Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP016816105,3940GT30.6% 2288.0 / 236.9 1084intergenic (+889/+37)JCVSYN2_00420/JCVSYN2_00430translation elongation factor Tu/alanine‑‑tRNA ligase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (107/634);  new base T (312/14);  total (436/648)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 0.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 1097 total aligned reads displayed.

AGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAAT‑TAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTTCCTCCACCTTTAGTCTCATAACCTTCTAAATTGTTAAAAATATCAATTGCT  >  CP016816/105268‑105521
                                                                                                                                    |                                                                                                                                
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                                                                         atttaattAAAAT‑ATTTT‑‑‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAA‑AAAACCAAATATTTTTAAAAACAAA‑AAAAAAAAAATTTATTTATTAAAAATTTTTTTTTAAAAAAATTAAATAGAGAAAAATTaacatt                                                      >  2:1710379/1‑123 (MQ=255)
                                                                         attaatttaaATT‑ATTTT‑‑‑AAA‑‑AAAAAACAAAAAAAAAAAAAAGACCTAATATTGTTAAAAACAAT‑TAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGt                                                       <  2:2990175/122‑1 (MQ=255)
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                                                                          tttaattAAAAT‑ATTTT‑‑‑AA‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAAT‑TAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGttt                                                     <  2:3124534/128‑1 (MQ=255)
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                                                                            taattaaAAT‑ATTTT‑‑‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAAT‑TAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTtc                                                    <  1:1801507/128‑1 (MQ=255)
                                                                             aattaaAAT‑ATTTT‑‑‑AAT‑‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTATTATTGTTAAAAAAATT‑TAATAAAGTAATGATTTATTAAATATTATTTTTAAACATATTTACATTGAGAAAAATAAgattatattc                                                 >  1:1762884/1‑119 (MQ=255)
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                                                                                                                             tAATATTGTTAAAAACAAT‑TAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTTCCTCCACCTTTAGTCTCATAACCTTCTAAATTGTTAAAAATATc         >  2:969289/1‑128 (MQ=255)
                                                                                                                             tAATATTGTTAAAAACAAT‑TAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACATTGAGCTAAATTAGCGTTTCCTCCACCTTTAGTCTAATAACCTTCTAAATTGTTaaaataatc         >  1:3419693/1‑123 (MQ=255)
                                                                                                                               atatTGTTAAAAACAAT‑TAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTTCCTCCACCTTTAGTCTCATAACCTTCTAAATTGTTAAAAATATCaa       >  1:1207893/1‑128 (MQ=255)
                                                                                                                                tatTGTTAAAAACTAT‑TAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTTCCTCCACCTTTAGTCTCATAACCTTCTAAATTGTTAAAAATATCAAt      <  1:921130/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                 atTGTTAAAAACAAT‑TAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTTCCTCCACCTTTAGTCTCATAACCTTCTAAATTGTTAAAAATATCAAtt     <  1:3899825/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                  ttGTTAAAAACAAT‑TAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACTTTGAGCTAAATTAGCGTTTCCTCCACCTTTAGTCTCATAACCTTCTAAATTGTTAAAAATATCAATTg    >  2:483623/1‑128 (MQ=255)
                                                                                                                                   tGTTAAAAAGAAT‑TAATTAAGTCTTGATTTAATAATTATTATTTTTTAAAAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTTCCTCCACCTTTAGTCTCATAACCTTCTAAATTGTTAAAAATATCAATTGc   <  2:1833265/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                   tGTTAAAAACAAT‑TAATTAAGTCTAGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAAATTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTTCCTCCACCTTTAGTCTCATAACCTTCTAAATTGTTAAAAATATCAAtttc   <  1:2888628/128‑3 (MQ=255)
                                                                                                                                   tGTTAAAAACAAT‑TAATTAAGGCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTTCCTCCACCTTTAGTCTCATAACCTTCTAAATTGTTAAAAATATCAATTGc   <  2:3712936/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                    gTTAAAAACAAT‑TAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTTCCTCCACCTTTAGTCTCATAACCTTCTAAATTGTTAAAAATATCAATTGCt  <  1:3264905/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                    gTTAAAAACAAT‑TAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTTCCTCCACCTTTAGTCTCATAACCTTCTAAATTGTTAAAAATATCAATTGCt  <  1:2620297/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                    |                                                                                                                                
AGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAAT‑TAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGTTTCCTCCACCTTTAGTCTCATAACCTTCTAAATTGTTAAAAATATCAATTGCT  >  CP016816/105268‑105521

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑