Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP016816105,3390TG55.0% 2643.6 / inf 2588intergenic (+834/+92)JCVSYN2_00420/JCVSYN2_00430translation elongation factor Tu/alanine‑‑tRNA ligase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (218/902);  new base G (1039/332);  total (1347/1241)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 0.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 3164 total aligned reads displayed.

TTGTTAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTTAATAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGT  >  CP016816/105212‑105468
                                                                                                                               |                                                                                                                                       
  gattaacAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTTATTAGTTTATTTATCCTTTTAATAtaattaa                                                                                                                                       >  1:7667317/7‑128 (MQ=255)
    tAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTATCTAAGTATTTATTAGGATTTATTAGTTTATTTATCATATTAATATaattaatt                                                                                                                                     >  2:4516016/1‑128 (MQ=255)
    tAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATaatgaatt                                                                                                                                     <  2:5650670/128‑1 (MQ=255)
     aaTCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAAtgaattt                                                                                                                                    >  2:7161528/1‑128 (MQ=255)
     aaTCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAAtgaaatt                                                                                                                                    >  1:7302445/1‑128 (MQ=255)
      aacAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTATATAATTATTTATTATAATTGATAATTTTATTTATCCTTTTAATATaattaaatta                                                                                                                                   >  2:4324149/3‑128 (MQ=255)
      aacAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTTTTATGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAAtgaattta                                                                                                                                   >  2:3731061/3‑128 (MQ=255)
       tCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAATATTAATTTTAATATAAATTATATAATTATTTATTATTATTTATTATATTATTTATAATTTTAATATAAtaaattaaa                                                                                                                                  >  2:3869474/1‑128 (MQ=255)
       tCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATTTTAATATAAATTAGCTAATTATTTAATATTATTTATTAGTTTATTAATCCTTttaatataattaatataa                                                                                                                                  >  1:2092178/1‑128 (MQ=255)
       tCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTATCTAAGTATTTATTATGATTGATTATTTTATTTATCCTTTTAATATAAtgaatttaa                                                                                                                                  >  2:2074877/1‑128 (MQ=255)
       tCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAAtgaatttaa                                                                                                                                  <  2:6469446/128‑1 (MQ=255)
       acatgCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTATATAAGTATTTATTATGATAAATTAGTTAAATAATACTATTAATAAAAtcaatttaa                                                                                                                                  >  2:9155773/5‑128 (MQ=255)
       acAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGATAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATACTTTTAATATAAttaatttaa                                                                                                                                  >  2:7440736/2‑128 (MQ=255)
        cAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAAtgaatttaat                                                                                                                                 >  2:8577155/1‑128 (MQ=255)
         aaGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATTTTAATATAAATTAGCTAATTATTTATTAATATTAAATATTTTATTTATAATTATAATATAAtaaatataata                                                                                                                                >  1:9518620/1‑127 (MQ=255)
         aaGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAATTATTTATTATGATTGATTAGTTTATTTATCATTTTAATATAATtaatttaatt                                                                                                                                >  2:3312098/1‑128 (MQ=255)
         aaGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATgaatttaatt                                                                                                                                >  1:3080685/1‑128 (MQ=255)
         aaGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATAAAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAAtgaatttaata                                                                                                                                >  2:7534999/1‑127 (MQ=255)
          aGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGTATTTATTAGTTTATTTATACTATTAATATAATTAATttaatta                                                                                                                               >  2:2667296/1‑128 (MQ=255)
           gCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATttaattaa                                                                                                                              <  1:6164727/128‑1 (MQ=255)
            tcTTTTTTATTTTTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTaaa                                                                                                                             <  2:1144773/127‑1 (MQ=255)
             cTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATAAATTTAATTaaaa                                                                                                                            >  2:7646678/1‑128 (MQ=255)
              ttttttATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATTAAATAATAAAGATTAATTTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAat                                                                                                                           <  2:7000063/128‑1 (MQ=255)
                 tttATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAAtgaatttaat                                                                                                                                 >  2:7845743/1‑119 (MQ=255)
                 tttATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCATTTTAATATAATGAAATTAAATAAAatata                                                                                                                        >  2:6133658/1‑127 (MQ=255)
                       tGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTtaata                                                                                                                >  2:2266185/1‑128 (MQ=255)
                            aaTCACTTATTATAGTATTAAAAAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTTATTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAATaaaaaa                                                                                                           <  2:2815267/128‑1 (MQ=255)
                                    attatAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTTAaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                                   >  1:8448157/1‑128 (MQ=255)
                                      tataGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGATTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAATaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                                 >  2:4905431/1‑128 (MQ=255)
                                      tataGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTACCTAATTATATATTATTATTTATTATTTTATTTATCCTTTTAATAAAATAAATTTAAAAAAAATATATTAATaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                                 >  2:5146295/1‑128 (MQ=255)
                                       ataGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGTATTATTAGTTTATTTATACTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTTAATaaaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                               >  1:7182198/1‑128 (MQ=255)
                                       ataGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTTAATaaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                                >  2:4727928/1‑128 (MQ=255)
                                        taGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAATaaaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                               >  2:3523393/1‑128 (MQ=255)
                                          gTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAATaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                             >  2:8429868/1‑126 (MQ=255)
                                           tATTAAATAATAAATATTAATTTTAATATAAATTAACTAATTATTTATTTTGATTTATTATTTTATTTATCATTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTTAATAAAAAAAAAAAAAAAAAACaa                                                                                            <  1:8297487/128‑1 (MQ=255)
                                            attaaataaaataGATAAATGTTTAAATAAATAAGTTATGTTTTTATTATGTTTGATTATTTTATTTATCCTTTTAAAATAATGAATTTAAATAAAATATTTTAATaaaaaaaaaaaaaaaaaaacaa                                                                                           <  2:8995101/125‑5 (MQ=255)
                                            aTGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCATTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAATAaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                           >  1:2878368/1‑127 (MQ=255)
                                              gAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATAAAATGAATTTAATTAAAATATTTTAATaaaaaaaaaaaaaaacaagaccta                                                                                         <  1:3236397/128‑7 (MQ=255)
                                               aaaTTATAAATTTTAATTTTAATTTAAATTTTTTAATTTTTTTTTATGTTTTTATTTTTTTTTTATAATTTTAATATATTTAATTTAATTAAAATTTTTTAATAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGAcc                                                                                        <  2:8808276/128‑1 (MQ=255)
                                                aataatAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGTATTGATTATTTTATTTATAATTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTAAATAaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                       >  1:919460/1‑123 (MQ=255)
                                                aataatAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAATAaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                       >  2:1714114/1‑123 (MQ=255)
                                                aataatAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCATTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTTAATAaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                       >  2:5899749/1‑123 (MQ=255)
                                                 ataataAATATTAATTTTAATAAAAATTATCTAATTAATTATTATGATTTATTATTTTATTTATAAATTTAATAAAAATAATTTAATTAAAATATTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCt                                                                                       <  1:1146812/128‑1 (MQ=255)
                                                  taataaAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAATAaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaataaa                                                                                     >  2:7745903/1‑121 (MQ=255)
                                                  taataaAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAAAGAATTTAATTAAAAAATTTTAATAaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                     >  2:6667607/1‑121 (MQ=255)
                                                     taaAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAATAaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaat                                                                                  >  1:7885951/1‑118 (MQ=255)
                                                        atatttatttTAATATAAATTATTTAATTATTTATTATGATTGTTTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGt                                                                               <  1:5585949/126‑1 (MQ=255)
                                                               tGTTAATATAAATTATCTAATTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACaat                                                                    <  1:1903863/128‑1 (MQ=255)
                                                                     tataAATTATCTAATTATTTATTATGATTTTTTATTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACaattaat                                                               <  1:2483971/128‑1 (MQ=255)
                                                                      ttaAATTATTTATGTTTTTATTTGGTTTTCTTTTTTTATTTATACTTTTAAAATAATGATTTTAATTTAAAAATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAattaatta                                                             <  2:3109342/127‑1 (MQ=255)
                                                                       taAATTATCTAATTTTTTATTATGATTTATTATTTTATTTATACTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTTAATAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAattaatta                                                             <  1:8851624/128‑1 (MQ=255)
                                                                              gCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAATATTTTTAAAAAAAAttaattaaatattt                                                      >  1:9331668/1‑122 (MQ=255)
                                                                                  attattttttATGATTTATTAGTTTTTTTTTAATTTTAATTTAATTAATTTAATTAAAATATTTTAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGAt                                                   <  2:7304070/126‑1 (MQ=255)
                                                                                   gTATTTATTATTATTTTATATTTTATTAAAAATTTTAAAATAATTAATTTAATTAAAAAATTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGAttt                                                 <  1:3869474/128‑1 (MQ=255)
                                                                                   gTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAAAATTTTAAAAAAAAAataataaattaataatata                                                 >  1:5869046/1‑117 (MQ=255)
                                                                                    tatttattAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAATAAAAAAAAAAAAAAAAAA‑‑‑‑ACCTAATATTGTTAAAAAAAATAAATTAATAATTTAATTATTaa                                            >  1:3429426/1‑128 (MQ=255)
                                                                                     ttttattATTATTTATTATTTTATTTATAATTTTAATAAAATGAATTTAATTAAAATAATTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATttat                                               <  1:6401627/127‑1 (MQ=255)
                                                                                     atttattattatttattattTTAATTAATATTTTAATATAATGTATTTAATTAAAATATTTTAAT‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTaa                                            <  1:871936/128‑1 (MQ=255)
                                                                                       ttattaGGATTGTTTATTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTTAATAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATttatta                                             <  1:5406250/128‑1 (MQ=255)
                                                                                        tattaGGTTTTTTTATTTTTTTTATCCTTTTAATATAATGAATTTTATTTAAATATTTTTATAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTaa                                            <  1:7536900/128‑1 (MQ=255)
                                                                                        tattaGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATATTTTAAAAAAAAATAAATTAATTATTAATTTATaaa                                            >  2:1908163/1‑128 (MQ=255)
                                                                                        tattaGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAATAAATAAAAAAAAAAAAACAACAACATATTATGTTAAAAAAAAGTATAATAAGTGTTGAtttttgta                                            >  2:9549453/1‑123 (MQ=255)
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                                                                                               attttttattttattTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTTAATAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAAtattat                                    <  1:1411195/123‑1 (MQ=255)
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                                                                                                 tttttATTTTTTTTATAATTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTAttt                                  <  2:8300396/125‑1 (MQ=255)
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                                                                                                                       ctttttattaaatTTATTAAAATATTTTAATTAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCt            <  1:5106698/122‑1 (MQ=255)
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                                                                                                                           taattaatTTAAATAAAATAATTTAAT‑‑‑‑AAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGc    <  1:4481570/128‑1 (MQ=255)
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                                                                                                                           taatgaatTTAATTAAAATATTTTAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAAAAATTTTTTTTAAAAAAAATTAATAAATTATTATTTATTAAATTATTATTTTTAAAAAAATTAACAtttcaataaaa        >  2:5023905/1‑119 (MQ=255)
                                                                                                                           taatgaatTTAATTAAAATATTTTAATAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGCACTAATATTTTTAAAAACAATTAATTAAGTATTTATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACAtttaaataatat       >  2:2507758/1‑118 (MQ=255)
                                                                                                                               |                                                                                                                                       
TTGTTAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTTAATAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGT  >  CP016816/105212‑105468

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: