Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP016816105,3390TG57.4% 994.0 / 280.4 898intergenic (+834/+92)JCVSYN2_00420/JCVSYN2_00430translation elongation factor Tu/alanine‑‑tRNA ligase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (76/292);  new base G (382/113);  total (491/407)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 0.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 1069 total aligned reads displayed.

TTGTTAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAA‑TTTAA‑TTAAAATATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGC  >  CP016816/105212‑105466
                                                                                                                               |                                                                                                                                   
  gattaacAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGTATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATAtaatgaa                                                                                                                                   >  2:3363751/7‑128 (MQ=255)
  gTTAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAATTATTTATTAGTATTTATTAGTTTATTAATACTTTTAATAtaataaa                                                                                                                                   >  2:2566443/1‑128 (MQ=255)
  gTTAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGTATTGATTAGTTTATTTATACTTTTAATAtaataaa                                                                                                                                   >  2:1263201/1‑128 (MQ=255)
  gTTAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATAtaattaa                                                                                                                                   >  2:2980915/1‑128 (MQ=255)
    tAATCAAGACTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATaatgaa‑tt                                                                                                                                <  1:1106610/128‑1 (MQ=255)
     taacAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAATATTAATGTTAATATAAATTAAATAATTATTTATTATTATTAATTATTTTATTTATAATTATAATAtaattaa‑tat                                                                                                                               >  2:1615679/4‑126 (MQ=255)
     taacAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGATAATTAATCCTTATAATATAAttaa‑ttt                                                                                                                               >  1:465036/4‑128 (MQ=255)
     aaTCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTAT‑GTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATATATCCTTTTAATATAAttaa‑ttta                                                                                                                              >  2:346058/1‑128 (MQ=255)
       tCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAATATTAATTTTAATATAAATTATCTAAATATTTATTATTATTAATAAGTTTATTTATAATAATAATATAAataa‑tttaa                                                                                                                             >  1:334099/1‑128 (MQ=255)
       acAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATTAAATAATAAAGATTAATTTTAATATAAAATATCAAAATAATTATTAAAATTGATTATTTTATTTAAACTTATAATAtaataaaataaa                                                                                                                              >  2:2503340/2‑123 (MQ=255)
        cAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAAtgaa‑tttaa‑t                                                                                                                           <  1:2899775/128‑1 (MQ=255)
        cAAGACTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAAtgaa‑tttaa‑t                                                                                                                           <  1:208785/128‑1 (MQ=255)
          aGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTATCTAAGTATTTATTATTATTTATTATATTATTTATAATTTTAATATAATTAA‑Tttaa‑tta                                                                                                                         >  1:3808359/1‑128 (MQ=255)
           gacTTTTTTATTTGTAAAATCAATTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAA‑Tttaa‑ttaa                                                                                                                        <  2:638217/126‑1 (MQ=255)
           gCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAA‑Tttaa‑ttaa                                                                                                                        >  2:3303607/1‑128 (MQ=255)
            ccTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTAATTAATTTATTAATAATTTAAATATAATTAA‑TTAAA‑Taaaa                                                                                                                       >  2:2426720/1‑128 (MQ=255)
              ttttttATTTGTATAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTTATATAATGAA‑TTTAA‑TTAAAat                                                                                                                     <  2:1503646/128‑1 (MQ=255)
              ttttttATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAA‑TTTAA‑TTAAAat                                                                                                                     <  2:1462471/128‑1 (MQ=255)
               tttttATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTTAA‑TTaaatt                                                                                                                     <  1:3641907/128‑3 (MQ=255)
               tttttATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAAATAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAA‑TTTAA‑TTAAAata                                                                                                                    <  1:2767067/128‑1 (MQ=255)
                 tttATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATTTTAATATAAATTATCTAATTATTTATTAGTATTTATTATTTTATTTATCCTATTAATATAATTAA‑TTTAA‑TTAAAATAtt                                                                                                                  >  2:2689338/1‑128 (MQ=255)
                    aTTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTATGATTGATTAGTTTATTTATCATTTTAATATAATTAA‑TATAA‑TTAAAATAtttaa                                                                                                               >  1:3034035/1‑126 (MQ=255)
                    aTTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAA‑TTTAA‑TTAAAATATTTta                                                                                                               >  2:442435/1‑128 (MQ=255)
                     ttttTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATTTTAATATAAATTATATAATTATTAATTAATATTAATTATTTTATTTATAATTATAAAATAATAAA‑TTAAA‑TTAAAATATATtaa                                                                                                              >  2:2888628/1‑128 (MQ=255)
                     tttGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAA‑TTTAA‑TTAAAATATTTtaa                                                                                                              >  2:3264905/1‑128 (MQ=255)
                       tctAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAAAATAAATTAGCTAAGAATTTAATAGTATATATAATTTTATTTATCATTTAAATATAATTAA‑ATAAA‑TTAAAAAATTTtaaaa                                                                                                            >  2:1105367/3‑126 (MQ=255)
                       tGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTATCTAAGTATTTATTAGGATTGATTATTTTATTTATACTTTTAATATAATGAA‑TTTAA‑TTAAAATATTTtaat‑‑a                                                                                                          >  1:2018667/1‑128 (MQ=255)
                            aaTCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAA‑TTTAA‑TTAAAATATTTTAAT‑‑aaaaaa                                                                                                     >  2:132206/1‑128 (MQ=255)
                            aaTCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAA‑TTTAA‑TTaaa                                                                                                                       >  2:2101302/1‑112 (MQ=255)
                            aaTCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAA‑TTTAA‑TTAAAATATTTTAAT‑‑aaaaaa                                                                                                     >  2:3618132/1‑128 (MQ=255)
                                    attatATTTTGTAATAATAAATATTAATGTTTATAAAAATTAGCTAATTTTTTATTATGATTGTTTATTTTATTTATCCTTTTAA‑A‑AATGAA‑TTTAA‑TTAAAATAATTTAAT‑‑aaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                           <  2:3080366/128‑1 (MQ=255)
                                       atatTATGAAATTATAAATATTAATGTTAATATAAATTATTTAATTTATTATTATGTTTTATTATTTTATTTATACTTTTAATATAATTAA‑TTTAA‑TTAAAATATTTTaaa‑‑aaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                          <  1:3436613/128‑1 (MQ=255)
                                        tattATGAAATAAAAAATATTAAATTTAATATAAAATACCAAAGTATTTATTATGATTTATTACTTTATTTTTCCTTTTAAAAAAATCAA‑TTTAA‑TTAAAAAATTTTAAT‑‑aaaaaaaaaaaaaaaaac                                                                                         <  2:3145717/125‑2 (MQ=255)
                                        taGTTTGAATTTATAATGATTTATGTTAATATAAATTAGCTAATTATTTATTTGGTTTGATTATTTTATTTATCCTTTTAATATTATGAA‑TTTAA‑TTAAAATATTTTAAT‑‑aaataaaaaaaaaaaaac                                                                                         <  1:2456808/128‑2 (MQ=255)
                                        taGTATGAAATAATTAATATTAATGTTAATTTAAATTTGCTTATTATTTATTATGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATAAAATTAA‑TTTAA‑TTAAAATATTTTTAT‑‑aaaaaaaaaaaaaaaaca                                                                                         <  1:3495209/128‑3 (MQ=255)
                                           tccgatataaaaAATTTTAATTTTAATATAAATTATTAAAGTATTAATTAGTTTTTATTAGTTTATTTATAATTTTTATATAATTAA‑TTTAA‑TTAAAATATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACaa                                                                                      <  2:3510557/122‑1 (MQ=255)
                                           tATGAAATAATAAAGAAATATTTTAAATAAAAATATCTTATTATTTATTAGGATTGTTTATTTTATTTATCCTTTAAAAATAATTAA‑TTTAA‑TTAAAATATTTTAAA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACaa                                                                                      <  2:2196862/128‑1 (MQ=255)
                                            aTGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAA‑TTTAA‑TTAAAATATTTTAAT‑‑Aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                     >  2:953168/1‑127 (MQ=255)
                                              taaaaaaTAAAGATTAATTTTAATATAAATTATCTAAGTATTTATTATGATTTATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAA‑TTTAA‑TTAAAATATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGAc                                                                                   <  2:3543789/127‑1 (MQ=255)
                                              taaaTAATAAATTTTAATTTTAAAATAAATTATCTTATTATTTTTTTTGTTTTTTTTTTTTATTTATTATTTTAATAAAATTAA‑TTTAA‑TTAAAAAATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGAc                                                                                   <  2:1755144/127‑1 (MQ=255)
                                               aaattataatttttAATTTTAATATAAATTTTTTTATTATTTATTTTTTTTTATTATTTTTTTTTTTATTTTAATTTAATTAA‑TTTTA‑TTAAAAATTTTTAATA‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGAc                                                                                   <  1:3100377/116‑1 (MQ=255)
                                               aaaTAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAA‑TTTAA‑TTAAAATATTTTAAT‑‑Aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                  >  2:1828324/1‑124 (MQ=255)
                                                     taaAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGTATTGATTAGTTTATTTATCATTTTAATATAATTAA‑TTTAA‑TTAAAATATTTTAAT‑‑Aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaata                                                                            >  1:3902820/1‑118 (MQ=255)
                                                      aaaGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAA‑TTTAA‑TTAAAATATTTTAAT‑‑Aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaacataatat                                                                           >  1:3387005/1‑117 (MQ=255)
                                                      aaaGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAA‑TTTAA‑TTAAAATATTTTAAT‑‑Aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaataaaat                                                                           >  2:3583661/1‑117 (MQ=255)
                                                           ttAATGTTAATATAAATTATCTAAGTATTTATTATGATTTTTTATTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAA‑TTTAA‑TTAAAATATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTaa                                                                      <  1:2121902/128‑1 (MQ=255)
                                                              aTGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCATTTAAATATAATGAA‑TTTAA‑TTAAAATATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAAAATTTATaaaaa                                                                   >  2:1944442/1‑128 (MQ=255)
                                                                  tAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAA‑TTTAA‑TTAAAATATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTATTAAAAAAaat                                                               >  2:3917149/1‑128 (MQ=255)
                                                                    atatAAATTATCTAAGTTTTTATTATGAATTTTTATTTTATTTATACTTTTAATATAATTAA‑TTTAA‑TTAAAATATTTTAAT‑‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACaattaat                                                           <  1:756082/128‑1 (MQ=255)
                                                                    atatAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAA‑TTTAA‑TTAAAATATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAA‑AAGACAAAATATTTTTAAAAAAaaataa                                                            >  2:3730637/1‑128 (MQ=255)
                                                                     tataAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAA‑TTTAA‑TTAAAATATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAAAAAATATTTATAAAAAAaataaa                                                            >  2:3873322/1‑128 (MQ=255)
                                                                      ataAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAA‑TTTAA‑TTAAAATATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATATTTTTaaaaaaaaaaaat                                                           >  2:3950672/1‑123 (MQ=255)
                                                                      ataAATTAGATAAGTTATTATTTGTATTTATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAA‑TTTAA‑TTAAAAAATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACaattaat                                                           <  1:519353/128‑1 (MQ=255)
                                                                        aaaTTATCTAATTATTTTTTATTATTTTTTATTTTATTTATACTTTTAATATAATTAA‑TTTAA‑TTTAAATATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAattaatta                                                         <  1:2311298/128‑1 (MQ=255)
                                                                         aaTTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAA‑TTTAA‑TTAAAATATTTTAAT‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAAACAAAAAATTTTTAAAAAAAAttaattaat                                                       >  2:1386166/1‑127 (MQ=255)
                                                                          aTTTGCTAATTATTTATTTTTATTTATTATTTTATTTTTACTTTTAATTATATTAA‑TTTTA‑TTAAAATATTTTAAT‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGt                                                      <  2:489114/128‑1 (MQ=255)
                                                                          aTTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAA‑TTTAA‑TTAAAATATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTATTaaaaaaaaaatataaaa                                                       >  1:2990175/1‑119 (MQ=255)
                                                                           ttatatAATTATTTATTATGATTTATAATTTTATTTATAATTTAAATAAAATTTA‑TTTTA‑TTAAAATATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGt                                                      <  1:1576058/123‑1 (MQ=255)
                                                                           ttAGCTAATTTATTATTATTATTTATTATTTTATTTAAACTTTTAATTAAATTAA‑TTTAA‑TTAAAATATTTAAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGt                                                      <  1:2672053/128‑1 (MQ=255)
                                                                              gCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAA‑TTTAA‑TTAAAATATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATACAAAAAATATTAAAAAACATTTAATAAAgaatt                                                   >  2:868792/1‑124 (MQ=255)
                                                                               cTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAA‑TTTAA‑TTAAAATATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCAAATATTTTAAAAAAAAAataataaaatattt                                                  >  2:3400590/1‑122 (MQ=255)
                                                                                  attttttattAGGATTGATTAGTTTATTTAACATTTTAATAAAATTAA‑ATTAA‑TTAAAATATTTTAAT‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGAttt                                              <  1:2216411/124‑1 (MQ=255)
                                                                                  agtaatatttaTGATTTATTAGTTTTTTTTTACATTTAATTATTTTTA‑TTTAA‑ATAAATTATTTTAATA‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGAt                                                <  2:2010372/120‑1 (MQ=255)
                                                                                   ttatttattTCGATTGATTATTTTATTTATACTTTTAAAATAATTAA‑TTTAA‑TTAAAATATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGAttt                                              <  1:3149839/127‑1 (MQ=255)
                                                                                     attatttattatttattATTTTAATTATCATTTTAATATAATTAA‑TTTAA‑TTAAAATATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATttat                                            <  1:1011307/118‑1 (MQ=255)
                                                                                      tttattAGTTTTTATTATTTTATTTATACTTTTAATATAATGAA‑TTTAA‑TTAAAATATTTTAATA‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATttat                                            <  2:3805168/128‑1 (MQ=255)
                                                                                       ttattattaTTTATTATTTTATTTATACTTTTAATTAAATTAA‑TTTAA‑TTTAAAAATTTTAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATttat                                            <  1:65892/128‑1 (MQ=255)
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                                                                                                                      tAATATAATTAA‑TTTAA‑TTAAAATATTTTAAT‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCt          <  1:3591215/128‑1 (MQ=255)
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                                                                                                                           aaatgaa‑ttTAA‑TTAAAAAATTTAAAA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAAt      <  1:3562198/127‑1 (MQ=255)
                                                                                                                            aatgaa‑atTAA‑TTAAAAAATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAAtt     <  1:1361899/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                                               taa‑tttaa‑ttAAAATATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGc  <  1:3696507/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                                               |                                                                                                                                   
TTGTTAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAA‑TTTAA‑TTAAAATATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGC  >  CP016816/105212‑105466

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑