Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP016816105,3390TG49.3% 649.1 / inf 978intergenic (+834/+92)JCVSYN2_00420/JCVSYN2_00430translation elongation factor Tu/alanine‑‑tRNA ligase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (95/382);  new base G (351/113);  total (481/497)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 0.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 0.00e+00

Only 100 of 1206 total aligned reads displayed.

TTGTTAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCG  >  CP016816/105212‑105467
                                                                                                                               |                                                                                                                                           
ttGTTAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGTATTTATTAGTTTATTTATCATTTTAATAtaatt                                                                                                                                             >  2:4141134/1‑128 (MQ=255)
  gTTAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATAtaatgaa                                                                                                                                           >  1:4503023/1‑128 (MQ=255)
  gTTAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATAtaatgaa                                                                                                                                           <  1:3349965/128‑1 (MQ=255)
  gTTAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTAATCCTTTTAATAtaatgaa                                                                                                                                           >  1:571672/1‑128 (MQ=255)
   ttAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATACTTATAAAAtaatgaat                                                                                                                                          >  1:1424769/1‑128 (MQ=255)
   attaacAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGTATTTATTAGTTTATTTATCATTTAAATAtaaataat                                                                                                                                          >  1:1234746/6‑128 (MQ=255)
   attaaaatgcattttttATTTGTAAAATAATTTATTATAGTATTAAATATTAAATATTAATTTTAATATATATTAGCTAAGTATTTATTAGCATTTATTAGTTTATTTATCCTTTTAATAtaatgaat                                                                                                                                          <  2:2713758/117‑1 (MQ=255)
    tAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATaatgaatt                                                                                                                                         <  1:910740/128‑1 (MQ=255)
    tAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATaatgaatt                                                                                                                                         <  1:4596322/128‑1 (MQ=255)
    tAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATAATAGAATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTATGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATaatgaatt                                                                                                                                         <  1:698104/128‑1 (MQ=255)
    aactCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATACAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATaatgaatt                                                                                                                                         <  1:4288136/125‑1 (MQ=255)
     taacAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATTTTAATATAAATTAGATAAGTATTTATTAGGATTAATTAGTTTATTTATACTTTTAATATAAtgaattt                                                                                                                                        >  2:1996508/4‑128 (MQ=255)
     aaTCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTATGATTGATTATTTTATTTATCCTTTTAATATAAttaattt                                                                                                                                        >  1:1074812/1‑128 (MQ=255)
      aacAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTATCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCATTTAATATAAttaattta                                                                                                                                       >  1:3751661/3‑128 (MQ=255)
      aTCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAAtgaattta                                                                                                                                       <  1:266341/128‑1 (MQ=255)
       tCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATTTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTATGATTGATTAGAATATTTATCATATTAATAtaattaataaaa                                                                                                                                      >  2:1012547/1‑124 (MQ=255)
       tCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTATCTAAGTATTTATTAGTATTTATTATTTTATTTATCATTTAAATATAAttaatttaa                                                                                                                                      >  2:3582608/1‑128 (MQ=255)
       tCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTATTATTGATAAGTTTATTTATCCTATTAATATAAtgaattaaa                                                                                                                                      >  1:4186455/1‑128 (MQ=255)
       tCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAAtgaatttaa                                                                                                                                      <  1:1883660/128‑1 (MQ=255)
       acaacgcTTTATTATTAGTAAAATCACTTATTATAGTATGAATTAATAAAGATTAATCTAAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAAtgaatttaa                                                                                                                                      <  1:2892317/122‑1 (MQ=255)
       acAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAATATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGAATTTATTAGATTATATATAATTttaatataattaatataa                                                                                                                                      >  2:540091/2‑128 (MQ=255)
           gCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATttaattaa                                                                                                                                  <  1:1000729/128‑1 (MQ=255)
            ccTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTTTGAAATATTAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTTATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTaaa                                                                                                                                 <  2:3650324/128‑1 (MQ=255)
             cTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTaaaa                                                                                                                                <  1:181362/128‑1 (MQ=255)
              ttttttATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTATGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATAAATTTAATTAAAat                                                                                                                               >  1:2506161/1‑128 (MQ=255)
                 tttATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATAtt                                                                                                                           >  1:4049386/1‑128 (MQ=255)
                   tATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATAtttt                                                                                                                         >  1:4402245/1‑128 (MQ=255)
                    aTTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTATATAAGTATTAATTATTATTAATTATATTATTTATACTTATAATAAAATTAATTTAATTAAAATATtat‑‑‑a                                                                                                                     >  1:3134330/1‑128 (MQ=255)
                     tttGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATTTTAATATAAATTATATAATTATTTATTAATATTTATTAATTTATTTATAATTTTAATATAAATAATTTAATTAAAAAATATt‑‑‑aa                                                                                                                   >  1:596286/1‑128 (MQ=255)
                          aaaaTCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTATCTAAGTATTTATTATTATTAATTATTATATATATACTTATAATATAATTAAATTAAATAAAATATATT‑‑‑AAT‑‑aaaa                                                                                                            >  1:2758532/1‑128 (MQ=255)
                            aaTCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTTATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAAATTAATTAAAATATTTT‑‑‑AAT‑‑aaaaaa                                                                                                         >  1:4349799/1‑128 (MQ=255)
                            aaTCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGATAATATAAATTAGATAAGTATTTATTATTATTCATAAGTTTATATATCCTATTAATATAAAGAATATAATTAAAAAATATT‑‑‑AAT‑‑aaaaaa                                                                                                         >  1:3260442/1‑128 (MQ=255)
                             aTCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAATTATTTATTAGGATTTATTAGTTTATTTATCATATTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑AAT‑‑aaaaaaa                                                                                                        >  1:2269392/1‑128 (MQ=255)
                                   tattatAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑AAT‑‑aataaaaaaaaaa                                                                                                  >  1:3867940/1‑128 (MQ=255)
                                     ttatAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑AAT‑‑aaaaaaaaaaaaa‑‑aa                                                                                              >  1:216707/1‑128 (MQ=255)
                                      tataGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑AAT‑‑aaaaaaaaaaaaa‑‑aaa                                                                                             >  1:504357/1‑128 (MQ=255)
                                         attATTAAAAAATAAATATTTATTTTAATATAAATTAGCTAATTTTTTATTTGGTTTGTTTTGTTTTTTTATCATTTTAATAAAATTAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑AAT‑‑aaaaaaaaaaaaa‑‑aaaaca                                                                                          <  1:4448899/126‑3 (MQ=255)
                                         aGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑AAT‑‑aaaaaaaaaaaaa‑‑aaaaaa                                                                                          >  1:2969738/1‑127 (MQ=255)
                                         aGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑AAT‑‑aaaaaaaaaaaaa‑‑aaaaaa                                                                                          >  1:4631601/1‑127 (MQ=255)
                                          gTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCATTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑AAT‑‑aaaaaaaaaaaaa‑‑aaaaaaa                                                                                         >  1:2065393/1‑126 (MQ=255)
                                           tatttaataatAAATATTTATTTTAATATTAATTATCTAATTATTTATTATTTTTTATTATTTTATTTATACTTTTAAAATAATTAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAA‑‑AAAAACaa                                                                                        <  2:1549301/123‑1 (MQ=255)
                                            attaattaataaAGATTAATTTTTATATAAATTTTTTAATTATTTTTTTGGTTTTTTTATTTTATTTATCATTTTTATATAATTATTTTAATTAAAATATTTT‑‑‑Aaa‑‑aaaaaaaaaaaaa‑‑aaaaaacaa                                                                                       <  1:398651/122‑5 (MQ=255)
                                            attaaaTATAAAAAATTAATTTTAAAATAAATATTCTAAATTTTTTTTATGATTTATTATTTTATTTATACTTTTAAAATAATTTATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑Aaa‑‑aaaaaaaaaaaaa‑‑aaaaaacaa                                                                                       <  2:2989727/125‑5 (MQ=255)
                                              gAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAA‑‑AAAAAAAAAAc                                                                                     >  1:4243703/1‑128 (MQ=255)
                                               aaaTATAAAAGTTTAATGTTAATATAAATTAGATAAGTATTTATTAGGATTTATTATTTAATTTATACTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑AAT‑‑AAAATAAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGAc                                                                                     <  2:2142374/128‑1 (MQ=255)
                                               aaaTAATAAATATTAATTTTAATATAAATTAGCTAATTATTTATTATTATTTATTATTTTATTTATACTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑AATAAAAAAAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGAc                                                                                     <  2:2482206/128‑1 (MQ=255)
                                               aaaTAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑AAT‑‑Aaaaaaaaaaaaa‑‑aaaaaaaaaata                                                                                    >  1:3574789/1‑124 (MQ=255)
                                                  taataatatttAATGTTAATATAAATTATGTAATTATTTTTTTGGTTTGATTATTTTATTTATTCTTTTAATATAATTTATTTAAATAAAAAATTTT‑‑‑AA‑‑AAAAAAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAat                                                                                <  1:4553105/119‑1 (MQ=255)
                                                  taataaAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGTATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTAT‑‑‑AAT‑‑Aaaaaaaaaaaaa‑‑aaaaaaaaaaacata                                                                                 >  1:301519/1‑121 (MQ=255)
                                                   aataaataTTAATTTTAATATAAATTATCTAATTATTTATTATGTTTTATTATTTTATTTATACTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑AAA‑‑AAAAAAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAat                                                                                <  2:3997599/128‑1 (MQ=255)
                                                    ataaAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTATTTTATTTATCATTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑AAT‑‑Aaaaaaaaaaaaa‑‑aaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                               >  1:1939347/1‑119 (MQ=255)
                                                        agtttatttttAATATATATTTTATAATTTTTTTTTATGTTTTATTATTTTTTTTATTCTTTTTATATAATGTATTTAATTTAAATATTTT‑‑‑AAT‑‑TAAAAAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAATATTGt                                                                           <  2:3926525/119‑1 (MQ=255)
                                                            tAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑AAT‑‑AAAAAAAAAAAAA‑‑AAAAAAAAAACAAAATATTTTTaaa                                                                       >  1:1332613/1‑128 (MQ=255)
                                                                tttAAAATAAATTATATAATTATTTATTTTTTTTTATTATTTTATTTATCATTTTAAAAAAATTAATTTAATTAAAATATTTTAAAAAA‑‑AAAAAAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAATATTGTTaaaa                                                                      <  2:2593981/127‑1 (MQ=255)
                                                                   aaTATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑AATAAAAAAAAAAAAAA‑‑AAAAACAATACTAAATATTTTTATAAACaat                                                                 >  2:1093821/1‑128 (MQ=255)
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                                                                     aataAATTATCTAATTATTTTTTTTGTTTTTTTTTTTTATTTTAAATTTTAAAATAATTAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑AAA‑‑AAAAAAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACaattaa                                                              <  1:2338930/127‑1 (MQ=255)
                                                                           ttAGTTAATTATTTTTTATGTATTTTTATTTTTTATATTCTTTTAATTTAATTAATTTAATTAAAAATTTTT‑‑‑AATAAAAAAAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAg                                                        <  2:3443094/128‑1 (MQ=255)
                                                                            tatcTAATTTTTTATTTTGATTTATTATTTTATTTATAATTTTAAAATAATTAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑AATAAAAAAAAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAg                                                        <  2:4321832/125‑1 (MQ=255)
                                                                            tataaatttatttattATTTTTTATTATTTTATTTATAATTTTAATAAAATTAATTTAATTAAAATATTTTA‑‑AAA‑‑AAAAAAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGt                                                       <  2:1453267/120‑1 (MQ=255)
                                                                             ttcTAATTTTTTTTTATGTTTTATTATTTTTTTTATACTTTTTAAATAATTAATTTAAATAAAATATTTT‑‑‑AATAAAAAAAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTc                                                      <  2:3760369/126‑1 (MQ=255)
                                                                               cTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑AATAAAAAAAAAAAAAA‑‑AAAAACAATAAAAAATATTTTTAAAAAAAAtttattaatgatt                                                    >  1:2420448/1‑123 (MQ=255)
                                                                                  attatttattATGTTTTTTTTTTTTATTTATAATTTTAAAAAAATTTATTTAATTAAAATATTTTA‑‑AAA‑‑AAAAAAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGAt                                                 <  1:3481335/126‑1 (MQ=255)
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                                                                                                                               |                                                                                                                                           
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Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: