| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP016816 | 420,157 | 2 bp→TT | intergenic (‑440/+402) | JCVSYN2_01895 ← / ← JCVSYN2_01900 | 30S ribosomal protein S10/tRNA‑Thr |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP016816 | 420,157 | 0 | A | T | 99.5% | 11804.4 / NA | 3752 | intergenic (‑440/+403) | JCVSYN2_01895/JCVSYN2_01900 | 30S ribosomal protein S10/tRNA‑Thr |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (9/10); new base T (2015/1715); total (2025/1727) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP016816 | 420,158 | 0 | A | T | 98.9% | 11452.3 / NA | 3754 | intergenic (‑441/+402) | JCVSYN2_01895/JCVSYN2_01900 | 30S ribosomal protein S10/tRNA‑Thr |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (7/35); new base T (2018/1694); total (2025/1729) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.44e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 3905 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |