| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP016816 | 484,801 | A→G | intergenic (‑110/+61) | JCVSYN2_02220 ← / ← JCVSYN2_02225 | hypothetical protein/50S ribosomal protein L7/L12 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP016816 | 484,801 | 0 | A | G | 97.8% | 10520.0 / NA | 2916 | intergenic (‑110/+61) | JCVSYN2_02220/JCVSYN2_02225 | hypothetical protein/50S ribosomal protein L7/L12 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (15/2); major base G (1365/1457); minor base T (42/23); total (1433/1483) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.16e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 3210 total aligned reads displayed.
AAAAATAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTTAA‑AAAAAAAACAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATTTCTTCAGCTTCTTCT > CP016816/484673‑484925 | tAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAAt < 1:6162490/128‑1 (MQ=255) aGTCAAAACTCATATATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAATCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAAtt < 2:4918125/128‑1 (MQ=255) tCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAAATATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTaa > 1:4932887/1‑128 (MQ=255) aaaCTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAATAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTAAACAACTAAACAACACTCGAACAATTAATTATATATTTTTATAAT‑ATAAAAAACaagaacaca > 2:2889516/1‑121 (MQ=255) 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AAAAATAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTTAA‑AAAAAAAACAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATTTCTTCAGCTTCTTCT > CP016816/484673‑484925 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |