTCCCGAAGGTTAAGCTACCTACTTCTTTTGCAACCCACTCCCATGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGGCCCGGGAACGTA < NC_000913_3_pae_tpiA/225293‑225146 AGAATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCAAAAGAAGTAGGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAA < 2:470401/149‑1AGAATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCAAAAGAAGTAGGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAA < 1:640009/149‑1AGAATGCCACGGGGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACTAACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCAAAAGAAGTAGGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAA < 1:211906/149‑1 GAATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCAAAAGAAGTAGGTAGCTTGACCTTCGTGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAAC > 1:929700/1‑149 GAATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCAAAAGAAGTAGGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAAGTAAC > 2:294103/1‑149 GAATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCAAAAGAAGTAGGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTATGTAATTCATTACAGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAAC > 1:353670/1‑149 AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCAAAAGAAGTAGGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACC > 1:953864/1‑149 AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCAAAAGAAGTAGGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACC < 1:597988/149‑1 AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCAAAAGAAGTAGGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTAGTGATACATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGAAACC > 1:180681/1‑149 CCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCAAAAGAAGTAGGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGCAG > 2:1038291/1‑149 ACGGTCCAGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCAAAAGAAGTAGGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGCAGGTTCCCCTACG < 2:765344/149‑1 CGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCAAAAGAAGTAGGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGCAGGTTCCCCTACGG < 1:1038291/149‑1 TCCCGGGTCTTTTACACACCGCCCGTCACACCATGTGAGTGGGTTGCAAAAGAAGTAGGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGCAGGTTCCCCTACGGTTA < 1:418835/149‑1 TCCCGGGACTTGTAGACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCAAAAGAAGTAGGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAATTCGTAACAAGGTAACCGCAGGTTCCCCTACGGTTA < 2:579620/149‑1 GGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCAAAAGAAGTAGGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTT < 1:294103/149‑1 TTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTT > 1:477986/1‑90 TTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTT < 2:477986/90‑1 TAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAAC < 1:626075/65‑1 TAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAAC > 2:626075/1‑65 ggtgctcTAACCGCGGGTTTCCCTGCGGTTACCTTGTTACGTCTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCGCTCCCGAAGGTTAAGCTACCTACTTCTTTGGAAACCCACTCCCATGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGG < 2:644220/142‑1 gagctagCCGGAGGTTCCCCTACGGTGACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTGATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCCCTCCCGAAGGTTAAGCTACCTACTTCTTTTGCAACCCACTCCCATGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGGCCC < 2:829485/142‑1 tcctACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAATGGTAAGCGCCCTCCCGAAGGTTAAGCTACCTACTACTTTTGCAACCCACTCCCATGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGGCCCGG > 2:704647/5‑149 AACCGCAGTTTCCTCTAAGGTTACCTTGTTGCGACTTCACCCCAGTCATTAATCACAAAGTTGTAAGCGCCCTCCCGAAGGTTAAGCTACCTACTTCTTTTGCAACCCACCGCCATGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGGCCCGGGAA < 1:121394/149‑1 AACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACGTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCCCTCCCGAAGGTTAAGCTACCTACTTCTTTTGCAACCCACTCCCATGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGGCCCGGGAA > 1:904168/1‑149 AACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGATTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCCCTCCCGAAGGTTAAGCTACCTACTTCTTTTGCAACCCACTCCCATGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGGCCCGGGAA > 2:824790/1‑149 AACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCATCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAACGCCCTCCCTAAGGTTAAGCTACCTACTTCTTTTGCAACCCACTCCCATGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGGCCCGGGAA < 2:140318/149‑1 AACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCCCTCCCGAAGGTTAAGCTACCTACTTCTTTTGCAACCCACTCCCATGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGGCCCGGGAA > 1:691840/1‑149 AACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTAGTAAGCGCCCTCCCGAAGGTTAAGCTACCTAATTCTTTTACAACCCACTCCCATGGTGTGACGGGCAGTGTGTACAAGGCCatgaaa > 1:342996/1‑143 AACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCAAAAAGTGGTAAGCGCCCTCCCGAAGGTGAAGCTACCTACTTCTTTTGTAACCCACTCCCATGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGGCCCGGGAA < 2:192899/149‑1 atgGCAGGTTCCTCTACGGTTACCTTGATACGACTTCGCACAAGTCATGAATCACAAAGTTGTAAGCGCCCTCCCGAAGGTTAAGCTACCTACTTCTTTTGCAAGCCACTCCCATGGTGTGACGGGTGGTGTGTACAAGGCCCGGGAAC < 2:417407/146‑1 ACCGCCGTTGCCCCTACGTTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCCCTCCCGAAGGTTAAGCTACCTACGTCTTTTGCAACCCACTCCCATGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGGGCCGGGAAg < 2:617505/149‑2 ACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCCCTCCCGAAGGTTAAGCTACCTACTTCTTTTGCAACCCACTCCCATGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGGCCCGGGAAC < 2:334525/149‑1 ACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCCCTCCCGAAGGTTAAGCTACCTACTTCTTTTGCAACCCACTCCCATGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGGCCCGGGAAC < 1:968125/149‑1 CCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCCCTCCCGAAGGTTAAGCTACCTACTTCTTTTGCAACCCCCTCCCATGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGGCCCGGGAACG > 2:584531/1‑149 CGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCCCTCCCGAAGGTTAAGCTACCTACTTCTTTTGCAACCCACTCCCATGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAACGCCCGCGAACGT > 2:892401/1‑149 GCAGTTTCCCCTAGGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCCCTCCCGAAGGTTAAGCTACCTACTTCTTTTGCAACCCACTCCCATGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGGCCCGGGAACGTA < 2:679520/149‑1 GCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACACAGTGGTAAGCGCCCTCCCGAAGGTTAAGCTACCTACTTCTTTTGCAACCCACCCCCATGGTGTGACGGGCGGTCGATCCAAGGCCCGGGAACGTA > 2:155628/1‑149 GCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCCCTCCCGAAGGTTAAGCTACCTACTTCTTTTGCAACCCACTCCCATGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGGCCCGGGAACGTA < 2:251394/149‑1 GCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCAATTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGACCTCCCAAAGATTAAGCTACCTACTTCTTTTGCAACCCACTCCCATGGTGTGACGGGCGGTCTGTTCAATGCCCGGGAACGTA > 2:341057/1‑149 AGAATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCAAAAGAAGTAGGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913_3_pae_tpiA/225130‑225281‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaccgCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCCCTCCCGAAGGTTAAGCTACCTACTTCTTTTGCAACCCACTCCCATGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGGCCCGGGAACGTA < NC_000913_3_pae_tpiA/225293‑225146 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |