| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP016816 | 478,738 | C→A | G301V (GGT→GTT) | JCVSYN2_02210 ← | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta' |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP016816 | 478,738 | 0 | C | A | 99.3% | 3901.9 / NA | 1335 | G301V (GGT→GTT) | JCVSYN2_02210 | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta' |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/4); new base A (657/663); total (662/673) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1367 total aligned reads displayed.
GTAACATACGTTTTTCATTATTTACAATAATTGATGGTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTACCACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGTTTTAAAGCATCAAAAGTTTCTAAACGTTTTAATAA > CP016816/478613‑478862 | aaCATACGTTTTTCATTATTTACAATAATTGATGGTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTaacacc > 1:3122199/1‑128 (MQ=255) aaCATACGTTTTTCATTATTTACAATAATTGATGGTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTaacacc > 2:1035982/1‑128 (MQ=255) cATACGTTTTTCATTATTTACAATAATTGATGGTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCAt > 2:836974/1‑128 (MQ=255) aTACGTTTTTCATTATTTACAATAATTGATGGTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATc > 1:585455/1‑128 (MQ=255) tACGTTTTTCATTATTTACAATAATTGATGGTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCt > 2:801258/1‑128 (MQ=255) aCGTTTTTCATTATTTACAATAATTGATGGTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTa > 1:699733/1‑128 (MQ=255) cGTTTTTCATTATTTACAATAATTGATGGTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTaa > 2:3286901/1‑128 (MQ=255) cGTTTTTCATTATTTACAATAATTGATGGTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTaa > 2:744229/1‑128 (MQ=255) tttttCATTATTTACAATTATTGATGGTGGACACATTTCTTTAAATTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAAtt < 1:2128539/128‑1 (MQ=255) cATTATTTACAATAATTGATGGTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGaata > 1:129722/1‑128 (MQ=255) cATTATTTACAATAATTGATGGTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGaata > 2:1447144/1‑128 (MQ=255) attattTACAATAATTGATGGTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGaataa < 1:3049594/128‑1 (MQ=255) aCAATAATTGATGGTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACg > 1:1968125/1‑128 (MQ=255) cAATAATTGATGGTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGa > 1:372006/1‑128 (MQ=255) aatTGATGGTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGt < 2:545518/128‑1 (MQ=255) aatTGATCTTTCAACCATTTCTATAACTTTTTTTTATATATCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTATTTTCAGAAGTAGTAAATCTAACAACATCTAATTGAATAATTGGACGAATGt < 1:488981/128‑1 (MQ=255) ttGATGGTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCt < 2:3128157/128‑1 (MQ=255) ttGATGGTGCAACCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCt < 2:372578/128‑1 (MQ=255) tGATGGTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCtg > 2:2035977/1‑128 (MQ=255) tGATGGTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCtg < 1:2880536/128‑1 (MQ=255) gATGGTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCtgg > 1:1910006/1‑128 (MQ=255) aTGGTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATTTAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCtggt > 1:1264876/1‑128 (MQ=255) tGGTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCtggtg > 2:2240430/1‑128 (MQ=255) tGGTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAAAAATTGGACGAATGTAtggtg > 1:142108/1‑128 (MQ=255) gTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGa < 2:195508/128‑1 (MQ=255) gTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTATCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGa < 2:1227829/128‑1 (MQ=255) gacctaaTTTCTTAAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAATTCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAAt < 1:2267390/122‑1 (MQ=255) gCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAAt > 1:882759/1‑128 (MQ=255) cACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATa < 2:1162693/128‑1 (MQ=255) cACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATa < 2:2500461/128‑1 (MQ=255) aCCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATaa < 1:100461/128‑1 (MQ=255) cccATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAAc < 1:2818320/128‑1 (MQ=255) cATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTg < 2:2615623/128‑1 (MQ=255) cATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTg > 2:886831/1‑128 (MQ=255) ttCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGaa > 2:1817260/1‑128 (MQ=255) tCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAAt < 1:3294581/128‑1 (MQ=255) atttAAATTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAAtt < 1:2322014/127‑1 (MQ=255) tAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTGAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTAct > 1:1494245/1‑128 (MQ=255) tAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTAct < 1:3242817/128‑1 (MQ=255) cTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACtctc > 1:2704623/1‑128 (MQ=255) cTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACtctc < 1:2994672/128‑1 (MQ=255) ttttttAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCAt > 2:2864099/1‑128 (MQ=255) ttttttAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCAt > 1:24133/1‑128 (MQ=255) tttAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAAc > 2:1663796/1‑128 (MQ=255) tAATCTTTCATTTATAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACca < 2:1312177/128‑1 (MQ=255) aTCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATg > 2:610268/1‑92 (MQ=255) aTCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACcatt > 1:636064/1‑128 (MQ=255) aTCTTTCATTTCTAATAATGATGATTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACcatt < 1:1782205/128‑1 (MQ=255) ttCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACcattcatt > 2:3056909/1‑128 (MQ=255) atCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACcagtcatt > 1:256697/2‑128 (MQ=255) tCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCtggtgg > 1:1850889/1‑95 (MQ=255) cATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACTAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATAACTCTCATAACCAttcattca > 2:1093189/1‑128 (MQ=255) cATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGTATAACTGGAATTACTCTCATAACCAttcattca > 2:1537551/1‑128 (MQ=255) cATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCAttcattca > 2:2167613/1‑128 (MQ=255) cATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCAttcattca > 2:2664219/1‑128 (MQ=255) aTTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAg < 1:3185269/128‑1 (MQ=255) tCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGAc < 1:2038798/128‑1 (MQ=255) cTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACg > 2:45479/1‑128 (MQ=255) atGATTCTTCTATATTAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGATGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGtt < 2:2296553/128‑1 (MQ=255) atGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGtt < 2:1581614/128‑1 (MQ=255) atGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGtt > 2:2006830/1‑128 (MQ=255) atGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGtt > 1:750672/1‑128 (MQ=255) atGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGt > 1:1558756/1‑127 (MQ=255) tGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACCCCATCTAATTGAAGAATTGTACGAATGTCTGGTGGATTAACTGTAATTCCTCTCATAACCCTTCATTCAGGACggtggtga > 1:985115/1‑126 (MQ=255) tGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTa < 1:1083264/128‑1 (MQ=255) tcttctATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTTGAATAACTGGAATAACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTCGTTAGAAc > 2:2794114/1‑128 (MQ=255) tcttctATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAAc > 1:2622712/1‑128 (MQ=255) tctATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGtt < 2:1202812/128‑1 (MQ=255) tctATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGAGGAATATCTGGAATTACTCTCATAACCAATCATTCAGGACGTTGGTTAGAAAGtt > 2:946783/1‑128 (MQ=255) ctATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGttt < 2:2556863/128‑1 (MQ=255) tatataAATCATTAATTTCAGAATTAGTACATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCGGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGtttt < 1:2187782/128‑1 (MQ=255) tatataAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCACGACCTGGGTTAGAACGtttt > 1:1701119/1‑128 (MQ=255) ataAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGTTTTaaa < 2:682315/128‑1 (MQ=255) tacaTCATTAATTTCAGAAGTTGTAAATCTAACACCAGCTAATTGAATAATTGTACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGTTTTAAAg < 1:432218/125‑1 (MQ=255) ttAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCATGACGTTGGTTAGAACGTTTTTAAGCATCaaa > 2:2101235/1‑128 (MQ=255) ttAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGTTTTAAAGCATCaga < 2:2733027/128‑3 (MQ=255) tttCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGCACGTTTTAAAGCATCAAAAGtt > 1:1203669/1‑128 (MQ=255) tttCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGTTTTAAAGCATCaaaacta > 1:1350194/1‑125 (MQ=255) tttCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGTTTTAAAGCATCAAAAGtt < 2:3212082/128‑1 (MQ=255) tttCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGTTTTAAAGCATCAAAAGtt < 2:1272889/128‑1 (MQ=255) ttCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGTTTTAAAGCATCAAAAGttt > 2:1873743/1‑128 (MQ=255) ttCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAAATGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGTTTTAAAGCATCAAAAGttt < 1:1610547/128‑1 (MQ=255) tCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGTACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGTTTTAAAGCATCAAAAGTTTc > 2:2989070/1‑128 (MQ=255) tCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGATTAACTGGAATTACTATCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGTTTTAAAGCATCAAAAGTTTc > 1:2471799/1‑128 (MQ=255) tCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGTTTTAAAGCATCAAAAGTTTc < 1:2935032/128‑1 (MQ=255) aGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGTACGAATTTCTGCTGGAATAACTGGAATTACTCTAATAACCAATCCTTCAGGACGTTGGTTAGAACGTTTTAAAGAATCAAAAATTTCTa > 2:418986/1‑128 (MQ=255) gAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGTTTTAAAGCATCAAAAGTTTCTaa < 1:2736083/128‑1 (MQ=255) gAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGTTTTAAAGCATCAAAAGTTTCTaa < 1:2520965/128‑1 (MQ=255) tagtaAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGTTTTAAAGCATCAAAAGTTTCTAAACGt > 2:17437/1‑128 (MQ=255) agtaAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGTTTTAAAGCATCAAAAGTTTCTAAACGtt > 1:929163/1‑128 (MQ=255) gtaAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGTTTTAAAGCATCAAAAGTTTCTAAACGttt > 2:2447896/1‑128 (MQ=255) aaaTCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGTTTTAAAGCATCAAAAGTTTCTAAACGTTTta < 1:836654/128‑1 (MQ=255) aaTCTAACCCCATCTAATTGAATAATTTGACGAATGTCTGGTGGAAGAACTGGAATTACTCGCATAACCATTCATTAAGGACGTTGGTTAGAACGTTTTAAAGCATCAAAAGTTGCTGAActgtatta > 2:1642776/1‑121 (MQ=255) aaTCTAACACCTTCTAATTGAATAATTGGACGAATGACTGGTGGAATAACTTGAAATACTCTAATAACCAGTCATTAATTACATTGTTTTGAACTTTTTTAATCATATAAAGTTTCTATAAGTTTtaa > 1:1653714/1‑128 (MQ=255) aaTCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGTTTTAAAGCATCAAAAGTGTCTAAACGTTGtaa > 2:3179338/1‑128 (MQ=255) aTCTACCCCCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGATCGTTTTAATGCATCAAAAGTTTCTAAACGTTTttat > 2:1383032/1‑128 (MQ=255) tCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGTTTTAAAGCATCAAAAGTTTCTAAACGTTTtaata < 2:148847/128‑1 (MQ=255) tCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGTTTTAAAGCATCAAAAGTTTCTAAACGTTTtaata > 1:1157992/1‑128 (MQ=255) cTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGTTTTAAAGCATCAAAAGTTTCTAAACGTTTtaataa > 2:2927215/1‑128 (MQ=255) cTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGTTTTAAAGCATCAAAAGTTTCTAAACGTTTtaataa > 2:2354025/1‑128 (MQ=255) | GTAACATACGTTTTTCATTATTTACAATAATTGATGGTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTACCACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGTTTTAAAGCATCAAAAGTTTCTAAACGTTTTAATAA > CP016816/478613‑478862 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |