| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913_3_vch_tpiA | 4,543,638 | Δ1 bp :: IS186 (+) +6 bp :: Δ1 bp | coding (494‑499/549 nt) | fimA → | major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_vch_tpiA | 2514274 = | NA (NA) | 23 (0.720) | 22/278 | 0.5 | 100% | noncoding (2/1345 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | NC_000913_3_vch_tpiA | = 4543643 | 0 (0.000) | noncoding (4543643/4641682 nt) | repeat_region | repeat region | |||||
| * | ? | NC_000913_3_vch_tpiA | = 2515616 | NA (NA) | 30 (0.940) | 29/278 | 0.2 | 100% | noncoding (1344/1345 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | NC_000913_3_vch_tpiA | 4543638 = | 0 (0.000) | noncoding (4543638/4641682 nt) | repeat_region | repeat region | |||||
AATGAAGAGCAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATG > NC_000913_3_vch_tpiA/2514140‑2514412 | aatgaaGAGCAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAAc < 1:353794/149‑1 (MQ=255)aaggaaGAGCAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAAc < 2:446288/146‑1 (MQ=255) agCAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCAGAAACTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCCGCGTCAATGGCAGCCCTGGTGCTGTAAGACAATACATAAAAAAGCCGGGGGTAATTCCCATACGCGCTAACTTAAggg > 2:320639/1‑149 (MQ=255) aCGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAt < 2:386094/149‑1 (MQ=255) aCGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAt > 1:386094/1‑149 (MQ=255) aCGTGGATTCTGGCTGCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGtct > 2:213262/1‑147 (MQ=255) ttCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCt > 1:521879/1‑149 (MQ=255) tctcctCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTTTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGTCGGGGATAATTCCCATAAACGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGat < 2:123012/144‑1 (MQ=255) tcGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCCCAGCAATGGTTCTGTAAGACCATACCAAAAGATGCCGCGTACAATCCCCATAAGCGCTAACTTAAGCGTTGTGGTATTACGCCTGaa > 2:405268/1‑148 (MQ=37) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |