| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP016816 | 484,793 | A→T | intergenic (‑102/+69) | JCVSYN2_02220 ← / ← JCVSYN2_02225 | hypothetical protein/50S ribosomal protein L7/L12 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP016816 | 484,793 | 0 | A | T | 98.0% | 4710.4 / 28.1 | 1621 | intergenic (‑102/+69) | JCVSYN2_02220/JCVSYN2_02225 | hypothetical protein/50S ribosomal protein L7/L12 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (19/14); new base T (765/823); total (784/837) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1665 total aligned reads displayed.
AAAAAATAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTTAAAAAAAAAACAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATTTCTTCAGCT > CP016816/484672‑484919 | aaaaaaTAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAatataaaa > 2:3155897/1‑128 (MQ=255) aaaaTAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAatataaaaag > 2:2892507/1‑127 (MQ=255) aaaTAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAatataaaaagc > 2:181352/1‑126 (MQ=255) aaaTAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATA‑TTATTTTTTAATATAAAAACa > 2:1406172/1‑128 (MQ=255) 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AAAAAATAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTTAAAAAAAAAACAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATTTCTTCAGCT > CP016816/484672‑484919 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |