BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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RA	CP016816	245,230	C→T	A1620V (GCT→GTT)	JCVSYN2_01035 →	ABC transporter permease

Read alignment evidence...
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*	CP016816	245,230	0	C	T	99.6%	10052.3 / NA	3104	A1620V (GCT→GTT)	JCVSYN2_01035	ABC transporter permease
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (1604/1483); minor base A (11/3); total (1618/1486)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.98e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 3105 total aligned reads displayed.

ATTTTATATTTTAAATGGTCATGGAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAGGA  >  CP016816/245105‑245354

  tttATATTTTAAATGGTCATGGAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTAtt                                                                                                                          <  1:6610656/128‑1 (MQ=255)

    tataTTTTAAATGGTCATGGAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTc                                                                                                                        >  1:2012993/1‑128 (MQ=255)

    tataTTTTAAATGGGCATGGAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTc                                                                                                                        <  2:2274847/128‑1 (MQ=255)

     atatTTTAAATGGTCATGGAGCCTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCt                                                                                                                       >  2:6181651/1‑128 (MQ=255)

      tatTTTAAATGGTCATGGAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAAATTTAATTAATCAAATTACTTTTATAAATATTTCTa                                                                                                                      >  2:2390853/1‑128 (MQ=255)

        ttttAAATGGTCATGGAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTAATATCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTAATTTTATAGTTATTTCTAtt                                                                                                                    >  1:5910009/1‑128 (MQ=255)

          ttAAATGGTCATGGAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTgg                                                                                                                  >  2:3802469/1‑128 (MQ=255)

          ttAAATGGTCATGGAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTgg                                                                                                                  >  1:2638387/1‑128 (MQ=255)

          ttAAATGGTCATGGAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTgg                                                                                                                  >  1:852921/1‑128 (MQ=255)

          ttAAATGGTCATGGAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTgg                                                                                                                  >  2:2521285/1‑128 (MQ=255)

            aaaTGGTCATGGAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGaa                                                                                                                >  2:2614058/1‑128 (MQ=255)

            aaaTGGTCATGGAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGaa                                                                                                                <  2:5752834/128‑1 (MQ=255)

               tGGTCATGGAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGt                                                                                                             <  1:1518433/128‑1 (MQ=255)

               tGGGCATGGAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGAATAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGt                                                                                                             <  2:4928848/128‑1 (MQ=255)

                   cATGGAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGttatt                                                                                                         >  1:1815298/1‑128 (MQ=255)

                       gAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATtaata                                                                                                     >  2:1612065/1‑128 (MQ=255)

                        aGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATg                                                                                                              <  1:1285906/118‑1 (MQ=255)

                        aGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATtaataa                                                                                                    >  1:1006502/1‑128 (MQ=255)

                         gcgtCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTaataat                                                                                                   <  2:2768256/125‑1 (MQ=255)

                         gCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTaataat                                                                                                   <  2:6405201/128‑1 (MQ=255)

                          cTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTc                                                                                                                        <  2:1132403/106‑1 (MQ=255)

                          cTTCATCTGCTTATGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAAtt                                                                                                  <  2:4431261/128‑1 (MQ=255)

                               tCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGt                                                                                             >  1:2126781/1‑128 (MQ=255)

                                cTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTa                                                                                            <  1:989298/128‑1 (MQ=255)

                                cTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTa                                                                                            >  1:4487836/1‑128 (MQ=255)

                                  gCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAat                                                                                          <  2:4029947/128‑1 (MQ=255)

                                    ttCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAatta                                                                                        <  1:624097/128‑1 (MQ=255)

                                     tCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCTAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAattat                                                                                       <  1:2919706/128‑1 (MQ=255)

                                      attttgatgatgaTATGATTAGTAATATTAAAAATAAATACTTATTATCTACATCAAAATCTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAattatt                                                                                      <  1:2390853/124‑1 (MQ=255)

                                       tGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAAttatta                                                                                     <  1:6367392/128‑1 (MQ=255)

                                       tGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAAttatta                                                                                     <  1:2264757/128‑1 (MQ=255)

                                        ggTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTAATAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTAc                                                                                    >  2:4204520/1‑128 (MQ=255)

                                         gTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACt                                                                                   <  2:757181/128‑1 (MQ=255)

                                          tgatgatgaTATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACtt                                                                                  >  2:1917339/1‑128 (MQ=255)

                                           gatgatgatATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTc                                                                                 <  2:5272118/128‑1 (MQ=255)

                                              gatgatATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGc                                                                              >  2:4320748/1‑128 (MQ=255)

                                               atgatatgatTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCt                                                                             >  2:4568257/1‑128 (MQ=255)

                                                     tgatTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATg                                                                                                              >  1:3444983/1‑89 (MQ=255)

                                                      gatTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAg                                                                      <  1:4748718/128‑1 (MQ=255)

                                                      gatTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAg                                                                      <  2:1696350/128‑1 (MQ=255)

                                                       atTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGt                                                                     >  1:487249/1‑128 (MQ=255)

                                                          aGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAAt                                                                  >  1:3617683/1‑128 (MQ=255)

                                                            tAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTGGTAATGt                                                                <  2:2153840/128‑1 (MQ=255)

                                                            tAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAg                                                                      >  2:5825768/1‑122 (MQ=255)

                                                            tAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGt                                                                <  2:3490028/128‑1 (MQ=255)

                                                            tAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGt                                                                >  1:3057234/1‑128 (MQ=255)

                                                             aaTATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGtt                                                               <  1:3943216/128‑1 (MQ=255)

                                                              atatTAAAAATAAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTa                                                              <  2:3236663/128‑1 (MQ=255)

                                                                 ttAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAAtt                                                           >  1:5104565/1‑128 (MQ=255)

                                                                     aaaTCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAg                                                       >  1:5805099/1‑128 (MQ=255)

                                                                        tCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGata                                                    >  2:31213/1‑128 (MQ=255)

                                                                          aaaaCTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATAtt                                                  >  1:1732449/1‑128 (MQ=255)

                                                                          aaaaCTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATAtt                                                  <  2:6613959/128‑1 (MQ=255)

                                                                           aaaCTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATAttt                                                 >  1:4092905/1‑128 (MQ=255)

                                                                             aattatttGCTACATCAATAAATTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTTTTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTAt                                               <  1:531475/126‑1 (MQ=255)

                                                                             aCTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTAt                                               <  1:519973/128‑1 (MQ=255)

                                                                              cTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATg                                              <  1:114666/128‑1 (MQ=255)

                                                                              cTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATg                                              <  2:135742/128‑1 (MQ=255)

                                                                               ttattaGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGt                                             >  2:4695975/1‑128 (MQ=255)

                                                                               ttattaGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATT‑GAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTa                                            >  2:5536324/1‑128 (MQ=255)

                                                                                tattaGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTCTGTa                                            >  1:1615703/1‑128 (MQ=255)

                                                                                tattaGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGAAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTa                                            >  2:627498/1‑128 (MQ=255)

                                                                                    aGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTc                                        >  1:6117518/1‑128 (MQ=255)

                                                                                      cTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAg                                      >  1:1378182/1‑128 (MQ=255)

                                                                                      cTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAg                                      >  1:3292351/1‑128 (MQ=255)

                                                                                      cTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAg                                      >  2:3371578/1‑128 (MQ=255)

                                                                                        aCATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTa                                    <  1:3173674/128‑1 (MQ=255)

                                                                                         cATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTATTAATTACATTAATTATTAATTCAGCTTTACTAGTAATGTTAAATTCAGATATTTATTTAACTAATTAt                                   >  1:4346061/1‑128 (MQ=255)

                                                                                         cATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTAt                                   >  2:6049930/1‑128 (MQ=255)

                                                                                         cATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTAt                                   >  1:722825/1‑128 (MQ=255)

                                                                                         cATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTAt                                   >  2:1243792/1‑128 (MQ=255)

                                                                                           tCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCa                                 <  2:6499647/128‑1 (MQ=255)

                                                                                           tCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCa                                 <  2:916587/128‑1 (MQ=255)

                                                                                            cAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCaa                                <  1:2512658/128‑1 (MQ=255)

                                                                                            cAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCaa                                >  2:3018839/1‑128 (MQ=255)

                                                                                             aaaaaCTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCa                                       >  1:3832477/1‑120 (MQ=255)

                                                                                             aaaaaCTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAAc                               >  2:3902157/1‑128 (MQ=255)

                                                                                               aaaCTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAg                             <  2:2046462/128‑1 (MQ=255)

                                                                                                  cTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGttt                          <  2:4816744/128‑1 (MQ=255)

                                                                                                    ttaattaaTCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTa                         >  2:5048865/1‑127 (MQ=255)

                                                                                                     taattaatCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACATCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATg                       >  2:5936112/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                      aattaatCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGa                      <  2:5652859/128‑1 (MQ=255)

                                                                                                        ttaatCATATTTATTTTATAGTTATTTCTATTGGATTGTTATTAATAATTATAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTATTGTTAATTTCAGATTTTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGAtt                    <  1:3733891/128‑1 (MQ=255)

                                                                                                        ttaatCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGAtt                    <  1:4964088/128‑1 (MQ=255)

                                                                                                         taatCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGAttt                   >  2:2927290/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                         taatCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGAttt                   >  2:3682187/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                          aatCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGAtttt                  >  2:5171141/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                           atCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTa                 >  2:1500497/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                           atCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTa                 >  1:1906760/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                           atCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTa                 >  1:2789848/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                           atCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTCATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTa                 >  1:6486511/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                            tCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGAtt                    <  2:1809300/124‑1 (MQ=255)

                                                                                                                   aCTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGc         <  1:422833/128‑1 (MQ=255)

                                                                                                                    cTTTTATAGTTATTTATATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCt        <  1:5687365/128‑1 (MQ=255)

                                                                                                                      tttATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCttt      >  1:4659306/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                                        tataGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAg    >  2:5389621/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                                         ataGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATATTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAgg   >  1:5595132/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                                          taGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAGGa  <  2:3580961/128‑1 (MQ=255)

                                                                                                                          taGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAGGa  <  1:5459831/128‑1 (MQ=255)

                                                                                                                          taGTTATTTCTATTGGAATGATATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAGGa  <  1:6005345/128‑1 (MQ=255)

ATTTTATATTTTAAATGGTCATGGAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAGGA  >  CP016816/245105‑245354

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 14 ≤` `ATCG/ATCG` `< 27 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 36 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`