Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP016816105,3390TG49.3% 649.1 / inf 978intergenic (+834/+92)JCVSYN2_00420/JCVSYN2_00430translation elongation factor Tu/alanine‑‑tRNA ligase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (95/382);  new base G (351/113);  total (481/497)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 0.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 0.00e+00

Only 100 of 1206 total aligned reads displayed.

TTGTTAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑AT‑‑AAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAA‑TTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCG  >  CP016816/105212‑105467
                                                                                                                               |                                                                                                                                           
ttGTTAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGTATTTATTAGTTTATTTATCATTTTAATAtaatt                                                                                                                                             >  2:4141134/1‑128 (MQ=255)
  gTTAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATAtaatgaa                                                                                                                                           >  1:4503023/1‑128 (MQ=255)
  gTTAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATAtaatgaa                                                                                                                                           <  1:3349965/128‑1 (MQ=255)
  gTTAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTAATCCTTTTAATAtaatgaa                                                                                                                                           >  1:571672/1‑128 (MQ=255)
   ttAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATACTTATAAAAtaatgaat                                                                                                                                          >  1:1424769/1‑128 (MQ=255)
   attaacAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGTATTTATTAGTTTATTTATCATTTAAATAtaaataat                                                                                                                                          >  1:1234746/6‑128 (MQ=255)
   attaaaatgcattttttATTTGTAAAATAATTTATTATAGTATTAAATATTAAATATTAATTTTAATATATATTAGCTAAGTATTTATTAGCATTTATTAGTTTATTTATCCTTTTAATAtaatgaat                                                                                                                                          <  2:2713758/117‑1 (MQ=255)
    tAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATaatgaatt                                                                                                                                         <  1:910740/128‑1 (MQ=255)
    tAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATaatgaatt                                                                                                                                         <  1:4596322/128‑1 (MQ=255)
    tAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATAATAGAATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTATGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATaatgaatt                                                                                                                                         <  1:698104/128‑1 (MQ=255)
    aactCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATACAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATaatgaatt                                                                                                                                         <  1:4288136/125‑1 (MQ=255)
     taacAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATTTTAATATAAATTAGATAAGTATTTATTAGGATTAATTAGTTTATTTATACTTTTAATATAAtgaattt                                                                                                                                        >  2:1996508/4‑128 (MQ=255)
     aaTCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTATGATTGATTATTTTATTTATCCTTTTAATATAAttaattt                                                                                                                                        >  1:1074812/1‑128 (MQ=255)
      aacAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTATCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCATTTAATATAAttaattta                                                                                                                                       >  1:3751661/3‑128 (MQ=255)
      aTCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAAtgaattta                                                                                                                                       <  1:266341/128‑1 (MQ=255)
       tCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATTTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTATGATTGATTAGAATATTTATCATATTAATAtaattaataaaa                                                                                                                                      >  2:1012547/1‑124 (MQ=255)
       tCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTATCTAAGTATTTATTAGTATTTATTATTTTATTTATCATTTAAATATAAttaatttaa                                                                                                                                      >  2:3582608/1‑128 (MQ=255)
       tCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTATTATTGATAAGTTTATTTATCCTATTAATATAAtgaattaaa                                                                                                                                      >  1:4186455/1‑128 (MQ=255)
       tCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAAtgaatttaa                                                                                                                                      <  1:1883660/128‑1 (MQ=255)
       acaacgcTTTATTATTAGTAAAATCACTTATTATAGTATGAATTAATAAAGATTAATCTAAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAAtgaatttaa                                                                                                                                      <  1:2892317/122‑1 (MQ=255)
       acAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAATATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGAATTTATTAGATTATATATAATTttaatataattaatataa                                                                                                                                      >  2:540091/2‑128 (MQ=255)
           gCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATttaattaa                                                                                                                                  <  1:1000729/128‑1 (MQ=255)
            ccTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTTTGAAATATTAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTTATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTaaa                                                                                                                                 <  2:3650324/128‑1 (MQ=255)
             cTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTaaaa                                                                                                                                <  1:181362/128‑1 (MQ=255)
              ttttttATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTATGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATAAATTTAATTAAAat                                                                                                                               >  1:2506161/1‑128 (MQ=255)
                 tttATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAAT‑Att                                                                                                                           >  1:4049386/1‑128 (MQ=255)
                   tATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAAT‑Atttt                                                                                                                         >  1:4402245/1‑128 (MQ=255)
                    aTTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTATATAAGTATTAATTATTATTAATTATATTATTTATACTTATAATAAAATTAATTTAATTAAAAT‑ATtat‑‑‑a                                                                                                                     >  1:3134330/1‑128 (MQ=255)
                     tttGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATTTTAATATAAATTATATAATTATTTATTAATATTTATTAATTTATTTATAATTTTAATATAAATAATTTAATTAAAAA‑ATATt‑‑‑a‑a                                                                                                                   >  1:596286/1‑128 (MQ=255)
                          aaaaTCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTATCTAAGTATTTATTATTATTAATTATTATATATATACTTATAATATAATTAAATTAAATAAAAT‑ATATT‑‑‑A‑AT‑‑aaaa                                                                                                            >  1:2758532/1‑128 (MQ=255)
                            aaTCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTTATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAAATTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑AT‑‑aaaa‑aa                                                                                                         >  1:4349799/1‑128 (MQ=255)
                            aaTCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGATAATATAAATTAGATAAGTATTTATTATTATTCATAAGTTTATATATCCTATTAATATAAAGAATATAATTAAAAA‑ATATT‑‑‑A‑AT‑‑aaaa‑aa                                                                                                         >  1:3260442/1‑128 (MQ=255)
                             aTCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAATTATTTATTAGGATTTATTAGTTTATTTATCATATTAATATAATGAATTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑AT‑‑aaaa‑aaa                                                                                                        >  1:2269392/1‑128 (MQ=255)
                                   tattatAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑AT‑‑aata‑aaaaaaaaa                                                                                                  >  1:3867940/1‑128 (MQ=255)
                                     ttatAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑AT‑‑aaaa‑aaaaaaaaa‑‑aa                                                                                              >  1:216707/1‑128 (MQ=255)
                                      tataGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑AT‑‑aaaa‑aaaaaaaaa‑‑aaa                                                                                             >  1:504357/1‑128 (MQ=255)
                                         attATTAAAAAATAAATATTTATTTTAATATAAATTAGCTAATTTTTTATTTGGTTTGTTTTGTTTTTTTATCATTTTAATAAAATTAATTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑AT‑‑aaaa‑aaaaaaaaa‑‑aaaaca                                                                                          <  1:4448899/126‑3 (MQ=255)
                                         aGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑AT‑‑aaaa‑aaaaaaaaa‑‑aaaaaa                                                                                          >  1:2969738/1‑127 (MQ=255)
                                         aGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑AT‑‑aaaa‑aaaaaaaaa‑‑aaaaaa                                                                                          >  1:4631601/1‑127 (MQ=255)
                                          gTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCATTTTAATATAATGAATTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑AT‑‑aaaa‑aaaaaaaaa‑‑aaaaaaa                                                                                         >  1:2065393/1‑126 (MQ=255)
                                           tatttaataatAAATATTTATTTTAATATTAATTATCTAATTATTTATTATTTTTTATTATTTTATTTATACTTTTAAAATAATTAATTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑AT‑‑AAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACaa                                                                                        <  2:1549301/123‑1 (MQ=255)
                                            attaattaataaAGATTAATTTTTATATAAATTTTTTAATTATTTTTTTGGTTTTTTTATTTTATTTATCATTTTTATATAATTATTTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑aa‑‑aaaa‑aaaaaaaaa‑‑aaaaaacaa                                                                                       <  1:398651/122‑5 (MQ=255)
                                            attaaaTATAAAAAATTAATTTTAAAATAAATATTCTAAATTTTTTTTATGATTTATTATTTTATTTATACTTTTAAAATAATTTATTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑aa‑‑aaaa‑aaaaaaaaa‑‑aaaaaacaa                                                                                       <  2:2989727/125‑5 (MQ=255)
                                              gAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑AT‑‑AAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAAAAAAAc                                                                                     >  1:4243703/1‑128 (MQ=255)
                                               aaaTATAAAAGTTTAATGTTAATATAAATTAGATAAGTATTTATTAGGATTTATTATTTAATTTATACTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑AT‑‑AAAATAAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGAc                                                                                     <  2:2142374/128‑1 (MQ=255)
                                               aaaTAATAAATATTAATTTTAATATAAATTAGCTAATTATTTATTATTATTTATTATTTTATTTATACTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑ATA‑AAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGAc                                                                                     <  2:2482206/128‑1 (MQ=255)
                                               aaaTAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑AT‑‑Aaaa‑aaaaaaaaa‑‑aaaaaaaaaata                                                                                    >  1:3574789/1‑124 (MQ=255)
                                                  taataatatttAATGTTAATATAAATTATGTAATTATTTTTTTGGTTTGATTATTTTATTTATTCTTTTAATATAATTTATTTAAATAAAAA‑ATTTT‑‑‑A‑A‑‑‑AAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAat                                                                                <  1:4553105/119‑1 (MQ=255)
                                                  taataaAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGTATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAAT‑ATTAT‑‑‑A‑AT‑‑Aaaa‑aaaaaaaaa‑‑aaaaaaaaaaacata                                                                                 >  1:301519/1‑121 (MQ=255)
                                                   aataaataTTAATTTTAATATAAATTATCTAATTATTTATTATGTTTTATTATTTTATTTATACTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑AA‑‑AAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAat                                                                                <  2:3997599/128‑1 (MQ=255)
                                                    ataaAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTATTTTATTTATCATTTTAATATAATTAATTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑AT‑‑Aaaa‑aaaaaaaaa‑‑aaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                               >  1:1939347/1‑119 (MQ=255)
                                                        agtttatttttAATATATATTTTATAATTTTTTTTTATGTTTTATTATTTTTTTTATTCTTTTTATATAATGTATTTAATTTAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑AT‑‑TAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAATATTGt                                                                           <  2:3926525/119‑1 (MQ=255)
                                                            tAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑AT‑‑AAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAAAAAAACAAAATATTTTTaaa                                                                       >  1:1332613/1‑128 (MQ=255)
                                                                tttAAAATAAATTATATAATTATTTATTTTTTTTTATTATTTTATTTATCATTTTAAAAAAATTAATTTAATTAAAAT‑ATTTTAAAA‑AA‑‑AAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAATATTGTTaaaa                                                                      <  2:2593981/127‑1 (MQ=255)
                                                                   aaTATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑ATA‑AAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACAATACTAAATATTTTTATAAACaat                                                                 >  2:1093821/1‑128 (MQ=255)
                                                                    atatAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑ATA‑AAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACAACACATAAAATTTTTAAAAACaatt                                                                >  1:3536866/1‑128 (MQ=255)
                                                                     aataAATTATCTAATTATTTTTTTTGTTTTTTTTTTTTATTTTAAATTTTAAAATAATTAATTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑AA‑‑AAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACaattaa                                                              <  1:2338930/127‑1 (MQ=255)
                                                                           ttAGTTAATTATTTTTTATGTATTTTTATTTTTTATATTCTTTTAATTTAATTAATTTAATTAAAAA‑TTTTT‑‑‑A‑ATA‑AAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAA‑TTAAg                                                        <  2:3443094/128‑1 (MQ=255)
                                                                            tatcTAATTTTTTATTTTGATTTATTATTTTATTTATAATTTTAAAATAATTAATTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑ATAAAAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAA‑TTAAg                                                        <  2:4321832/125‑1 (MQ=255)
                                                                            tataaatttatttattATTTTTTATTATTTTATTTATAATTTTAATAAAATTAATTTAATTAAAAT‑ATTTTA‑‑A‑AA‑‑AAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAA‑TTAAGt                                                       <  2:1453267/120‑1 (MQ=255)
                                                                             ttcTAATTTTTTTTTATGTTTTATTATTTTTTTTATACTTTTTAAATAATTAATTTAAATAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑ATA‑AAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAA‑TTAAGTc                                                      <  2:3760369/126‑1 (MQ=255)
                                                                               cTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑ATA‑AAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACAATAAAAAATATTTTTAAAAAAAAttta‑ttaatgatt                                                    >  1:2420448/1‑123 (MQ=255)
                                                                                  attatttattATGTTTTTTTTTTTTATTTATAATTTTAAAAAAATTTATTTAATTAAAAT‑ATTTTA‑‑A‑AA‑‑AAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAA‑TTAAGTCTTGAt                                                 <  1:3481335/126‑1 (MQ=255)
                                                                                  aGTATTTTTTATTTTTTATTATTTTTTTTATACTTTTAATATAATTAATTTAAATAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑ATAAAAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAA‑TTAAGTCTTGa                                                  <  2:2380272/128‑1 (MQ=255)
                                                                                    tattttttAGGATTGTTTATTTTATTTTTCATTTTAATATAATTAATTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑AT‑‑‑‑AA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAA‑TTAAGTCTTGATttatt                                            <  1:4103395/128‑1 (MQ=255)
                                                                                     tttttttAGGATTTATTATTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑AT‑‑AAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAA‑TTAAGTCTTGATttat                                             <  1:3628901/127‑1 (MQ=255)
                                                                                     atttattAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑ATA‑AAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACAAAAAAAAATATTTTTAAAAACAAttaa‑taaaaaaaaaattta                                              >  1:3947846/1‑117 (MQ=255)
                                                                                     atttatatttatttattATTTTAATTATCAATTTAAAAAAATTAAATTAAATAAAATAATTTA‑‑‑A‑AA‑‑AAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAA‑TTAAGTCTTGATtta                                              <  2:1390414/118‑1 (MQ=255)
                                                                                      tttattattttttattatttTATTAAAACTTTTAATAAAATGAATTTAATTAAAAA‑ATTTTAA‑A‑AA‑‑AAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAA‑TTAAGTCTTGATtta                                              <  2:1234746/128‑1 (MQ=255)
                                                                                       tttttaTGATTTATTTTTTTAATTATAATTTTAATATAATGTATTTAATTAAAAT‑ATTTTAA‑A‑AA‑‑AAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAA‑TTAAGTCTTGATttat                                             <  2:438476/125‑1 (MQ=255)
                                                                                       ttattattttttattattTTATTTATACTTTTAATATAATTAATTTATTTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑AT‑‑‑AAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAA‑TTAAGTCTTGATTTATTaa                                          <  2:3397870/116‑1 (MQ=255)
                                                                                        tattatGATTTATTAGTTTATTTATCATTTTAATATAATTAATTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑ATA‑AAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAA‑TTAAGTCTTGATttatta                                           <  2:764907/128‑1 (MQ=255)
                                                                                         attaGTATTGATTAGTTTATTTATCCATTTAATAAAATGAATTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑ATA‑AAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAA‑TTAAGTCTTGATTTATTaa                                          <  2:3529943/128‑1 (MQ=255)
                                                                                          tttggttttattattTTTTTTATACATTTAATTTAATGAATTTAATTAAAAT‑ATTTTAA‑A‑AA‑‑AAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAA‑TTAAGTCTTGATTTATTaa                                          <  2:4199089/119‑1 (MQ=255)
                                                                                          ttaTGATTGATTATTTTATTTATACTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAAT‑AATTT‑‑‑A‑AT‑‑AAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAA‑TTAAGTCTTGATTTATTAAat                                        <  2:4646763/128‑1 (MQ=255)
                                                                                             ggATTTATTATTTTATTTATACTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑ATA‑AAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAA‑TTAAGTCTTGATTTATTAAatat                                      <  2:1662877/128‑1 (MQ=255)
                                                                                              gattttttattttattTATACTTTTAATTTAATTAATTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑ATA‑AAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAA‑TTAAGTCTTGATTTATTAAAtatt                                     <  2:581537/122‑1 (MQ=255)
                                                                                               attgattAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑AT‑‑AAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAAAAATACATAATATTTTAAAAAAAAATTAA‑TAAAGAATTGAATTAAAATAtattat                                   >  1:3819248/1‑128 (MQ=255)
                                                                                                 ttttttttttatttaTAATTTTAATATAATTAATTTAATTAAAAT‑TTTTTA‑‑A‑AA‑‑AAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAA‑TTAAGTCTTGATTTATTAAATattatt                                  <  2:3264377/121‑1 (MQ=255)
                                                                                                  ttatattttatataTCATTTTAATATAATTTATTTAATTAAAAT‑AATTT‑‑‑A‑ATA‑AAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAA‑TTAAGTCTTGATTTATTAAATATTAttt                                 <  2:2833900/122‑1 (MQ=255)
                                                                                                  tattattTTATTTATAATTTTAATATAATTAATTTAATTAAAAT‑TTTTT‑‑‑A‑ATA‑AAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAA‑TTAAGTCTTGATTTATTAAATATTAttt                                 <  2:630896/127‑1 (MQ=255)
                                                                                                  gattAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑AT‑‑AAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAA‑AAAAAAAAATATATTAAAAAAAAATTAA‑TTAAATAATAATTTAATAAAAATAAttttt                               >  1:3434014/1‑128 (MQ=255)
                                                                                                     ttgTTTATTTATACTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑AT‑‑AAAA‑AAAAAAAAAATAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAA‑TTAAGTCTTGATTTATTAAATATTAttttt                               <  2:2240952/126‑1 (MQ=255)
                                                                                                     tattttatataTACTTTTAATATAAAGAATTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑‑‑‑‑AAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAA‑TTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAAc                           <  2:3211512/125‑1 (MQ=255)
                                                                                                       gTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑AT‑‑AAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAAAAAAAAAAAATTTTTTTAAAAAAAATAAA‑ATAAATAAAGATTTATAAAAAATAATTATTTaaa                           >  1:1535191/1‑127 (MQ=255)
                                                                                                        tttatataAACTTTAAATAAAATAAATATAATTAAAAT‑TTTTT‑‑‑ATAA‑‑AAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAA‑TTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAAc                           <  1:804645/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                         ttatttatAATTTTAATATAATTAATTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑ATAAAAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAA‑TTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAAc                           <  2:4255708/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                          attttat‑CTTTTAATATAATTTTTTTAATTTAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑ATAAAAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAA‑TTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACaa                         <  2:3062975/126‑1 (MQ=255)
                                                                                                            tttatCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑AT‑‑AAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAAAAAAAAAAAAATTTTTTAAAAAAAAATAATTTAATAATTTATTTATAAAAAATAATTTTTTAAAAAAt                       >  2:4556968/1‑128 (MQ=255)
                                                                                                            ttaaaaatattAATATAAATAATTTAATTATAAT‑TTTTTA‑‑A‑AA‑‑AAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGAACTAATATTTTTAAAAACAATTAA‑TTAAGTATTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAAt                       <  2:1807811/119‑1 (MQ=255)
                                                                                                             ttatCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑ATAAAAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAAAAAAAAATAATATTTTTAAAAAAAATTAA‑TAAATTATTAATTTATTAAAAATTATTTTATAAAAAAt                       >  2:3484599/1‑128 (MQ=255)
                                                                                                                  attttAAAAAAATTAATTTAATTAAAAA‑ATTTTA‑‑A‑AA‑‑AAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAA‑TTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCt                 <  1:1158589/127‑1 (MQ=255)
                                                                                                                      tAATATAATGAATTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑AT‑‑AAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACAAAACAAAAAATTTTTAAAAAAAATTAA‑TTAATTATTAATTTATTAAATATAATTTTTTAAAAAATTAAcaattaaa            >  2:382920/1‑121 (MQ=255)
                                                                                                                       aaTATAATTAATTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑AT‑‑AAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAA‑TTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCt           <  2:4050848/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                                        atatAATGAATTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑AT‑‑AAAA‑AAAAAAAAA‑‑AA‑‑‑‑AATACATAATATTTTTAAAAAAAATTAA‑TTAATTATTTATATATTAAATATTATTTTTTAAAAAATATACATATAGATAAAtt      >  2:1731273/1‑128 (MQ=255)
                                                                                                                         tataATTAATTTAATTAAAAT‑ATTTTAAAA‑AA‑‑AAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAA‑TTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGc            <  2:85755/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                                         tataATGAATTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑ATA‑AAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACAAAACATAATATTTTTAAAAAAAATTAA‑TTAATTATTGTTTTATTAAATTTTATTTTATAAAAAAATTAcaataaaaaa          >  1:1619119/1‑119 (MQ=255)
                                                                                                                         tataAATAATTTAAATAAAAT‑AATTT‑‑‑A‑AT‑‑AAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAA‑TTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTaa         <  2:449816/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                                          aaaattaattTAATTAAAA‑‑ATTTT‑‑‑T‑A‑‑‑AAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAA‑TTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAAtt      <  1:3700043/126‑1 (MQ=255)
                                                                                                                           taattaatTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑ATAAAAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAA‑TTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTaa         <  1:1729515/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                                               |                                                                                                                                           
TTGTTAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAAT‑ATTTT‑‑‑A‑AT‑‑AAAA‑AAAAAAAAA‑‑AAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAA‑TTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCG  >  CP016816/105212‑105467

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑