New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913_3_vch_tpiA | = 4542720 | 31 (0.650) | 6 (0.140) | 6/268 | 5.4 | 15.6% | noncoding (4542720/4641682 nt) | repeat_region | repeat region |
? | NC_000913_3_vch_tpiA | = 4543016 | 36 (0.810) | noncoding (4543016/4641682 nt) | repeat_region | repeat region | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
TGCGTTATACCGCCAGTAATGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGT > NC_000913_3_vch_tpiA/4542572‑4542867 | tgCGTTATACCGCCAGTAATGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGCCAAGTGGGGCCa > 1:737230/1‑149 (MQ=255) tgCGTTATACCGCCAGTAATGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCa > 1:331966/1‑149 (MQ=255) gTTATACCGCCAGTAATGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAAc > 2:443506/1‑149 (MQ=255) ccGCCAGTAATGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAAACAATTGGGGCCAACCTGTcaa > 2:267151/1‑147 (MQ=255) aagctcctCGTTTAGACGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCataaa < 1:697599/147‑1 (MQ=255) ctgcaCGGTATGACGGAATATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGTCCAAACTGTCCATATCataaataa < 2:679694/149‑1 (MQ=255) ggATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTATCCATAACATAAATAAGTTACCTAtttttt > 2:397391/1‑149 (MQ=255) agggAAAGAAATAAGCGCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTAGTAATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATAGGGACAAAACTGTCGATATCATAAAAAAATTACATATTTTTTCTCAAg > 2:707525/2‑149 (MQ=255) ggAAAGAAATAATGTCATAAACGACAACTCAAAAATAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGTGTCCAAACTGTCCATATAATAACTACGTTACGTATTTTTTCTCAACCa > 2:68923/1‑149 (MQ=255) gaaagaaaTAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCAAAACTATCAATATCATAAAAAAGTTACGTATTTTTTATCacgaat > 1:797240/1‑144 (MQ=255) ataatCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTCTTTTTTCTCAAGCATAAAAata > 2:780280/1‑149 (MQ=255) aTAAGCGAAAAAGTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTTTTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAAGACAAGACAATTGGGGCTAAACTGTCCATATCATAGATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTaaaaaa < 2:104564/149‑1 (MQ=255) aaaCGAAAAATTAAAAAGAGGAGAGGTTTGATTTAACTTATTGAGAATTAAGTTAAGAATAGAATTAAATACACGACAATTGGGGTCAAACTGTCTATATCTTTAATATGTTTTGTATTTTTTTTGAGGCTTTAAATTTTTaaaagctg > 2:512539/1‑145 (MQ=255) gAAAAATTAAAAAGAGAAGAGATTTGATTTAACTTATTAATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTAGGGCCAAACTGTCAATATCATAAATAAGTCACGTATTTTTTCACAAGCATAAAAATCATAAAAAAcaacaa > 2:117027/1‑149 (MQ=255) aaaTTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATGTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAATTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACaaaaa < 1:751427/149‑1 (MQ=255) tAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCAt > 2:651025/1‑149 (MQ=255) gagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGGTAAAAATTCAAACAATTACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTg < 1:647298/149‑1 (MQ=255) tttGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAACTATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTAatat > 1:183417/1‑149 (MQ=255) aaCTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAatta < 1:456658/149‑1 (MQ=255) ttATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTAttt < 2:643747/149‑1 (MQ=255) ttATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTAttt < 1:49055/149‑1 (MQ=255) tGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTAt > 2:812044/1‑149 (MQ=255) taataaAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGt > 1:15530/1‑149 (MQ=255) aaaaaCAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTca > 1:294810/1‑149 (MQ=255) aaaCAAAGAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAATCGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTcaca < 2:615702/149‑1 (MQ=255) aaataaatACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTAACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTAGTGTAAATAAATTACACATCAc > 1:452212/1‑149 (MQ=255) ataCAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGc < 1:7510/149‑1 (MQ=255) aaTTGGGGCCAATCTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTaa < 1:100379/149‑1 (MQ=255) ttGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAg < 2:15530/149‑1 (MQ=255) ggCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGttt < 2:441814/87‑1 (MQ=255) ggCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGttt > 1:441814/1‑87 (MQ=255) gCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAAc < 2:108945/149‑1 (MQ=255) cAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACATAAAGCATCTAACTGTTTAATATGTAAAATATTTATATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAACTAAAGt > 2:607988/1‑149 (MQ=255) | TGCGTTATACCGCCAGTAATGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGT > NC_000913_3_vch_tpiA/4542572‑4542867 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |