| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913_3_pae_tpiA | 482,230 | G→A | P725L (CCG→CTG) | acrB ← | multidrug efflux system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913_3_pae_tpiA | 482,230 | 0 | G | A | 98.9% | 301.0 / NA | 93 | P725L (CCG→CTG) | acrB | multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (52/40); total (53/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CATAAACTTTCTTCACACGACCGCGGTCGATAAAGTCGTTCACATAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGA‑GTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCGGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGGCCAGCCTGGTCAATCAGCTCAAAGTCAAAGCCGGTTGC > NC_000913_3_pae_tpiA/482087‑482375 | catAAACTTTCTTCACACGACCGCGGTCGATAAAGTCGTTCACATAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGA‑GTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTa > 2:1401590/1‑149 (MQ=255) atAAACTTTCTTCACACGACCGCGGTCGATAAAGTCGTTCACATAGCTGCCGCCCCATGCAGCACCCAGA‑GTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAACCTTCAGGGTAt > 2:679608/1‑149 (MQ=255) cTTTCTTCACACGACCGCGGTCGATAAAGTCGTTCACATAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGA‑GTGGTGTTAATGTCGTTGATGGATTCTCCCGGCGTCTGCGCTTTTTCCTTGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTcc < 2:887585/149‑1 (MQ=255) tcttcACCCGACCGCGGTCGATAAAGTCGTTCACATAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGA‑GTGGTGTTAATGGCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGa < 1:600680/149‑1 (MQ=255) cttcACACGACCGCGGTCGATAAAGTCGTTCACATAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGA‑GTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGAc > 2:839458/1‑149 (MQ=255) ctgcacaCGACCGCGGTCGATAAAGTCGTTCACATAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGC‑GTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACCCCCAGCGCCAGCGCTGTTTCCTGGTCGATATCAGTATTAACCTGCGTGGTATCTGccggtc > 2:838053/4‑145 (MQ=255) ttcACACGACCGCGGTCGATAAAGTCGTTCACATAGCTGCAGACCCATGCAGCGCCCAGA‑GTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGAcc > 1:1290586/1‑149 (MQ=255) acacGACCGCGGTCGATAAAGTCGTTCACATAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGA‑GTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGtt > 1:922788/1‑149 (MQ=255) 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tAAAGTCGTTCACATAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGA‑GTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTc > 2:85942/1‑149 (MQ=255) aGTCGTTCACATAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGA‑GTGGTGTTAATGTGGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAAc > 2:1403945/1‑149 (MQ=255) aGTCGTTCACATAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGA‑GTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAAc > 1:626910/1‑149 (MQ=255) gTCGTTCACATAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGA‑GTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACa > 1:1110476/1‑149 (MQ=255) gTCGTTCACATAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGA‑GTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACa < 1:483762/149‑1 (MQ=255) 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aTAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGA‑GTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTCCGCTGGTCAACATATCAGAGt > 2:1435156/1‑149 (MQ=255) aGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGA‑GTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAg > 2:207974/1‑144 (MQ=255) aGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGA‑GTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAg < 1:207974/144‑1 (MQ=255) aGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGA‑GTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGc > 1:1338808/1‑149 (MQ=255) gCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGA‑GTGGGGTTAATGTCGTTGATAGAAAAACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAAACTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGgctgct > 1:1222369/1‑149 (MQ=255) 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ttttttCCTGGTCGATATCAATCGTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGGCCAGCCTgg < 1:274/148‑1 (MQ=255) ttCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGGCCAGCCTGGTCaa < 1:839458/149‑1 (MQ=255) ttCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGGATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACCTATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGGCCAGCCTGGTCaa < 1:838053/149‑1 (MQ=255) tCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGGCCAGCCTGGTCAAt < 2:1051450/149‑1 (MQ=255) tCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCACTTGTTCGTGCCCAAGGCCAGCCTGGTCAAt < 1:1403945/149‑1 (MQ=255) tGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGGCCAGCCTGGTCAATCAg > 1:516469/1‑149 (MQ=255) tGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGCGACCAAGGCCAGCCTGGTCAATCAg > 1:391677/1‑149 (MQ=255) gTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGGCCAGCCTGGTCAATCAGCt < 1:585732/149‑1 (MQ=255) tCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTTCCCAAGGCCAGCCTGGTCAACCAGCtcaaagtc > 1:953943/1‑149 (MQ=255) tCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGGCCAGCCTGGTCAATCAGCtcaaagtc > 2:801824/1‑149 (MQ=255) aaTCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGGCCAGCCTGGTCAATCAGCtcaaagtcaa > 1:421933/1‑149 (MQ=255) aaTCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTAAACCTATTAGGGTGTGTCTCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGGGTTGTATTTTCGTGTCCAAGTCCGGCCTGGTCAATCAGCttgaagtcaa > 1:1208720/1‑149 (MQ=255) tCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCGAGGCCAGCCTGGGCAATCAGCtcaaagtcaaag > 1:1194743/1‑149 (MQ=255) ttAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGGCCAGCCTGGTCAATCAGCTCAAAGTCAAAGcc > 1:446671/1‑149 (MQ=255) tacaCTGCAGGGTATCGTCCAGTCCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGGCCAGCCTGGTCAATCAGCTCAAAGTCAAAGCCg < 2:293013/146‑1 (MQ=255) tGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGGCCAGCCTGGTCAATCAGCTCAAAGTCAAAGCCGGTTGc > 1:807561/1‑149 (MQ=255) | CATAAACTTTCTTCACACGACCGCGGTCGATAAAGTCGTTCACATAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGA‑GTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCGGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGGCCAGCCTGGTCAATCAGCTCAAAGTCAAAGCCGGTTGC > NC_000913_3_pae_tpiA/482087‑482375 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |