| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | 117946 = | 3692 (1.210) | 127 (0.050) | 82/212 | 21.6 | 4.0% | intergenic (+67/+792) | JCVSYN2_00460/JCVSYN2_00465 | ABC transporter substrate‑binding protein/spermidine/putrescine ABC transporter permease |
| ? | CP016816 | = 117942 | 3029 (1.180) | intergenic (+63/+796) | JCVSYN2_00460/JCVSYN2_00465 | ABC transporter substrate‑binding protein/spermidine/putrescine ABC transporter permease | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 1074 total aligned reads displayed.
TTTGTAGTTAAACCAAGTTGTTTAAATATAGTTTCAGCTTGTTGTTTTAAATCTTTATATTAAAACTCGTTTTTCATTTTAATCACCTAAAATAGGTATATCATATTAAATTTATATGCTTGATAATTAATAATAATAATAATAATA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP016816/118092‑117946‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taataataataataataataTTGTTGCTGTTTAAAATTTGTATTTTTATAAAAAAGCAATACCTTGAGGTATTGCTTATAAAATTATTTATTTAGTTTTTTATTTTTACTCTCGTACTCTTTTTTTCATTCTTCTCTTCAATTTCCT < CP016816/117942‑117816 TTGTAGTTAAACCAAGTTGTTTAAATATAGTTTCAGCTTGTTGTTTTAAATCTTTATATTAAAACTCGTTTTTCATTTTAATCACCTAAAATAGGTATATCATATTAAATTTATATGCTTGATAATTA > 1:2342417/1‑128 TGTAGTTAAACCAAGTTGTTTAAATATAGTTTCAGCTTGTTGTTTTAAATCTTTATATTAAAACTCGTTTTTCATTTTAATCACCTAAAATAGGTATATCATATTAAATTTATATGCTTGATAATTAA < 1:3468139/128‑1 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CP016816/118092‑117946‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taataataataataataataTTGTTGCTGTTTAAAATTTGTATTTTTATAAAAAAGCAATACCTTGAGGTATTGCTTATAAAATTATTTATTTAGTTTTTTATTTTTACTCTCGTACTCTTTTTTTCATTCTTCTCTTCAATTTCCT < CP016816/117942‑117816 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |