Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP016816 | 202,489 | 0 | A | . | 36.4% | 870.7 / inf | 640 | intergenic (+267/‑408) | JCVSYN2_00840/JCVSYN2_00845 | hypothetical protein/lipoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (209/197); new base . (41/191); total (250/390) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.96e-18 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.38e-04 |
Only 100 of 691 total aligned reads displayed.
TAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCA‑TAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAACAATCCCCTTTTAAAAAAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTAAAATAAGATATTGACATAATATATATCTAATATATATAATACTATAT > CP016816/202367‑202617 | tAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCA‑TAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTTCACAAAT‑AAAAAAAAACAATCCCC‑‑Ttaaaaaat‑aa > 2:5017227/1‑128 (MQ=255) aataatAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCA‑TAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTTCACAAAT‑AAAAAAAAACAATCCCC‑‑Ttaaaaatt‑aaaa > 1:5767706/1‑128 (MQ=255) taGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCA‑TAAACTTAATAATTCTAATAATGTATATACACTTGATCTATTTTTTTATATTATAATCTTCACAAAT‑AAAAAAAAACAATAAAC‑‑TAAAAAAAT‑aaaaaaaaa > 2:1681779/1‑128 (MQ=255) ttatttAACGTTAATT‑AAATATCACTAAACTTAATAAATTTTATAATGTTGATCCTCGGTTTCTATTTTTTTTTTTGTTTATCTTCACAAAT‑AAAAAAAAACAATCCCC‑‑TTAAAAATT‑aaaaaaaaaa < 2:3196434/124‑1 (MQ=255) agTTAAGGTTAATTAAAATACCA‑TAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTTATCTATTTTTATATTTTTTTATCTTCACAAAT‑AAAAAAAAACAATCAAC‑‑TTAAAAATT‑aaaaaaaaaaaa > 1:2038790/1‑128 (MQ=255) gTTAAGGTTAATTAAAATACCA‑TAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTTCACAAAT‑AAAAAAAAACAATCCCCTT‑‑‑AAAAAT‑aaaaaaaaaaaaaa > 1:6012243/1‑128 (MQ=255) gTTAAGGTTAATTAAAATACCA‑TAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTTCACAAAT‑AAAAAAAAACAATCCAC‑‑TTAAAAATT‑aaaaaaaaaaaaa > 2:6348724/1‑128 (MQ=255) ttAAGGTTAATTAAAATACCA‑TAAACTTAATAATTCTAAAAAATTAAATCATCGTGATCTATTTTTAAATATTATTATCTTCAAAAATAAAAAAAAAA‑AATAAC‑‑AATAAAAAAT‑aaaaaaaaaaaaaa > 2:1198286/1‑128 (MQ=255) tAAGGTTAATTAAAATACCA‑TAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTTCACAAAT‑AAAAAAAAACAATCCCC‑‑TTAAAAATT‑aaaaaaaaaaaaaaa > 2:5090719/1‑128 (MQ=255) tattttaatttaAATAAAA‑TAAAAATTATAATTATTTTAAATTAAATACTATTTTTATATTTTTTTTTTTTTTTA‑ATATAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCCCC‑‑TTAAAAATT‑aaaaaaaaaaaaaaaa < 1:408074/124‑1 (MQ=255) 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aaaTACCA‑TAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTACACAAAT‑AAAAAAAAACAATCCCC‑‑TTAAAAATT‑Aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa > 1:4957368/1‑128 (MQ=255) aaaacaa‑TAAAATTAATAAATTTTAAAATTTACATCATATTGATCTAATTTTTTATTTGTTTAAATTCACAAATAAAAAAAAAA‑AAACCCCTT‑‑‑AAAAAT‑TAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAaaac < 1:4415829/122‑1 (MQ=255) aaTAACA‑TATAATTAATATTTTTTTTATTGTTGATTATTGTGATATTTTTTTTTTTTTGTTTTTATTAAAAAAATAAAAAAAAAAAATACCC‑‑TTAAAAATT‑aaaaaaaaaaaaaaaaaactaaaaaca < 2:1601709/128‑10 (MQ=255) taacaaaaaaataataaTTCTTATAAATTATTAACTCGTTTTTTATTTTTTTATTTTTTTATATT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAATCCCCTT‑‑‑AAAAAT‑TAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAaaacaa < 1:3903601/117‑1 (MQ=255) taaataaaaaTTAATTATTATTATAATTTATATAATTGTTATAATTTTTTTTTTTTTTTTATATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCC‑‑TTT‑AAAATT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAaaaca < 1:6436430/122‑1 (MQ=255) caa‑TAAAATTAATAATACTTAAAATTTATTTACCCTTTATCTTTTTTTTTATTTTTTTATTTTCA‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACCCC‑‑TTAAAAATT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAaaacaaa < 1:3020866/126‑1 (MQ=255) 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TAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCA‑TAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAACAATCCCCTTTTAAAAAAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTAAAATAAGATATTGACATAATATATATCTAATATATATAATACTATAT > CP016816/202367‑202617 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |