| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP016816 | 165,218 | A→T | intergenic (+182/‑360) | JCVSYN2_00665 → / → JCVSYN2_00670 | tRNA N6‑adenosine(37)‑N6‑threonylcarbamoyltransferase complex dimerization subunit TsaB/tRNA‑Ser |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP016816 | 165,218 | 0 | A | T | 97.0% | 3642.7 / 5.3 | 1256 | intergenic (+182/‑360) | JCVSYN2_00665/JCVSYN2_00670 | tRNA N6‑adenosine(37)‑N6‑threonylcarbamoyltransferase complex dimerization subunit TsaB/tRNA‑Ser |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (10/27); new base T (803/416); total (813/443) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.06e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1291 total aligned reads displayed.
TATTTACTTTAATTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTA‑TCTTTTTAGATATTTTTTGTATATG‑CAAA‑TTTTAAAAGAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCTTTTTTTTTTTTTTTTT‑TTATAATGGAAATATAAATTTTAGGTATTTTGTTGTCTAAGTATCTAAAAAAATAGAAAGGAAAAAATATTGTTAAAAGT > CP016816/165091‑165346 | tttACTTTAATTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTA‑TCTTTTTAGATATTTTTTGTATATG‑CAAA‑TTTTtaa < 2:2446961/128‑1 (MQ=255) tttACTTTAATTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTA‑TCTTTTTAGATATTTTTTGTATATG‑CAAA‑TTTTtaa < 2:1895793/128‑1 (MQ=255) tttACTTTAATTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTA‑TCTTTTTAGATATTTTTTGTATATG‑CAAA‑TTTTtaa < 2:1500012/128‑1 (MQ=255) tttACTTTAATTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTA‑TCTTTTTAGATATTTTTTGTATATG‑CAAA‑TTTTtaa < 2:1550975/128‑1 (MQ=255) 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TATTTACTTTAATTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTA‑TCTTTTTAGATATTTTTTGTATATG‑CAAA‑TTTTAAAAGAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCTTTTTTTTTTTTTTTTT‑TTATAATGGAAATATAAATTTTAGGTATTTTGTTGTCTAAGTATCTAAAAAAATAGAAAGGAAAAAATATTGTTAAAAGT > CP016816/165091‑165346 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |