| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP016816 | 478,738 | C→A | G301V (GGT→GTT) | JCVSYN2_02210 ← | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta' |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP016816 | 478,738 | 0 | C | A | 99.3% | 7635.3 / NA | 2591 | G301V (GGT→GTT) | JCVSYN2_02210 | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta' |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/2); new base A (1294/1266); total (1310/1281) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.30e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 2658 total aligned reads displayed.
GTAACATACGTTTTTCATTATTTACAATAATTGATGGTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTACCACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGTTTTAAAGCATCAAAAGTTTCTAAACGTTTTAATAA > CP016816/478613‑478862 | aCATACGTTTTTCATTATTTACAATAATTGATGGTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAacacca > 1:948071/1‑128 (MQ=255) cATACGTTTTTCATTATTTACAATAATTGATGGTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCAt < 2:5722963/128‑1 (MQ=255) cATACGTTTTTCATTATTTACAATAATTGATGGTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCAt > 1:6411834/1‑128 (MQ=255) cATACGTTTTTCATTATTTACAATAATTGATGGTGCACCCATTTCTTTAACGTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATATCATAACTAGTAAATCTAacaccaa > 1:3460018/1‑127 (MQ=255) aCGTTTTTAATTATTTACAATAATTGATTTTGCACACATTTATTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTa < 2:5504628/128‑1 (MQ=255) tCATTATTTACAATAATTGATGGTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTTATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATATCAGAAGTAGAAAATCTAACACCATCTAATTTaat > 1:6077944/1‑128 (MQ=255) cATTATTTACAATAATTGATGGTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGaata > 2:6402347/1‑128 (MQ=255) attattTACAATAATTGATGGTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGaataa < 1:5941989/128‑1 (MQ=255) attattTACAATAATTGATGGGTAACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCATTCATTTATAATAATGATTTTTCTATATAAATAATTAATTTCATAAGTACTAAATCTAAAACCATCTAATTGaataa < 2:6131546/128‑1 (MQ=255) ttattTACAATAATTGATGGTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGaataat < 1:1666061/128‑1 (MQ=255) tattTACAATAATTGATGGTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAAtt < 1:829871/128‑1 (MQ=255) tttACTATATTTGATGTTGCACCCATTTCTTTAAATTTTTTTTATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATATATCATTTATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTgg < 1:2571650/128‑1 (MQ=255) tttACAATAATTGATGGTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCAt < 2:1634706/112‑1 (MQ=255) tACAATAATTGATGGTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGAc < 2:15653/128‑1 (MQ=255) aCAATAATTGATGGTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGagg > 1:3962795/1‑126 (MQ=255) aCAATAATTGATGGTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATAATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACTCCATCTAATTGAATAATTGGACg > 2:4259047/1‑128 (MQ=255) cAATAATTGATGGTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGa > 1:2291182/1‑128 (MQ=255) aataatTGATGGTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCATAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGgaagaa > 2:3538809/1‑128 (MQ=255) taatTGATTGTGCACACATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCAAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATg < 2:3866273/128‑1 (MQ=255) aatTGATGGTGCACCAATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGt < 1:4307194/128‑1 (MQ=255) ttttatttttcACCCATTTTTTTAAATTTTTTTAATCTTTCATTTATATAAATTATTATTATATATAAATAATTATTTTCAGAAGTAGAAAATCTAACACCTTCTAATTTAATAATTGTACGAATGTc < 2:6529316/118‑1 (MQ=255) gATGGTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCtgg < 1:2689409/128‑1 (MQ=255) aTGGTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATATCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGaata > 1:4118798/1‑110 (MQ=255) tGGTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCtggtg > 1:5559532/1‑128 (MQ=255) tGCTCCCATTTGTTTTAATTTTTTTAAGATTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGaa < 2:1976833/128‑1 (MQ=255) tGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGaa > 2:2413790/1‑128 (MQ=255) tGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGaa > 2:6265353/1‑128 (MQ=255) gCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAAt > 2:906798/1‑128 (MQ=255) cACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATa > 2:2116220/1‑128 (MQ=255) cACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATa < 2:589231/128‑1 (MQ=255) cACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATa < 1:1114284/128‑1 (MQ=255) cACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATa > 1:2136649/1‑128 (MQ=255) ccATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACt < 1:1921166/128‑1 (MQ=255) cATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTg > 1:461790/1‑128 (MQ=255) aTTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTgt > 1:4195627/1‑127 (MQ=255) ttCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGaa < 1:1567259/128‑1 (MQ=255) tAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTAct < 1:3051398/128‑1 (MQ=255) tAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTAct < 1:6321628/128‑1 (MQ=255) tAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTAct > 2:232987/1‑128 (MQ=255) aaCTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTActc < 1:1337539/128‑1 (MQ=255) aaCTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTActc < 2:1180419/128‑1 (MQ=255) aCTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTActct > 1:3595272/1‑128 (MQ=255) aCTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTActct < 1:3318737/128‑1 (MQ=255) aCTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTActct < 1:3192681/128‑1 (MQ=255) aCTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGAATCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAAATGAATAATTGGACGAATGTCTACTTGAATATCTGCAAATActct > 1:1445249/1‑128 (MQ=255) cTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCtgg > 2:1437865/1‑106 (MQ=255) cTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACtctc < 2:2208754/128‑1 (MQ=255) tttttttAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCa > 1:6565959/1‑128 (MQ=255) tttttAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATa < 2:662608/128‑1 (MQ=255) tttATTATTTGATTTCTAATAATGATTCTTATATATAAATCATTAATATCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGATTAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATTACTGGAATTACTCTCATAAc < 1:5679050/128‑1 (MQ=255) aTCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACcatt < 1:100328/128‑1 (MQ=255) aTCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATCGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACcatt > 1:17944/1‑128 (MQ=255) tCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACcattc > 1:453136/1‑128 (MQ=255) tCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACcattc < 1:4746701/128‑1 (MQ=255) ttCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACcattcatt < 2:4604474/128‑1 (MQ=255) ttCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACcattcatt < 2:1894929/128‑1 (MQ=255) tCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGATTAACTGGAATTTCTCTCAGAACCattcattc > 2:3764441/1‑128 (MQ=255) tCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTCGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCattcattc > 2:4736989/1‑128 (MQ=255) cATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATTACTGGAATTACTCTCATAACCAttcattca > 1:518708/1‑128 (MQ=255) cATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACcattca > 1:671657/1‑124 (MQ=255) ttCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGa < 2:3429884/128‑1 (MQ=255) tCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCAGTCCTTCAGGAc > 2:4949630/1‑128 (MQ=255) taataaTGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAAGAACTGGAATTAATCTCATAACCAGTAATTCATCACGt > 2:4136824/1‑128 (MQ=255) taatGATTATTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTATTAACTCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTgg < 2:5203456/128‑1 (MQ=255) aatGATTCTTCTATATATATAATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGt < 1:5811475/128‑1 (MQ=255) aatGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGt < 2:5330500/128‑1 (MQ=255) aatGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGt < 1:4865545/128‑1 (MQ=255) aatGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAAAAAAAACTAAATGAATATGTGTACGAATGTCTCGATGAATAAGAGGCAGTAGTCTCATACCCATTAATTCAGGAAGTAggg > 2:2899885/1‑127 (MQ=255) atGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACTAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCACATAAACATTCTATCAGGACGTTGGtg > 1:2932806/1‑127 (MQ=255) atGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGGATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGtt > 1:5012546/1‑128 (MQ=255) atGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGtt < 1:5314147/128‑1 (MQ=255) atGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGtt > 2:3318109/1‑128 (MQ=255) tGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCCGTCATTCAGGACGTTGGTTa > 2:4007371/1‑128 (MQ=255) tGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTa > 2:4845247/1‑128 (MQ=255) ttctATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGTAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAAAGt > 2:3221657/1‑128 (MQ=255) ttctATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGCACGt > 2:2647090/1‑128 (MQ=255) tatataAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGtttt > 2:6016859/1‑128 (MQ=255) atataAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACg < 1:4431541/111‑1 (MQ=255) atataAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGTTTTa < 2:3092653/128‑1 (MQ=255) tctaAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGTTTTaa < 1:3836362/126‑1 (MQ=255) taAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGTTTTAAAg > 1:6164572/1‑128 (MQ=255) tCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGTTTTAAAGCATc < 2:1760339/128‑1 (MQ=255) tAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATACCCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGTGTTAAAGCATCataa > 2:741610/1‑128 (MQ=255) tAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGATCGTTTTAAAGCATCaaaa > 2:1067692/1‑128 (MQ=255) tAATTTCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGTTTTAAAGCATCaaaa > 2:2997432/1‑128 (MQ=255) tttCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGTTTTAAAGCATCAAAAGtt < 2:4533862/128‑1 (MQ=255) ttCAGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTTGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAAACATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACTTTTTACAGCATCAAAAGttt > 1:2406957/1‑128 (MQ=255) tCAGAAGTAGTATATCTAACAACATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGTTTTAAAGCATCAAAAGTTTc < 2:3658424/128‑1 (MQ=255) tCAGAAGTAGTAAATCAAACACCATCTACTTGAATAATTGGCCGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCAATCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGTTTTAAAGCATCAAAAGTTTc < 1:2809117/128‑1 (MQ=255) tgAAGTAGTAAATGTAACAGCATCTTATTGAATAATTCGACGAATGTCTGGTTTAATAACTGGAATTAGAATCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAAGGTTTTAAATCATCAAAAGTTTCTa < 1:2014994/127‑1 (MQ=255) aGAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGTTTTAAAGCATCAAAAGTTTCTa > 1:1223214/1‑128 (MQ=255) gAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGTTTTAAAGCATCAAAAGTTTCTaa > 1:3706679/1‑128 (MQ=255) gAAGTAGTAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGTGTTTCAGCATCAAAAGTTTCTaa > 2:2498811/1‑128 (MQ=255) aaGTAGTAAATCTAACTCCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTATGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGTTTTAAAGCATCAAAAGTTTCTaaa < 2:560342/128‑1 (MQ=255) agtagtAAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGTTTTAAAGCATCAAAAGTTTCTAAAc < 2:5085285/128‑1 (MQ=255) agtaAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCAATCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGTTTTAAAGCATCATAAGTTTCTAAACCtt > 1:5095629/1‑128 (MQ=255) gtaAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAAGTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGTTTTAAAGCATCAAAAGTTTCTATACGttt > 2:4379286/1‑128 (MQ=255) taAATCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGTTTTAAAGCATCAAAAGTTTCTAAACGtttt < 2:1322421/128‑1 (MQ=255) aaaTCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGTTTTAAAGCATCAAAAGATTCTAAACGTTTta > 2:2741140/1‑128 (MQ=255) tCTAACACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGTTTTAAAGCATCAAAAGTTTCTAAACGTTTtaata > 1:5470025/1‑128 (MQ=255) | GTAACATACGTTTTTCATTATTTACAATAATTGATGGTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTACCACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCAGGACGTTGGTTAGAACGTTTTAAAGCATCAAAAGTTTCTAAACGTTTTAATAA > CP016816/478613‑478862 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |