| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP016816 | 516,356 | G→A | intergenic (+187/+319) | JCVSYN2_02375 → / ← JCVSYN2_02380 | antitermination protein NusG/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP016816 | 516,356 | 0 | G | A | 99.8% | 10680.6 / NA | 3268 | intergenic (+187/+319) | JCVSYN2_02375/JCVSYN2_02380 | antitermination protein NusG/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); major base A (1488/1765); minor base T (4/3); total (1497/1771) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 3431 total aligned reads displayed.
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AATAAAAACATAAAATATATTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAAAAGAAAAATATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTATGATAGCGAATTAATTTTTAAAATTTA > CP016816/516232‑516477 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |