| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | = 34945 | 554 (0.350) | 779 (0.450) +AAA |
138/216 | 15.1 | 56.3% | intergenic (+49/+117) | JCVSYN2_00105/JCVSYN2_00110 | ABC transporter permease/cell division protein FtsH |
| ? | CP016816 | 34946 = | 608 (0.340) | intergenic (+50/+116) | JCVSYN2_00105/JCVSYN2_00110 | ABC transporter permease/cell division protein FtsH | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 936 total aligned reads displayed.
TTTACTTCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACA‑TTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTA‑TTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP016816/34819‑34945‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAATAATATAATTTGCATACTATA‑AAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAATCTTGGTTTTTTGTTTATATTATTATTTGTCTT > CP016816/34946‑35072 |||| TTACTTCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACA‑TTGTGTTTGTTTATTTTATTTACTA‑TTG‑AA > 1:1583528/1‑128 TTACTTCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACA‑TTCTGTTTGGTTTTTTTATTTACTA‑TTG‑AA > 1:3211845/1‑128 TCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTTAAGTTAATGAATAATAAAATATTAAACCAAATAAA‑TTAATTTTGTTATATTTATTTAATA‑TTA‑AAAAAAA > 2:2592967/1‑128 TCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTTATGAATAATAAAAGATTAAAACAAATACA‑TTATTTTTAATATTTAAATTTACTA‑ATT‑AAAAAAA > 2:2768800/1‑128 TCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACA‑TTGTGTTTTGTTTTTTTATTTACTA‑TTG‑AAAAAAA > 2:3061656/1‑128 TCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACA‑TTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTA‑TTG‑ATAAAAA > 1:3156751/1‑128 TCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACA‑TTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTA‑TTG‑AAAAAAA > 2:431987/1‑128 CTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACA‑TTGTGTTTTGTTTTTTTATTTACTA‑TTG‑AAAAAAAA > 2:380568/1‑128 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ATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAATATTAAACCAAATACA‑TAGAGTATTGTTTTTTTATTTACTA‑ATT‑AAAAAAAAAAAA > 1:1555364/1‑128 ATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACA‑TTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTA‑TTG‑AAAAAAAAAAAA > 1:3618092/1‑128 TGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACA‑TTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTA‑TTG‑AAAAAAAAAAAAA > 1:3317996/1‑128 AGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATTAATAATAAAAGATTAAACCAAATACA‑TTGTGTTAGGTTTTTTTATTTACTA‑TTA‑AAAAAAAAAAAAAAA > 1:2135190/1‑128 GTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAATTGAAGTTGATGAATAATAAAATATTAAACCAAATACA‑TTGTTTTTGGTTTTTTTATTTACTA‑TTG‑AAAAAAAAAAAAAAAA > 2:869529/1‑128 TTTAAAAAAAAACAGTAATAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTTATTAATAAAAAAACATTAAACCAAATACA‑TTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTA‑TTT‑AAAAAAAAAAAAAAAAt < 1:3882715/128‑2 CAACAAAAAGAGTAAGAAATGCAGAACCAAGTACAATGCTAAGAGAAGTTGATAAATAATAAAAGATTAAACCAAATACA‑TTGTGTTTGGTTTATTTATATAATA‑TTG‑ATAAAAAAAAAAAAAAAAaa > 2:3373457/1‑126 AAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACA‑TTGTGTTTGTTTTTTTTATTTACTA‑TTG‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAT > 2:2013590/1‑128 GAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACA‑TTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTA‑TTG‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAaattaaattta > 1:2041970/1‑117 GAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACA‑TTGTGTATGGTATTTTTATATACTA‑TTG‑AAAAAAAAAAAAAAAAAA‑AAAAAAATTTG > 1:1923252/1‑128 GAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATAAATCCAAATACA‑TTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTA‑TT‑‑TAAAAAAAAAAAAAAAAATAAAATAATATG > 2:2430960/1‑128 GTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACA‑TTGTGTTTTTTTTTTTTATTTACTA‑TTT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAaaaaaaaaaa > 2:1593669/1‑118 GTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACA‑TTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTA‑TTG‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAaaaatttaaa > 2:2217837/1‑118 GTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAAAACA‑TTGAGTTAGGTTTTTTTATTTACTA‑TTT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAataaattcaa > 1:866167/1‑118 GTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAAACAAATACA‑TTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTA‑TTG‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAATAAAAAAATTTaaa > 1:2079993/1‑125 TAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACA‑TTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTATTTA‑AAAAAAAAAAAAAAAAAATAATAAAATTTaa > 2:1360144/1‑126 TAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACA‑TTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTA‑TTG‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAATATTATAATTTtaat > 1:3088629/1‑124 AAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACA‑TTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTA‑TTG‑AAAAAAAAAAAAAAAAAATAATATAATTTGCATACT > 1:3004518/1‑128 AAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACA‑TTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTA‑TTG‑AAAAAAAAAAAAAAAAAA‑AATATAATTTTCATAATA > 1:2504743/1‑128 AATGCGGACCCAAGTATAATGCTATGGTAAGTTGATTAATAAAAAAATATTAAACAAAATACA‑TTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTA‑TT‑‑TAAAAAAAAAAAAAAAAATAATATAATTTGCATACTAT < 1:1005564/128‑1 ATGATGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAAAAAAAAAACATTAAACAAAAAACA‑TTGTGTTTGGTTTTTTTATTTAATA‑TTT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAATAATATAATTTGCATACTAT < 1:1384136/128‑1 tCTGAACCAAGTACAATTCTAAGTGAATTTTATTAATAATAAAATATTAAACCAAATAAA‑TTGTTTTTGGTTTTTTTATTTACAA‑TTG‑AAAAAAAAAAAAAAAAAATAATATAATTTGCATACTATA‑A < 1:3530273/127‑1 AACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACA‑TTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTA‑TTG‑AAAAAAAAAAAAAAAAAA‑AATATAATATACAAAATAAA‑AAAAAT > 1:744709/1‑128 CCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACA‑TTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTA‑TT‑‑TAAAAAAAAAAAAAAAAATAAAAAAATTTACATAATAAA‑AAAAATTa > 2:3878525/1‑127 CAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACA‑TAGTGTTTGGTTTTTTTATTAACTA‑TTG‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAATAATATATTTTAATTAATATT‑AAAAATTtt > 1:1634154/1‑126 AAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACA‑TTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTA‑TTG‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTTGAATAAAATATAAAAATTt > 2:705448/1‑127 GTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACA‑TTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTA‑TTG‑AAAAAAAAAAAAAAAAAA‑AAAATAAATTAAAAAAAATA‑AAAAATTtatat > 2:1236362/1‑123 GTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACA‑TTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTA‑TTG‑AAAAAAAAAAAAAAAAA‑‑AATAAAATTTCAATAATATA‑AAAAATTGTTTTT > 2:807187/1‑128 GTACAATGCTAAGAGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACA‑TTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTA‑TTG‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAATAATAAAATTTAAATAAAAAA‑AAAAATatttat > 2:1913177/1‑122 aaattgaTAAGTGAATTTGATTAATAATAAAATTTTAAAACAAATACA‑TTTTGTTTGGTTTTTTTATTTAATA‑TT‑‑TAAAAAAAAAAAAAAAAATAATATAATTTGCATACTATA‑AAAAATTGTTTTTC < 2:3168829/121‑1 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tAAAAAAAAAAAAAAAATAATATAATTTTCATACTATA‑AAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAATCTTGGTTTTTTGTTTATATTATTATTTGTCT < 2:517308/127‑1 tAAAAAAAAAAAAAAAATAATATAATTTGCATACTATA‑AAAAATTGTTTTTCAATTAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAATCTTGGTTTTTTGTTTATATTATTATTTGTCT < 1:289466/127‑1 |||| TTTACTTCTTTATGAGTTTCAACAAAAAGAGTAAGAAATGCTGAACCAAGTACAATGCTAAGTGAAGTTGATGAATAATAAAAGATTAAACCAAATACA‑TTGTGTTTGGTTTTTTTATTTACTA‑TTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP016816/34819‑34945‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAATAATATAATTTGCATACTATA‑AAAAATTGTTTTTCAAATAAGTATTCAGGAGTAAATTTAAAAAACCAAGAGTTATAAATCTTGGTTTTTTGTTTATATTATTATTTGTCTT > CP016816/34946‑35072 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |