| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | CP016816 | 311153 = | 583 (0.510) | 130 (0.140) | 75/208 | 11.5 | 22.4% | intergenic (‑76/‑238) | JCVSYN2_01300/JCVSYN2_01305 | hypothetical protein/30S ribosomal protein S21 |
| ? | CP016816 | = 311148 | 421 (0.450) | intergenic (‑71/‑243) | JCVSYN2_01300/JCVSYN2_01305 | hypothetical protein/30S ribosomal protein S21 | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 704 total aligned reads displayed.
CAGTTGTAATAACTAATCCAAATGAACTTAAAATTGTAATTAACTTTTTCATTTTACACACCCCTTATTAAAAAATAAAATACTTGTTACATACGATTCAAAACATATATAACATACATTCAT‑‑TATATATATATATATATATATATATAATGCAATATGTAAATGAAAATATGGTATAATAGCAACCGTTTATAAAGTAAAAAAATAGTAAATATACTACTTATTTACTAATAAAATCTATTTTTATTTAAAAAAG > CP016816/311026‑311281 | aGTTGTAATAACTAATCCAAATGAACTTAAAATTGTAATTAACTTTTTCATTTTACACACCCCTTATTAAAAAATAAAATACTTGTTACATACGATTCAAAACATATATAACATACATTCAT‑‑tatatt > 2:1869860/1‑127 (MQ=255) tGTAATAACTAATCCAAATGAACTTAAAATTGTAATTAACTATTTCATTTTACACACCCCTTATTAAAAAATAAAATACTTGTTACATACGATTCAAAACATATATAACATACATTCAT‑‑tatatatat < 1:656147/128‑1 (MQ=255) taataaCTAATCCAAATGAACTTAAAATTGTAATTAACTTTTTCATTTTACACACCCCTTATTAAAAAATAAAATACTTGTTACATACGATTCAAAACATATATAACATACATTCAT‑‑tatatatatat > 2:1440919/1‑128 (MQ=255) taaaCTAATATAAATGAAATTAAAATTGTAATTAACTTTTTCATTTTACACACACCTTATTAAAAAATAAAATAATTTTTACATACGATTCAAAACATATATAACATACATTAAT‑‑tatatatatatat < 2:1769836/126‑1 (MQ=255) atatataataaaaattaaattAAAATTTTAATTAACTTTTTAATTTTAAACACCACTTATTAAAAAATAAAATAATTTTTAAATAATATTAAAAACATATATAACATAAATTCAT‑‑tatatatatatat < 2:837881/117‑1 (MQ=255) ataaCTAATCCAAATGAACTTAAAATTGTAATTAACTTTTTCATTTTACACACCCCTTATTAAAAAATAAAATACTTGTTACATACGATTCAAAACATATATAACATACATTCAT‑‑tatatatatatat > 2:317048/1‑128 (MQ=255) ataaCTAATCAAAATGAACTTAAAATTGAAATTAAATTTTTCTTTTTACACACAACTTATTAAAAAATAAAATACTTGTTACATACGATTCAAAACATATATAACATACATTCAT‑‑tatatatatatat < 2:2374358/128‑1 (MQ=255) taaCAAATCCAAATGAACTTAAAATTGTAATTAACTTTTTCATTTTACACACCCCTTATTAAAAAATAAAATACTTTTTACATACTATTCAAAACATATATAACATACATTCAT‑‑tatatatatatata < 1:1007440/128‑1 (MQ=255) aCTAATCCAAATGAACTTAAAATTGTAATTAACTTTTTCATTTTAAACAAACCTTATTAAAAAATAAAATACTAGTTACATACGATTCAAAACATATATAACATACATTCAT‑‑aatatatatatatata > 1:1270310/1‑128 (MQ=255) atAATCAAAATTAAATTAAAATTTTAATTAAATTTTTCATTTTACACACCCATTATTAAAAAATAAAATAATTGTTACATACGATTCAAAACATATATAACATACATTCAT‑‑tatatatatatatatat < 2:1256086/127‑1 (MQ=255) 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aaTGAACTTAAAATTGTAATTAACTTTTTCATTTTACACACCCCTTATTAAAATATAAAATAATTGTTACATACTATTCAAAACATATATAAAATACATTCAT‑‑aatatatatatatatatatatataa > 1:1739112/1‑127 (MQ=255) aaTGAACTTAAAATTGTAATTAACTTTTTCATTTTACACACCCCTTATTAAAAAATAAAATACTTGTTACATACGATTCAAAACATAAATAACATACATTCAT‑‑tatatatatatatatatatatataa > 1:1480017/1‑127 (MQ=255) aaTGAACTTAAAATTGTAATTAACTTTTTCATTTTACACACCCCATATAAAAAAATAAAATACTTCTTACATACGATTCAAAAAATATATAACATACATTCAT‑‑aataaataaataaatatatataaaa > 2:1604335/1‑125 (MQ=255) agAACTTAAAATTGTAATTAACTTTTTCATTTTACACACACCTTATAAAAAAATAAAATACATGTTACATACGAATCAAAACATATAAAACATACATTCAT‑‑taaatatatatatatctatatataatt > 2:423285/2‑125 (MQ=255) aCTTAAAATTGTAATTAACTTTTTCATTTTACACACCCCTTATTAAAAAATAAAATACTTGTTACATACGATTCAAAACATATATAACATACATTCAT‑‑tatatatatatatatatatatattaagaaa > 2:512956/1‑121 (MQ=255) cTTAAAATTGTAATTAACTTTTTCATTTTACACACCCCTTATTAAAAAATAAAATACTTGTTACATACGATTCAAAACATATATAACATACATTCAT‑‑tatatatatatatatatatatataatgaaat > 2:193354/1‑121 (MQ=255) 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CAGTTGTAATAACTAATCCAAATGAACTTAAAATTGTAATTAACTTTTTCATTTTACACACCCCTTATTAAAAAATAAAATACTTGTTACATACGATTCAAAACATATATAACATACATTCAT‑‑TATATATATATATATATATATATATAATGCAATATGTAAATGAAAATATGGTATAATAGCAACCGTTTATAAAGTAAAAAAATAGTAAATATACTACTTATTTACTAATAAAATCTATTTTTATTTAAAAAAG > CP016816/311026‑311281 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |